Не успела осесть боль от утраты новейшего самолета и его экипажа, как 30 марта разбился второй F-111A. Истребитель-бомбардировщик потерял управляемость в полете над районом Накорнфан (600 км севернее Бангкока). Командиру майору А. Марквардту и второму пилоту капитану Дж. Ходжесу довелось опробовать в реальных условиях работу уникальной спасательной системы - отделяемой кабины. С места аварии летчиков наряду с остатками секретного самолета эвакуировали вертолеты. Согласно заключению ВВС, причиной потери управляемости стала забытая в районе прохождения тяг управления банка с герметиком для топливопроводов, однако не исключался одновременный отказ основной и дублирующей систем следования рельефу местности. Временно полеты истребителей-бомбардировщиков с изменяемой стреловидностью крыла были прекращены.
Потери возместили 5 апреля, когда из США в Такли перегнали еще два F-111А. Боевые вылеты возобновились. Как оказалось - ненадолго: 22 апреля в Такли не вернулся третий F-111A. Радио Ханоя опять сообщило о достижениях бойцов ПВО, однако США вновь посчитало причиной потери технические неполадки. Как бы то ни было, а с 25 апреля полеты на боевые задания самолетов F-111А прекратились.
Возобновление полетов планировалось на 2 мая, причем резко менялась сама концепция их боевого применения. Ранее главным козырем F-111A считалась возможность полностью автономных одиночных действий против сильно защищенных средствами ПВО объектов (кстати, в большинстве боевых вылетов объектами ударов являлись вовсе не позиции ЗРК, а - автоколонны, склады, казармы, которые никак нельзя отнести к «объектам, сильно защищенных средствами ПВО»). Теперь предполагалось посылать F-111A на боевые задания только в сопровождении истребителей - косвенное признание боевых потерь двух самолетов.
2 мая боевые вылеты не возобновились, а 8 мая в США в тренировочном полете разбился F-111A. Командование ВВС США наложило запрет на любые полеты всех находящихся в строевых подразделениях истребителей-бомбардировщиков F-111A.
Печальный опыт боевого применения F-111A окончательно поставил крест на флотской модификации F-111В. Сенатор от Арканзаса Джон Л. Макклиллэн еще в апреле 1967 г. призывал Сенат перекрыть финансирование на программу F-111B. Тогда Макнамаре удалось отстоять свои позиции, а точнее, перенести решение вопроса на более поздний срок, когда станут известны результаты боевого применения. Срок настал, результаты боевого применения учли и рассмотрели - в результате программа F-111В испустила дух.
F-111A с полной боевой нагрузкой
F-111A летит в режиме огибания местности через горы в Таиланде
Судьба самолетов F-111A пока оставалась в подвешенном состоянии. Причину произошедшей в окрестностях авиабазы Неллис аварии истребителя-бомбардировщика удалось определить - нарушение целостности разъемной тяги сервопривода горизонтального оперения. После замены разъемных тяг неразъемными запрет на полеты парка «111-х» был снят. Предполагалось возобновить боевые вылеты самолетов этого типа, все еще оставшихся в Такли. Однако 27 августа в процессе статических испытаний планера на заводе фирмы Дженерал Дайнемикс в Сан-Диего произошло разрушение основного силового элемента центроплана. Пришлось проводить комплекс мероприятий по усилению конструкции в зоне расположения шарниров поворотных частей крыла. Пока конструкции не усилили, на самолетах разрешили выполнять полеты только в условиях малой турбулентности и с ограничением по перегрузке в 3,5g. Понятно, что ни о каком боевом применении речи уже не шло.
23 сентября на авиабазе Неллис разбился еще один F-111A - последовал очередной запрет на все полеты всех самолетов. 19 ноября 1968 г. пять самолетов с Такли все-таки поднялись в воздух, но только для того, чтобы перебраться в Штаты. Демонстрационно-показательные выступления в Индокитае самого сложного на тот момент в мире истребителя-бомбардировщика закончились полным фиаско. Почти два месяца из восьми, проведенных F-111 в Индокитае, самолеты оставались на земле из-за запретов на полеты, связанных с конструктивными дефектами.
Самолеты 428-й эскадрильи вернулись из Индокитая на авиабазу Неллис. Эскадрилья базировалась здесь до 1975 г., а в 1975 г. ее перевооружили на истребители-бомбардировщики F-4D «Фантом II». Вновь на вооружении эскадрильи первые в мире серийные самолеты с изменяемой стреловидностью крыла появились в апреле 1991 г., когда на базе подразделения стали готовить экипажи для всех F-111, имевшихся на вооружении ВВС США.