В пользу Р29-300 была его менее сложная и дорогая в производстве и обслуживании конструкция с большим ресурсом, а преемственность схемы облегчала освоение двигателя, как промышленностью, так и эксплуатирующим организациям. В расчет принимался также конъюнктурный интерес: АЛ-21Ф-3 в те годы считался секретным и не подлежал поставкам в большинство зарубежных стран, в то время как новый МиГ предполагался к широкому экспорту и заказчик получал пару унифицированных машин - 23-й истребитель и ударный самолет (забегая вперед, скажем, что это предложение себя полностью оправдало). Большинство остальных "паспортных данных" АЛ-21Ф-3 и Р29-300 были близкими, хотя последний отличался большим диаметром за счет более объемистой форсажной камеры - 912 мм против 885 мм и был почти на 100 кг тяжелее.

С учетом особенностей истребителя-бомбардировщика, большинство полетов выполняющего на дозвуковой скорости и низких высотах, в конструкцию двигателя внесли изменения. Модификация Р29Б-300 ("бомбардировочный") была оснащена небольшой форкамерой с укороченным реактивным соплом взамен прежнего всережимного. Форсажная тяга уменьшилась почти на тонну, составив 11500 кгс, за счет чего улучшалась экономичность, и удельный расход топлива на полном форсаже снизился до 1,80 кг/кгс-ч (меньше, чем у АЛ-21Ф-3 где он составлял 1,86 кг/кгс-ч). При крейсерской тяге в 4200 кгс расход топлива составлял 0,78 кг/кгс-ч, что мало отличалось от соответствующего параметра АЛ-21 Ф-3 (0,76 кг/кгс-ч).

Крыло 1-й редакции МиГ-23Б	Крыло 3-й редакции МиГ-23БН

Носовая часть МиГ-23БН со световым окном лазерного дальномера "Фон"

Истребитель-бомбардировщик имел хорошо зарекомендовавшее себя крыло с отклоняющимся носком и включал ряд новшеств конструкции, соответствовавших накопленным в производстве изменениям по сериям МиГ-23. В первую очередь, это относилось к узлам из высокопрочной стали ВНС-2, технологии обработки и сварки которых нуждались в совершенствовании. Дорабатывалась конструкция центрального бака-отсека №2, как наиболее нагруженного и ответственного агрегата планера. Его производство, требовавшее множества сложных и специфичных техпроцессов и оснастки, было организовано на Тушинском машиностроительном заводе (ТМЗ), имевшем известный опыт работ со стальными конструкциями и сваркой. На ТМЗ собирались опытные образцы сверхзвукового бомбардировщика Т-4 ОКБ П.О. Сухого, имевшего цельносварную конструкцию с широким использованием стали и титана. Полученный опыт и технологии сварки конструкционных сталей были использован при освоении сварных секций фюзеляжа МиГ-23. Получившим задание директору ТМЗ С.А. Звереву и главному инженеру А.В. Потапову досталась нелегкая работа: дело шло трудно, потребовалось пересматривать и улучшать техпроцессы обработки и сварки агрегатов, а все выпущенные силовые отсеки проходили обязательный рентген-контроль. На ТМЗ попытались внедрить изготовление сварных отсеков МиГ-23 из титана, но технологически сложный материал не дал удовлетворительных результатов. Сварная титановая конструкция под нагрузкой поражалась трещинами еще сильнее, и единственными титановыми деталями остались хвостовой шпангоут и прикрывавший сопло хвостовой кок, сваренный из листового титана. При сварке деталей из титана наблюдалось также "наводороживание", что приводило к потере прочности и герметичности сварного шва. В результате терялась прочность конструкции. Сварку баков из ВНС-2 в конце концов освоили и на заводе "Знамя труда". Сейчас в заводском музее стоит центральная бак-секция МиГ-23, первая из изготовленных на заводе, которая успешно прошла военприемку.

Самолет получил модернизированную прицельную систему "Сокол-23Н", что отразилось в его наименовании МиГ-23БН. В остальном оборудование и вооружение практически не претерпели изменений. В состав оборудования самолета добавился речевой информатор, голосом оповещавший летчика о нештатной ситуации на борту при выходе на опасные режимы. Он использовался на большинстве военных самолетов и вертолетов, но изо всего семейства "двадцать третьих" им комплектовались только ударные модификации, а истребители его так и не получили. В носовой части самолета сохранялся отсек станции предупреждения об облучении РЛС противника с радиопрозрачным обтекателем, однако аппаратура по-прежнему не отличалась надежностью и не устанавливалась. Из-за этого с одной из производственных серий самолета пластиковую крышку под ее антенну заменили обычной дюралевой панелью на винтах, служившей для доступа к дальномеру "Фон".