К эксплуатационным недостаткам по самолету относились, прежде всего, слабая унификация, требовавшая специального инструмента, и затрудненный доступ ко многим агрегатам. Так, чтобы добраться к топливному фильтру, шарниру крыла или узлам навески щитков, приходилось тратить в 10-15 раз больше времени, чем на саму работу. Для зарядки гидроаккумулятора требовалось снять люк, на котором крепился правый хвостовой бомбовый держатель, отвернув 30 винтов четырех разных типов. Крепеж люков по планеру осуществлялся винтами, замками и болтами 40 разных типоразмеров, не имевших маркировки; их легко было перепутать, после чего в одних местах слишком короткие винты не обеспечивали силовое крепление, а в других - слишком длинные винты выходили внутрь отсеков, грозя смять агрегаты и порвать жгуты.

С отработкой боевого применения выявились новые проблемы конструкции. Они не ограничивались дефектами собственно вооружения - то и дело после стрельб и пусков ракет самолеты привозили отказы и поломки, особенно по вине мощной пушки, пятитонную отдачу которой полностью не могли погасить демпферы крепления.

Чаще всего страдали электроника и оборудование, залп выбивал предохранители, разрушал фидеры и соединения, обесточивал аппаратуру и оказывался фатальным для прецизионной техники, в лучшем случае заставляя переходить на ручные режимы. Ударной волной сминало створки передней стойки, практически всегда при стрельбе разлетались посадочные фары. На этот случай пришлось ввести уточнения в "Инструкцию летчику" и специальную памятку по подготовке самолета: фары перед вылетом на стрельбу снимались и заменялись заглушками (это занимало 2,5 часа), а при ночных вылетах запрещалась посадка на неосвещенную ВПП. Саму стрельбу рекомендовалось вести не предусмотренными короткими очередями по 75 снарядов с отсечкой (не говоря уже о длинных в 225 или, без остатка, 300 снарядов), а только ограниченными по 30-40 выстрелов, делая пропуск "холостым звеном" в ленте. Полную зарядку 300 патронами осуществить было трудно из-за того, что требовалось очень тщательная, "ювелирная", укладка ленты. На это времени недоставало, и в строевой эксплуатации ввели зарядку укороченной лентой из 260 патронов. После пуска ракет Х-23 всегда вырывался люк закрытия узла централизованной заправки топливом из-за его неправильного крепления на самолете. В конце января 1976 года в Смуравьево провели летно-техническую конференцию по обобщению опыта эксплуатации МиГ-27. По мере освоения и накопления опыта самолет заслужил хорошую репутацию - достаточно сказать, что за первый период службы МиГ-27 в полку не было ни одного летного происшествия и ни одна машина не была потеряна. МиГ-27 массово пошел в ВВС, а 722-й и 642-й апиб, вместе с Липецким Центром, стали базовыми для стажировки переучивавшегося летного и технического персонала. 722-й апиб и в дальнейшем оставался лидерным по МиГ-27 - с появлением новых модификаций самолета они также направлялись на строевую "обкатку" в Смуравьево, а послужившие машины передавались в другие полки.