Рабочий проект опытной пусковой установки, которой был присвоен фирменный для ЦКБ-34 индекс СМ-99, был создан в 1960 г. Первая опытная ПУ, выпущенная заводом «Большевик», имела короткую качающуюся часть, но необходимость стыковки наземного оборудования с бортовым оборудованием, пневмо- и электромагистралями ракеты потребовала существенного удлинения балки и введения носового разъема.

Общая конструктивная схема напоминала пусковую установку СМ-63 комплекса С-75. Основными внешними отличиями были два мощных гидравлических цилиндра, примененные вместо использовавшегося в СМ-63 секторного механизма для подъема стрелы с направляющими, отсутствие газоотражателя, а также подводимая к нижней поверхности передней части ракеты откидная рама с электровоздухоразъемами. На ранних этапах разработки эскизного проекта ПУ исследовались различные варианты газоотбойных и газоотражательных конструкций, но, как оказалось, использование на ЗУР стартовых ускорителей с отклоненными соплами сводило их эффективность практически к нулю. Исходя из результатов испытаний на полигоне Ржевка, в 1961... 1963 г.г. была выпущена опытная партия пусковых установок СМ-99А для проведения заводских и совместных испытаний в составе полигонного варианта системы С-200 на Балхаше, а затем и технический проект серийной пусковой установки 5П72.

Разработка проекта заряжающей машины велась под руководством А.И.Устименко и А.Ф.Уткина с использованием схем, предложенных С.П. Ковалесом.

Расположенный в Казахстане, к западу от озера Балхаш, полигон «А» Министерства обороны готовился к приему новой техники. Требовалось построить позицию радиотехнических средств и стартовую позицию в районе площадки «35». Первый бросковый пуск ракеты на полигоне «А» был произведен 27 июля 1960 г. Фактически летные испытания начались с использованием оборудования и ракет, крайне далеких от штатных по составу и конструктивному исполнению. На полигоне смонтировали спроектированную в ракетном ОКБ-2 так называемую «пусковую установку» - агрегат упрощенной конструкции без приводов наведения по углу места и азимуту, с которой было произведено несколько бросковых и автономных пусков.

Первый полет ракеты В-860 с работающим ЖРД маршевой ступени был осуществлен при четвертом опытном пуске 27 декабря 1960 г. До апреля 1961 г. по программе бросковых и автономных испытаний было проведено 7 пусков ЗУР в упрощенном исполнении.

К этому времени даже на наземных стендах не удавалось добиться надежной работы головки самонаведения. Не были готовы и наземные радиоэлектронные средства. Только в ноябре 1960 г. опытный образец РПЦ был развернут на радиотехническом полигоне КБ-1 в Жуковском. Там же на специальных стендах установили и две ГСН.

В конце 1960 г. А.А. Расплетин был назначен ответственным руководителем и Генеральным конструктором КБ-1, а входившее в его состав конструкторское бюро по зенитным ракетным комплексам возглавил Б.В. Бункин. В январе 1961 г. главком Войск ПВО С.С. Бирюзов проинспектировал КБ-1 и его испытательную базу в Жуковском. К этому времени важнейший элемент наземных средств комплекса - радиолокатор подсвета цели являл собой «всадника без головы». Антенная система еще не была поставлена заводом №23. На полигоне «А» не было ни цифровой вычислительной машины «Пламя», ни аппаратуры командного пункта. Из-за отсутствия комплектующих срывалось изготовление штатных пусковых установок заводом № 232.

Тем не менее выход был найден. Для автономных испытаний ракет весной 1961 г. на полигон «А» доставили макетный образец РПЦ, выполненный на конструктивной базе антенного поста комплекса С-75М. Его антенная система имела значительно меньшие размеры, чем штатная антенна РПЦ системы С-200, а передающее устройство - пониженную мощность из-за отсутствия выходного усилителя. Аппаратная кабина была укомплектована только минимально необходимым набором приборов для проведения автономных испытаний ЗУР и наземного оборудования. Монтаж макетного образца РПЦ и ПУ, размещенных в четырех километрах от 35-й площадки полигона «А», обеспечил начальный этап испытания ракет.

Опытный образец антенного поста РПЦ был перевезен из Жуковского в Горький. В ходе испытаний на полигоне завода №92 выявилось, что забивание приемного канала мощным сигналом передатчика все-таки происходит, несмотря на экран, установленный между их антеннами. Сказалось отражение излучения от подстилающей поверхности площадки вблизи РПЦ. Для устранения этого эффекта под антенной закрепили дополнительный горизонтальный экран. В начале августа эшелон с опытным образцом РПЦ был отправлен на полигон. Тем же летом 1961 г. была подготовлена аппаратура и для опытных образцов других средств системы.

Первый развернутый для испытаний на полигоне «А» огневой канал С-200 включал всего одну штатную пусковую установку, что позволяло вести совместные испытания ракет и радиотехнических средств. На первых этапах испытаний заряжание пусковой установки производилось не штатно, а с использованием автокрана.

Проводились также облеты одноканального радиовзрывателя 5Е18, в ходе которых самолет, несущий контейнер с радиовзрывателем, на встречных курсах сближался с самолетом, имитирующим воздушную цель. Для повышения надежности и помехоустойчивости начали разработку нового двухканального радиовзрывателя, позднее получившего обозначение 5Е24.

К очередной годовщине Великого Октября на полигоне с использованием самолетов Ту-16 провели облеты РПЦ в режиме работы радиолокатора с разрешением целей по скорости и по дальности. При проведении на полигоне экспериментальных работ по использованию С-75 в режиме ПРО, создатели С-200 воспользовались уникальной возможностью и попутно, сверх плана, осуществили проводку оперативно-тактической баллистической ракеты Р-17 радиолокационными средствами своей системы.

Для сопровождения серийного выпуска ракет системы С-200 на заводе № 272 было создано специальное конструкторское бюро, которое впоследствии занялось и модернизацией этих ЗУР, так как основные силы ОКБ-2 переключились на работы по С-300.

Для обеспечения испытаний готовилось переоборудование пилотируемых самолетов Як-25РВ, Ту-16, МиГ-15, МиГ-19 в беспилотные мишени, были ускорены работы по созданию запускаемой с Ту-16К крылатой ракеты-мишени КРМ, разрабатываемой на базе боевых ракет семейства КСР-2/КСР-11. Рассматривалась возможность использования в качестве мишеней зенитных ракет «400» системы «Даль», стрельбовый комплекс и техническая позиция которой еще в пятидесятые годы были развернуты на 35-ой площадке полигона «А».

К концу августа число пусков достигло 15, но все они были выполнены в рамках бросковых и автономных испытаний. Задержка с переходом к испытаниям в замкнутом контуре определялась как отставанием с вводом в строй наземных радиоэлектронных средств, так и трудностями с созданием бортовой аппаратуры ракеты. Катастрофически срывались сроки создания бортового источника электропитания. При наземной отработке ГСН выявилась непригодность радиопрозрачного обтекателя. Проработали еще несколько вариантов обтекателя, отличавшихся применяемыми материалами и технологией изготовления, в том числе керамические, а также стеклопластиковые, формируемые намоткой на специальных станках по схеме «чулок», и другие. Выявились большие искажения радиолокационного сигнала при его прохождении через обтекатель. Пришлось пожертвовать максимальной дальностью полета ракеты и применить более благоприятный для работы ГСН укороченный обтекатель, использование которого несколько увеличило аэродинамическое сопротивление.

В 1961 г. 18 из 22 проведенных пусков дали положительные результаты. Основной причиной задержки стало отсутствие автопилотов и ГСН. В то же время поставленные в 1961 г. на полигон опытные образцы наземных средств огневого канала еще не были состыкованы в единую систему.