В декабре 1986 года директивным решением ракетное производство на ХАПО было предписано прекратить. Решение было предсказуемым даже для плановой экономики: предприятие впредь специализировалось на самолетостроении, а затраченные усилия и наработанный опыт оценивались как «отработка технологии и производственного цикла специзделий». Цех №86 закрывался, оснастка и задел передавались на Кировский механический завод, освобожденный от зенитно-ракетной тематики и загруженный новым авиапромовским заказом. Производство агрегатов Х-55 развернули также на Смоленском авиазаводе.
Развивая удачную конструкцию, МКБ «Радуга» разработало ряд модификаций базовой Х-55. Вариант Х-55ОК (изделие 121) отличался системой наведения с оптическим коррелятором, ориентировавшимся по эталонному изображению местности. В июне 1983 года последовало решение о создании модификации комплекса с ракетой увеличенной дальности. Система наведения, обеспечивавшая достаточную точность, осталась прежней, однако повышение дальности требовало увеличения запаса топлива. Чтобы не менять отработанную конструкцию, было предложено простое и практичное решение - по бокам фюзеляжа снизу оборудовали накладные конформные баки, практически не повлиявшие на аэродинамику и балансировку ракеты. Такая конструкция позволила сохранить габариты и возможность размещения тех же шести ракет на МКУ внутри фюзеляжа. Ракета получила обозначение Х-55СМ.
Однако возросшая масса вынудила ограничить число ракет на подкрыльевых узлах Ту-95МС. 16 таких изделий были собраны харьковским предприятием к марту 1987 года и сданы для проведения испытаний. За характерную форму с боковыми баками Х-55СМ получили прозвище «щекастые».
Ввиду того, что ракеты типа Х-55 предназначались для поражения статичных объектов с заранее известным местонахождением, возникло предложение о расширении их возможностей и использовании для борьбы с другими целями, в том числе подвижными и обнаруживаемыми ракетоносцами в ходе полета (традиционно к ним относились крупные корабли и авианосные группировки). Подобные модификации американских «Томагавков» тактического назначения оснащались РЛ, ИК и ТВ цифровыми системами самонаведения. Вариант Х-55 с радиолокационной ГСН внешне отличался остроконечным оживальным радиопрозрачным обтекателем, вписанным в цилиндрические обводы фюзеляжа. Ракета не принималась на вооружение ввиду неприспособленности стратегических носителей ДА к поражению подобных целей.
Демонстрация ракеты Х-55 главе государства
Ракета Х-55СМ
Первыми к освоению нового комплекса приступили в семипалатинском 1223-м ТБАП, куда 17 декабря 1982 года прибыли два новых Ту-95МС (одновременно, с разрывом всего в неделю, в американских ВВС достигла боеготовности первая часть на В-52Н, оснащенных ракетами ALCM - 42-е бомбардировочное авиакрыло на базе Лоринг на восточном побережье США). Уже в феврале экипажи полка начали отработку пусков Х-55 (срок сам по себе достаточно примечательный - обычно при переходе на новую технику к боевому применению приступали лишь через год-полтора). Этому способствовали продуманность и технологичность комплекса с высокой степенью автоматизации, упрощавшей проверку и подготовку к пуску. С 1984 года к переучиванию на Ту-95МС приступил соседний 1226-й ТБАП той же семипалатинской 79-й ТБАД. Целями базировавшихся в Казахстане полков являлись стратегические объекты в Китае, американские военно-морские базы в Индийском океане и на территории США, для атаки которых предусматривалось перебазирование и развертывание ударной авиагруппировки в угрожаемый период на аэродромах в Арктике и Приморье, откуда открывались кратчайшие маршруты к американскому континенту.
Одновременно шло оснащение Ту-95МС полков ДА в европейской части СССР - 1006-го ТБАП в Узине под Киевом и 182-го гв.ТБАП в Моздоке, входивших в 106-ю ТБАД. В дивизии были сосредоточены исключительно более совершенные ТУ-95МС-16. При существенно более высоких ударных возможностях, «шестнадцатизарядные» ТУ-95МС-16 обладали таким сопутствующим недостатком, как значительное сопротивление внешних подвесок, «съедавших» дальность с 10 тыс. до 6 тыс.км, из-за чего они обычно не монтировались, и самолеты летали только с внутренним размещением ракет. Для пуска самолеты и ракеты оборудовались телеметрией, позволявшей контролировать ход полета. Обычно ограничивались подвеской одной ракеты. Полный вариант загрузки служил для демонстрационных целей при всевозможных проверках и инспекциях.