В тот же день, 12 октября 1941 г., когда 5-я эскадрилья была переформирована в 591-й иап, из Главного штаба ВВС поступило приказание о немедленной эвакуации Курсов в Сергиевский район Куйбышевской области. Последний девятый маршевый полк под командованием полковника Оленева убыл из Липецка на фронт 16 октября. А уже к 26 октября тринадцатью эшелонами ЛАУЦ был переправлен на станцию Сургут и вошел в подчинение начальника ВВС Приволжского военного округа, которым командовал В.А. Судец (через десять лет он сам будет проходить службу в Липецке). К формированию маршевых полков приступили спустя всего три недели после начала перебазирования. К концу года почти полностью сменилось командование ЛАУЦ. Всего с 1 июля 1941 г. по 28 июня 1942 г. Центр отправил на фронт 33 маршевых полка. Впоследствии шесть из них получили наименование «гвардейский». Кроме того, было подготовлено две разведывательные эскадрильи на Пе-2 и 224 отдельных экипажа на самолетах СБ.

Ангары и бетонированные стоянки самолетов но аэродроме «Липецк-1»

Техник самолета Ту-2 Шамыгин докладывает командиру эскадрильи о готовности самолета к полету, 1947 г.	Командир учебного авиационного полка Герой Советского Союза полковник И.Ф. Кованев, штурман учебного полка капитан Труним и старший штурман Курхов, полковник А.И. Вылегжонин уточняют маршрут учебного полета на самолете Ту-2, 1947 г.

11 июня 1942 г. приказом наркома обороны Центр был переименован в Липецкие курсы усовершенствования командного состава ВВС Красной Армии (ЛКУКС), перед которыми ставилась задача подготовки командиров частей, вооруженных бомбардировщиками Пе-2, штурмовиками Ил-2, истребителями Як-1 и ЛаГГ-3, а также начальников воздушно-стрелковой службы полков. В штат добавилась 3-я учебная истребительная эскадрилья под командованием майора И.С. Мамонова.

В начале февраля 1944 г. пришло распоряжении о перебазировании в Липецк. Радость возвращения была омрачена крушением поезда на подъезде к Куйбышеву. Пострадали двадцать слушателей, которых в тяжелом состоянии доставили в госпиталь.

В 1944 г. приказом наркома обороны Курсы преобразовываются в Липецкую высшую офицерскую авиационную школу ВВС Красной Армии (ЛВОАШ). Вместо учебных классов были созданы кафедры, которые вели не только учебную, но и научную работу. Прием слушателей проводился с экзаменами. Вместо учебных эскадрилий образовывались учебные полки, дислоцированные в Липецке и Грязях. Имелась смешанная эскадрилья, вооруженная ленд-лизовскими «Аэрокобрами», «Харрикейнами», «Бостонами», транспортными С-47 , трофейными «Хейнкелями-111», Bf-109 и Bf-110.

Начальником школы стал Герой Советского Союза генерал-майор авиации Евгений Ефимович Ерлыкин, а генерал Е.М. Николаенко убыл на фронт командующим воздушной армией. Учебные полки возглавили опытные фронтовые летчики, ранее обучавшиеся в Липецке: подполковник Н.И. Кузьменко (бомбардировочный), подполковник А.И. Тишков (штурмовой), подполковник Подмогильный (истребительный). Кафедры пополнились опытными преподавателями, имевшими боевой опыт. К концу войны ЛВОАШ стала одним из крупных центров по подготовке авиационных командных кадров, обобщению боевого опыта и совершенствованию тактики применения авиации.