В военное время планировалось мобилизовать большую часть техники ГВФ. Вся она, включая самолеты советской части «Дерулюфта», находилась на учете в Мобилизационном отделе УВВС. Ежемесячно туда подавались сведения о наличии самолетов и моторов, их исправности и остатке ресурсов. Наиболее современные и грузоподъемные машины были взяты на особый учет. После объявления мобилизации они вместе с летным и наземным составом должны были отправиться на заранее намеченные аэродромы, где из них формировались военные авиационные транспортные отряды (вато). Отряды имели штатную численность от 6 до 12 самолетов.
Но существовал регион, где война шла постоянно - Средняя Азия. Именно там опробовали многие новинки, в том числе и переброску по воздуху.
Эффективность действий войск против басмачей значительно снижалась труднодоступной местностью и практически полным бездорожьем. Имелась всего одна железная дорога. Дороги с твердым покрытием отсутствовали. Значительную часть территории Средней Азии занимали горы и пустыни, затруднявшие передвижение войск и значительно осложнявшие их снабжение.
Вполне естественным в этих условиях казалось использование для различных перевозок авиации. Но военные имели в этом регионе всего два недоукомплектованных авиационных разведывательных отряда, вооруженных небольшими двухместными самолетами (с 1925 г. - Ю-21). Оба они базировались в Ташкенте. Их машины иногда перевозили пассажиров (не более двух) или мелкие грузы. На большее эта техника не была способна.
Для поддержки боевых операций решили использовать самолеты гражданской авиации. В конце 1923 г. было создано Среднеазиатское отделение общества «Добролет». К 1 января 1924 г. оно получило пять новых самолетов Ю-13. Но военные захотели иметь собственные транспортные машины. С согласия руководства «Добролета» им передали три Ю-13. По одному получили 35-й и 40-й авиаотряды, а последним стало распоряжаться Управление ВВС округа.
Позднее парк Среднеазиатского отделения восстановили и даже увеличили. Военные перевозки осуществлялись на основе договора между «Добролетом» и НКВМ. Как правило, они сводились к специальным рейсам, но иногда округ арендовал гражданскую машину вместе с экипажем на какой-то срок.
Роль военных перевозок для «Добролета» можно оценить по следующим цифрам: в октябре 1927 г. из 3036 кг доставленных грузов 2322 кг принадлежало военным. Перевозили стрелковое оружие, боеприпасы, включая авиационные бомбы мелких калибров и взрыватели к ним, медикаменты, почту, газеты и журналы, изредка продовольствие. Например, в декабре 1927 г. самолет «Добролета» перебросил из Чарджуя в Дарганат 25 винтовок и 2000 патронов к ним. Это оружие предназначалось для местного отряда самообороны, усилившего небольшой гарнизон.
В военное время ВВС собирались мобилизовать из ГВФ самолеты П-5, Сталь-2 и Сталь-3
Четкого разделения функций между военными и гражданскими Ю-13 не существовало. Авиацию использовали для снабжения отдаленных пограничных постов и застав, передовых подразделений на марше в труднодоступной местности. В качестве пассажиров обычно брали на борт командиров различного ранга, технических специалистов, врачей. Существовала, например, практика ознакомления с воздуха с районом предстоящих военных операций или с маршрутом движения колонны.
С 1927 г. самолеты выполняли роль «скорой помощи», доставлявшей небольшие подкрепления, оружие и боеприпасы. В этом году впервые произвели переброску войск по воздуху. Три самолета высадили у находившегося под угрозой нападения поселка 15 красноармейцев. В 1929 г. в район города Гарм на шести самолетах доставили 45 бойцов.
С того же года начала практиковаться также перевозка самолетами раненых. В Ю-13 можно было погрузить двух лежачих или четырех сидячих раненых. В летнюю кампанию 1931 г. в Таджикистане медицинская служба сформировала специальную хирургическую бригаду, доставлявшуюся на место самолетом. Раненые вывозились авиацией в Сталинабад, где на аэродроме дежурили санитарные машины. В том же году, во время Каракумского похода против кочевых туркменских племен по воздуху доставлялось горючее для механизированного отряда, двигавшегося от Красноводска. Садились везде, где имелись более или менее подходящие площадки. 10 августа 1931 г. Ю-13 пилота В.М. Шнея, перевозивший горючее, потерпел аварию у колодца Дербент. Порыв ветра бросил машину на бугор; в результате были повреждены шасси и винт.