Ту-160 взлетает в Прилуках во время демонстрации техники
Периодически проблемы возникали с силовой установкой бомбардировщика и особенно при запуске двигателей. Случались отказы автоматики и в полете. Так, в одном из полетов произошла остановка в воздухе сразу двух двигателей, но достаточный запас тяги позволил экипажу продолжить полет и благополучно посадить машину на аэродроме. Однажды пришлось даже взлетать при одном неработающем двигателе. Были нарекания и по поводу частого разрушения створок сопел двигателей НК-32.
Еще одним «слабым местом» силовой установки оказались воздухозаборники, из-за вибрации которых образовывались трещины и вылетали заклепки. Этот дефект постепенно устранялся путем замены первых секций воздушных каналов и усиления окантовки передних кромок воздухозаборника.
На больших скоростях полета расслаивались сотовые клееные панели хвостового оперения. Такие случаи имели место как в Прилуках, так и в ЛИИ, где продолжали летать опытные и несколько первых серийных самолетов. В одном случае в воздухе оторвался кусок стабилизатора, в двух других - часть форкиля (отрыв одного из пластиковых обтекателей форкиля был замечен как во время демонстрации Ту-160 в Рязани, так и после приземления самолета «70-03» во время одного из авиасалонов в Жуковском).
Оперение бомбардировщика пришлось усилить. Одновременно укоротили на полметра (для уменьшения нагрузок) размах стабилизатора. Новые стабилизаторы размахом 13,26 м доставлялись с завода в Прилуки на фюзеляже специально доработанного самолета Ил-76.
Сложной и не очень надежной оказалась первоначальная конструкция механизма уборки и выпуска основных опор шасси, из-за чего экипажи 184-го Гв.ТБАП в 1988 году несколько месяцев летали без его уборки. Конструкторам пришлось доработать и упростить кинематику, а затем внедрить доработку в серию. Часть выпущенных самолетов доработали в строю. Усовершенствовали и гидросистему бомбардировщика.
Подвеска ракеты Х-55СМ в отсек Ту-160
Пуск ракеты Х-55
Самолет имел и «стояночную» особенность: при сложенных консолях крыла (т.е. при стреловидности 65 град.) он мог опрокинуться на хвост, поэтому машины на земле оставляли с развернутым крылом (т.е. в положении с минимальной стреловидностью 20°), хотя при этом Ту-160 занимал на аэродроме значительно больше места.
Предпосылки к авариям случались и по вине экипажей. Так, например, из-за своей большой инерции самолет несколько раз выкатывался за пределы взлетно-посадочной полосы на грунт.
Особенно много проблем на начальном этапе эксплуатации серийных самолетов накопилось из-за недостаточно отработанных систем бортового радиоэлектронного оборудования, в частности, бортового комплекса обороны «Байкал», который в основном размещался в хвостовой части фюзеляжа (т.е. в зоне повышенных вибраций при работающих двигателях). Пилоты считали, что «возят неработающий балласт», К началу 90-х годов БКО все же удалось доработать, но отказы периодически случались.