На фронт "Спитфайры" XVI попали в ноябре 1944 г. Первой крупной операцией для них стали атаки на пусковые площадки баллистических ракет V-2 в Нидерландах, к которым привлекли четыре эскадрильи.

Позиции ракетчиков были хорошо замаскированы, укреплены и защищены зенитными средствами. Сами же позиции фактически являлись малоразмерными целями, поражать которые требовалось с высокой точностью. Поэтому прорыв к ним возложили на быстроходные и маневренные "Спитфайры". Они работали как истребители-бомбардировщики, сбрасывая бомбы с крутого (до 70 градусов) пикирования. Был даже случай, когда пилот обстрелял из пушек взлетающую ракету (но она не взорвалась).

В конце войны и "девятки", и "шестнадцатые" использовались, по большей части, против наземных целей, хотя и не стеснялись атаковать любые попадающиеся под руку немецкие самолеты. Для увеличения боевой эффективности машины как штурмовика проводился ряд экспериментов по вооружению "Спитфайра" реактивными снарядами. При этом опыты проводились как на модификации IX, так и на самолетах типа XVI.

Монтировались американские кассеты М10 из трех трубчатых направляющих калибра 114 мм под каждым крылом - фактически, шесть пехотных противотанковых гранатометов ("базук" по американской терминологии), английские установки "Триплекс" (тоже трубчатые, но калибра 76,2 мм с надкалиберной боевой частью от гаубичного снаряда) и стандартные ракетные установки - по четыре ракеты в ряд, подвешенные на замках спереди и сзади (т.н. "нулевой длины" или безбалочные). Но все они, в сущности, остались только экспериментальными.

Быстрые темпы наступления вновь потребовали увеличения радиуса действия "Спитфайров". На испытаниях под "девятки" вешали американские каплевидные баки под крылья, большой (емкостью свыше 900 л) сигарообразный бак под фюзеляжем, но, наконец, остановились на баках обтекаемой формы объемом по 227 л. Этот тип заменил применявшиеся ранее конструкции, прилегавшие к центроплану.

Опытный "Спитфайр"XVI в полете

"Шестнадцатый" с подрезанными законцовками крыла

На "Спитфайрах" типов IX и XVI, кроме англичан, воевало немало пилотов других наций. В первую очередь, это летчики национальных формирований в составе британских ВВС. Этими машинами были вооружены девять польских эскадрилий, семь французских, три чехословацких, две бельгийских, две норвежских, две греческих, одна голландская. Много летало на этих машинах и так называемых "инфильтрационных" эскадрилий, входивших в состав ВВС метрополии, но укомплектованных личным составом из различных доминионов. "Девятки" поставлялись и в Советский Союз.

Кроме массовых серий, существовало и несколько вариантов узкоспециализированных переделок машин этих модификаций. К ним, в частности, относились высотные перехватчики. Создание таких машин обуславливалось уже упоминавшимся ранее появлением над Англией немецких высотных разведчиков и бомбардировщиков Ju86P, а затем Ju86R. "Шестерки" оказались против них беспомощны - их моторам не хватало высотности.

Выход решили найти в спешной доработке нескольких "девяток", двигатели которых в этом отношении были куда совершеннее.

На потолок "Спитфайра" VI (13300 м) самолет модификации IX забирался на 10 минут раньше. В начале сентябре 1942 г. на аэродроме Нортхолт сформировали отдельное звено высотных истребителей. Для него подготовили специальные машины. Это не были HF IX, их в серию запустили позже. Звено получило F IX с моторами "Мерлин" 61, но с особыми редукторами и облегченными винтами. С самолетов сняли часть оборудования, всю броню и пулеметы. Их и покрасили необычно - не как истребители, а как разведчики - в серо-голубой цвет со всех сторон. 12 сентября один из таких "Спитфайров" перехватил "Юнкерс" на высоте 13500 м. Немцы попытались уйти вверх, но английский истребитель продолжал преследовать разведчик до 14400 м, повредив ему пушечным снарядом крыло.

В 1944 г. некоторое количество "девяток" переделали в ближние разведчики FR IX. От обычных истребителей они отличались перспективной фотокамерой, устанавливавшейся в фюзеляже за кабиной и смотревшей объективом налево. Вооружение у таких машин полностью сохранялось. Самолеты модификации FR IX в 1944-45 годах применялись на фронте во Франции, Италии, Германии.

Если сложить общее количество выпущенных "Спитфайров" типов IX и XVI, то итог превзойдет рекорд "пятерки". Но часть "девяток" и "шестнадцатых" на фронт попасть не успела.

Зато в бой вступили еще более совершенные "Спитфайры", на которых моторы "Мерлин" сменились еще более мощными двигателями Роллс-Ройс "Гриффон".