После окончания балканских войн ВВС Хорватии пришли в состояние, которое в 2002 г. было охарактеризовано как «кризис» — осталось всего порядка десяти боеспособных самолетов. Хорватия стремилась в НАТО, поэтому руководство страны приняло меры по выправлению ситуации. Рассматривался вопрос о возможности закупки истребителей F-16, однако пришли к выводу, что модернизировать состоящие на вооружении истребители МиГ-21 будет более прагматичным решением.

Переговоры о модернизации истребителей МиГ-21 велись в конце 1990-х гг. с Россией (в вариант МиГ-21-93), но в конечном итоге выбор был сделан в пользу Румынии. Восемь истребителей МиГ-21 бис в 2003-2004 гг. прошли на фирме «Аэростар» доработку в вариант МиГ-21бисD (D — Dorodien, доработанный; на самолетах установлены новые системы госопознавания, новые радиостанции, системы ближней навигации и инструментальной посадки, приемники спутниковой навигационной системы GPS). Также в Румынии в 2003— 2004 гг. прошли модернизацию четыре спарки МиГ-21 УМ.

Два Ан-32 прошли в 2004 г. ремонт и модернизацию на Украине на заводе в Киеве. В ходе ремонта на самолеты установили системы отстрела ИК ловушек и радиокоммуникационное оборудование стандарта ICAO. Не менее трех Ан-32 ВВС Хорватии получили в 1995-1996 гг.

Хорватия всегда страдала от лесных пожаров, еще во времена социалистической Югославии здесь базировалась противопожарная эскадрилья. Аналогичная эскадрилья появилась в Хорватии вновь. До 2001 г. она находилась в ведении министерства внутренних дел, пока ее не передали в ВВС.

На вооружении 855-й авиационной противопожарной эскадрильи в 2000 г. состояло две противопожарные летающие лодки Канадэр CL-215, три CL-415, а также два самолета Эйр Трэктор AT-802F. Последние, хотя оснащены водяными баками, используются, главным образом, для мониторинга лесных пожаров. Четвертый CL-415 эскадрилья получила в 2004 г, в то время как два CL-215 были сняты с вооружения и проданы. Изучался вопрос о закупке в России амфибий Бе-200, но решение принято не было, хотя российский самолет выполнил в Хорватии серию демонстрационных полетов.

После окончания войны упор был сделан на закупку учебных самолетов и вертолетов.

Три РС-9 было поставлено в 1996— 1997 гг.; в апреле-ноябре 1997 г. ВВС Хорватии получили 20 вновь построенных самолетов РС-9М. Три самых первых «Пилатуса» были сняты с вооружения в середине 2005 г.

В конце 1996 г. ВВС Хорватии заказали фирме Белл десять вертолетов 206В-3. Все десять вновь построенных вертолетов ВВС Хорватии получили в 1997—1998 гг. Четыре вертолета MD.500 появились на вооружении ВВС Хорватии или в 1992 г., или в 1995 г., сняты с вооружения в 2001 г.

К 1998 г. на вооружении ВВС Хорватии оставалось шесть вертолетов Ми-24В. В 2004 г. 29-я эскадрилья боевых вертолетов была расформирована, став частью 28-й транспортной вертолетной эскадрильи; в 2004 г. все вертолеты Ми-24 были поставлены на хранение.

Большая часть вертолетов Ми-8 (ранних модификаций) была снята с вооружения ВВС Хорватии к 2005 г., десять Ми-8МТВ прошли модернизацию на Украине в государственной компании Укрспецэкспорт. Вертолеты Ми-8 состоят на вооружении двух транспортных эскадрилий, одна из которых специализируется на выполнении заданий в интересах ВМС.

Осенью 2006 г. в печати появились сообщения о заключении контракта с Улан-Удэнским авиационным заводом на поставку десяти вертолетов Ми-171Ш. Все десять вертолетов-штурмовиков ВВС Хорватии должны получить в 2007 г. Поставки осуществляются в счет долга России Хорватии.

В совместных со странами НАТО учениях хорватские ВВС принимают участие с 2000 г., когда страна присоединилась к программе сотрудничества с НАТО.

Первые совместные полеты самолетов ВВС Хорватии и палубной авиации ВМС США были выполнены в 2000 г. В 2002 г. после почти шестимесячного пребывания в водах Персидского залива в Адриатическое море зашел авианосец «Джордж Вашингтон», самолеты с которого приняли участие в совместных с ВВС Хорватии учениях «Джойнт Уингз-2002», проводившихся с 24 по 31 октября. От ВВС Хорватии в учениях принимали участие четыре истребителя МиГ-21бис и один МиГ-21УМ (их пилотировали летчики обеих истребительных эскадрилий — 21- и 22-й), два вертолета Ми-8МТВ-1 из 28-й транспортной эскадрильи; в общей сложности 25 летчиков. Командование 17-го палубного авиакрыла выделило для участия в учениях шесть истребителей F/A-18 (из эскадрилий VFA-34, VFA-83, VFA-81), три истребителя F-14B из эскадрильи VF-103, один вертолет SH-60F и один вертолет НН-60Н из эскадрильи HS-15, всего 35 человек летных экипажей. В учениях принял непосредственное участие командир 17-го палубного авиакрыла кэптен Дэн Поттс. Группой самолетов и вертолетов ВВС Хорватии командовал полковник Желько Еленич (командир авиабазы Пула). В ходе учений отрабатывались воздушные бои между истребителями, совместные полеты самолетов и вертолетов. В числе хорватских летчиков находилось шестеро молодых лейтенантов, всем им была предоставлена возможность выполнить полеты во второй кабине F-14. Американским летчикам была предоставлена возможность слетать на учебно-тренировочных самолетах РС-9М.

В феврале 2005 г. над Адриатикой пилоты самолетов РС-9М ВВС Хорватии отрабатывали совместное пилотирование с итальянцами на АМХ из 51-й Stormo.

В учениях «Кооператив Кью», которые проводятся на территории Болгарии, хорватские Ми-8 принимали участие в 2003 и в 2005 гг.

В 2005 г. в составе ВВС Хорватии была сформирована пилотажная группа «Крылья Олуя» (в память успешной операции «Шторм»). Первый официальный показ состоялся 9 декабря 2005 г. на авиабазе Пула. Группа выступает на самолетах РС-9М, демонстрируя пилотаж четверкой. Пятый «Пилатус» летает с соло-программой. В число летчиков группы входит первая женщина-пилот ВВС Хорватии капитан Дияна Добос (правый ведомый в ромбе). Постоянно группа базируется на аэродроме Задар-Земуник.

* Эскадрилья входит в состав ВВС, но выполняет задачи в интересах ВМС.