В 1993 г. полк приступил к перевооружению на самолеты Су-24 разных модификаций, МиГ-25РБ/РУ и Су-17М4. Поступление новой техники началось в июле. За год на самолетах Су-24 и МиГ-25 было выполнено пять летных смен общим налетом около 100 ч. С мая 1993 г. полк стал именоваться «968-й исследовательско-инструкторский Севастопольский Краснознаменный ордена Суворова III степени авиационный полк бомбардировщиков и разведчиков» в составе 4-го Центра боевого применения и переучивания летного состава фронтовой авиации.

Окончательной датой возрождения полка можно считать сентябрь 1994 г. Тогда полк доукомплектовали личным составом и самолетами расформированного 760-го сииап. Полк перешел на 4-х эскадрильный состав, за год было проведено 49 летных смен с общим налетом свыше 1000 ч. Директивой ГШ ВВС от 3 июня 1994 г. полку присвоено наименование «968-й исследовательско-инструкторский смешанный авиационный полк».

28 июня 1994 г. произошла авария самолета Су-24М (командир экипажа майор И.А. Макаренко, штурман майор СВ. Стародубцев), причиной которой стал пожар, приведший к отказу системы управления и взрыву третьего топливного бака; летчик и штурман катапультировались на высоте 450 м при скорости 500 км/ч с правым креном в 40—50 град.

Общий налет за 1995 г. составил всего 18% от плана. По НИР было налетано менее 100 часов. Главная причина сверхмалого налета — плохое обеспечение ГСМ. «Натренированность летного состава слабая. 25 летчиков из боевого расчета в 1995 учебном году не летало вообще», что характерно — особых проблем с исправностью матчасти не отмечалось — боеготовыми были 70—80% самолетов. Увы, исправность на высоком уровне поддерживать долго не удалось, уже на следующий год «...положение с авиационной техникой бедственное. Резко уменьшился коэффициент исправности авиатехники и профессионализм технического состава, как по объективным, так и субъективным причинам».

Надо сказать, что количество инцидентов и предпосылок к летным происшествиям оставалось сравнительно невысоким, однако уже в 1997 г. была отмечена тревожная тенденция роста инцидентов по вине личного состава. Наибольшее количество ошибок летчики совершили на посадке и при выполнении пилотажа в зоне, объяснялись ошибки «объективными причинами, связанными прежде всего с усложнившейся морально-психологической обстановкой в ВС РФ». «Расшифровывать» данную цитату из Исторического формуляра нет никакого желания, ибо «обстановка» в те годы усложнилась отнюдь не только в ВС РФ, и вспоминать ее, прочувствовав собственной шкурой, совершенно не тянет.

2-я эскадрилья, 1994 г.

Тем не менее, частью сил полк участвовал в восстановлении конституционного порядка в Чеченской республике, а также принял десятью летными экипажами участие в воздушном параде над Поклонной горой в Москве, посвященном 50-летию победы в Великой Отечественной войне.

В 1996 г. положение с налетом не изменилось: «...летает личный состав лидерных звеньев и то, 102 летные смены в месяц». Однако даже в таких условиях в апреле личный состав принимал участие в исследовательском ЛТУ в Ахтубинске, отрабатывая защиту ударных самолетов от атак истребителей противника. В ходе учения ракетами Р-27 и Р-73 было сбито 7 мишеней Ла-17, еще одна мишень Ла-17 сбита огнем из бортовой пушки, три мишени М-6 сбито ракетами Р-73; четыре наземные цели уничтожены ракетами «воздух-земля» с самолетов Су-24М и Су-25.

3 октября пара Су-27 прикрывала зону дозаправки двух Ту-95МС на учениях стратегических сил России. В том же 1996 г. выполняли перегон в Казахстан четырех Су-27, а также приняли участие в КШУ ВВС Казахстана. Казахские летчики, включая главкома ВВС Казахстана генерал-лейтенанта М.Ю. Алтынбекова, переучивались на Су-27 в Липецке.

18 августа 1996 г. полк принял участие в показе в Тушине по случаю Дня Воздушного Флота, 7 сентября — в Воронеже в ознаменование 300-летия Российского Флота, 27 сентября в Ельце — в торжествах по случаю 850-летия города, 19 мая в Липецке — на праздновании Дня города. А первый показ в дальнем зарубежье состоялся в 2003 г., когда липецкие Су-27 посетили с дружественным визитом норвежскую авиабазу Будё. В том же 2003 г. летчики полка приняли участие в торжествах по случаю открытия российской авиабазы Кант в Таджикистане.

Надо сказать, что авиаторы из Липецка, не смотря на участие в многочисленных показах, долгое время оставались в тени Кубинки (для «широких масс зрителей», естественно). Ситуация изменилась в 2007 г., когда четверка Су-27 Липецкого авиацентра продемонстрировала в небе МАКСа «воздушный бой» и групповой пилотаж.