За время своей эксплуатации 747-400 выполнил несколько рекордных полетов, из которых можно упомянуть беспосадочный перелет из Сиэтла в Сидней, совершенный самолетом австралийской авиакомпании «Кантэс» в 1989 г. Маршрут длиной 18000 км авиалайнер преодолел за 20 ч и 9 мин. На борту самолета не было ни пассажиров, ни груза, поскольку он выполнялся в рамках его поставки. Специально для такого продолжительного полета самолет заправили топливом с очень высокой плотностью, разработанным фирмой «Шелл».

В марте 2007 г. фирма «Боинг» объявила о прекращении выпуска пассажирских самолетов 747-400. Последний заказ был получен в ноябре 2002 г. от китайской авиакомпании «Чайна Эйрлайнз». В апреле 2005 г. состоялась поставка последнего пассажирского лайнера, это был 1358-й самолет семейства 747 (№ 33737/В18215). Упомянутые выше еще не построенные 9 самолетов являются чисто грузовыми.

Исходная «четырехсотая» модель стала основой для самостоятельного подсемейства. В декабре 1989 г. голландская авиакомпания KLM получила первый грузопассажирский самолет 747-400М (Combi), в хвостовой части фюзеляжа которого размещалась большая грузовая дверь.

По традиции, для японских авиаперевозчиков был разработан вариант 747-400D для коротких внутренних маршрутов. В экономклассе он может разом перевезти 660 пассажиров. От стандартного самолета он отличается отсутствием дополнительных концевых секций крыла с аэродинамическими законцовками, поскольку на коротких трассах они никаких преимуществ по топливной эффективности не дают. Еще одно отличие - в верхней пассажирской кабине появились шесть дополнительных окон. Все заказанные самолеты японская JAL получила в 1991 - 1995 гг.

В ноябре 1993 г. грузовая авиакомпания «Карголюкс» из Люксембурга получила первый грузовой самолет 747-400F. Он рассчитан на платную нагрузку до 105 т.

В ноябре 2000 г. по просьбе австралийской «Кантэс» фирма «Боинг» начала разработку модификации 747-400ER с увеличенной на 800 км дальностью полета. На прежнюю дальность он мог перевозить на 6800 кг больше платной нагрузки. Для увеличения дальности полета в переднем грузовом отсеке самолете могли размещаться один-два дополнительных топливных бака общей емкостью 12250 л. Первый самолет «Кантэс» получила в конце октября 2002 г.

Для французской «Эр Франс» был разработан грузовой самолет 747-400ERF с максимальной взлетной массой 413 т и усиленной конструкцией планера. В настоящее время - это самый грузоподъемный самолет (не считая уникальный Ан-225 «Мрия»), который в исключительных случаях может поднимать платную нагрузку в 124 т.

Наконец, в 2004 г. для авиакомпании «Катэй Пасифик» (Гонконг) был разработан конвертируемый грузопассажирский самолет 747-400BCF (ранее имел обозначение 747-400SF - Special Freighter). В эксплуатацию поступил в декабре 2005 г.

В настоящее время фирма «Боинг» занимается программой разработки магистрального самолета 787 «Дримлайнер». Для доставки крупногабаритных секций фюзеляжа и консолей крыла с заводов-изготовителей в Японии и Италии используются специальные грузовые самолеты 747LCF (Large Cargo Freighter), получившие позднее название «Дримлифтер» и представляющие собой глубокую модификацию самолета 747-400. Особенностями «Дримлифтера» являются полностью новый фюзеляж с постоянным поперечным сечением и без «горба», а также открывающаяся вбок хвостовая секция фюзеляжа (с оперением), служащая грузовой дверью. В проектировании самолета принимали участие специалисты Московского инженерного центра фирмы «Боинг».

Проект самолета появился в октябре 2003 г. Для переоборудования использовали четыре списанных пассажирских лайнера 747-400 (серийные номера 25879, 24309, 24310 и 27042). Переоборудование самолетов осуществлялось на Тайване фирмой «Эвергрин Труп». Первый «Дримлифтер» был готов в августе

2006 г. В сентябре 2006 г. он сделал несколько полетов в аэропорту Тайбея «Тайюань», после чего перелетел в Сиэтл для сертификационных испытаний, завершившихся в июне 2007  г.

В 2007 г. первые два «Дримлифтера» поступили в эксплуатацию, а в 2008  г. к работе подключился третий. В 2009 г. к ним присоединится четвертая машина. Использование «Дримлифтеров» существенно сократило сроки доставки частей самолета 787 на сборочный комплекс. Например, если на доставку крыльев из Японии уходило почти 30 суток, то с помощью самолета «Дримлифтер» весь процесс занимает всего 8 ч.

Сейчас на фирме ведется разработка пассажирского самолета 747-8 и его грузовой модификации, являющихся дальнейшим развитием семейства самолетов 747. По мнению фирмы «Боинг», эти самолеты «вдохнут свежую струю» в семейство 747-х. Предыстория этих самолетов такова. В начале 1990-х годов стало известно, что европейский консорциум «Эрбас Индастри» (сейчас это фирма «Эрбас») приступил к исследованиям широкофюзеляжного самолета на 500 - 600 пассажиров. Будущий лайнер должен быть полностью новым. Фирма «Боинг», чтобы не потерять рынок самолетов большой вместимости, решила пойти по более простому пути создания новой модификации самолета 747-400 с удлиненным фюзеляжем и большим числом мест. Казалось, что сделать такой самолет не составит большого труда. Но реальность оказалась куда сложнее.