Для правительственных отрядов СССР и других стран был разработан и строился серийно салонный вариант самолета Ту-124К. Были варианты на 22 человека и 37 человек.

Для летных штурманских училищ ВВС СССР серийно выпускался специальный вариант самолета Ту-124Ш, предназначавшийся для обучения и тренировок курсантов и штурманов Дальней и Фронтовой авиации.

Были попытки модернизации силовой установки самолета. В 1963 году были выпущены самолеты Ту-124Б с двигателями Д-20П-125, аналогичными двигателям самолета Ту-124А (Ту-134), самолет с новой силовой установкой прошел испытания, но дальнейшего развития не получил в связи с внедрением в серию Ту-134.

Был проект Ту-124 под двигатель Д-30, также не получивший развития по тем же самым причинам.

Салонные варианты самолета с некоторыми изменениями в оборудовании и оснащении пассажирской кабины использовались как штабные.

Самолет Ту-124 в гражданских магистральных и салонных вариантах поставлялся за границу. Всего за период с 1964 по 1966 годы было поставлено за рубеж 13 самолетов: 3 в ГДР, 3 в ЧССР, 2 в КНР, 2 в Индию, 2 в Ирак. Практически все машины, поставленные на экспорт, использовались для спецперевозок и находились или в ведении правительственных авиационных отрядов, или частей ВВС. В ЧССР три Ту-124В использовались в CSA.

На заводе № 135 заканчивалась реконструкция, и завод должен был вскоре резко расширить выпуск Ту-124 в различных вариантах: уже в 1963 году должны были быть построены 50 Ту-124, а в 1964 году 75 -100 с дальнейшим сохранением этого темпа. Однако появление Ту-134 резко сократило программу выпуска Ту-124.

Всего до второго квартала 1966 года завод № 135 выпустил 110 пассажирских самолетов типа Ту-124, включая модификации Ту-124, Ту-124В, Ту-124Б и салонных вариантов Ту-124К. С 1962 года по конец 1968 года ВВС получили с завода № 135 55 экземпляров Ту-124Ш в различной комплектации оборудования.

В июне 1961 года Ту-124 впервые вылетел на Запад. Один из первых самолетов был представлен на салоне в Ле-Бурже, а 9 июля 1961 года Ту-124 участвовал в воздушном параде в Тушино.

Ту-124 с салоном на 40 пассажиров

В начале 1962 года первый серийный Ту-124 был передан Аэрофлоту. С октября 1962 года, по мере поставки серийных самолетов, начала расширяться география применения самолета: в ноябре он вышел на линию Москва-Ульяновск, в декабре - Москва-Вильнюс. В общей сложности в начале 70-х годов самолеты Ту-124 летали на трассах, соединявших около 50 городов СССР. В 1964 году самолет вышел на международные линии Аэрофлота, на нем выполнялись рейсы из Москвы в Варшаву, Берлин, Прагу.

В Аэрофлоте Ту-124 и Ту-124В находились в эксплуатации до начала 80-х годов, до того момента, когда их окончательно не заменили Ту-134А (официально Ту-124 был снят с эксплуатации в Аэрофлоте в 1980 году, но еще некоторое время летали ведомственные самолеты). За годы эксплуатации самолет перевез около 6 500 000 пассажиров.

В историю отечественного самолетостроения Ту-124 вошел как первый реактивный самолет, принесший комфорт и скорости реактивной авиации в советскую провинцию. В истории мировой авиации Ту- 124 - это первый в мире пассажирский самолет с турбовентиляторными двигателями.