Противник быстро оценил значение необычно выглядевших машин и старался расстрелять их в первую очередь. После нескольких особенно удачных пусков, когда ракеты накрыли штабы и исламские комитеты, охота на БОМАН началась на дорогах и стоянках, заставляя прятать машины за колючей проволокой и минными заграждениями хорошо охраняемых аэродромов.

Ракеты стали надежным оружием поражения пещерных укрытий, практически неуязвимых для других боеприпасов. Моджахеды использовали их под склады и тайники, оборудовали мастерские по ремонту оружия (в пещерном городе на базе Джавара находился целый патронный завод). Изрытые норами горы превращались в естественные крепости - затащив наверх безоткатные орудия, ДШК и минометы, душманы устраивали огневые позиции, закрытые от обстрела снизу, и выбить их оттуда артиллерия и танки не могли. Огонь с высившихся скал был губительно точен, а подобраться к ним не давали крутые откосы и завалы. При использовании авиации противник прятался в глубине под толстыми сводами, а бомбы и НАР впустую крошили камни вокруг. Переждав налет, стрелки выбирались наружу и продолжали вести огонь.

Точность попадания «лазерок» была поразительной - ракеты удавалось укладывать точно во входы пещер и амбразуры, а их солидной БЧ с избытком хватало для уничтожения цели. Особой эффективностью отличалась тяжелая Х-29Л с БЧ массой 317 кг, заключенной в прочный корпус. Пробивая камень, она уходила вглубь и взламывала изнутри самые неприступные объекты. Если же в пещере скрывался склад боеприпасов, успех был поистине оглушительным. Использовались и более простые управляемые снаряды С-25Л - вариант обычных НАР, на которые устанавливали головной блок с системой управления и лазерной ГСН того же типа, что и на Х-25 и Х-29Л.

Ракетную атаку Су-25 ярко описал командир десантной роты, прижатой к земле огнем из нависшего над Багланским ущельем дота: «Головы было не поднять, как вдруг над нами проскочила пара самолетов, и тут же что-то светлое влетело в амбразуру между камней и разнесло дот в щебенку». Чаще достаточно дорогие ракеты применяли по «штучным» целям, используя данные разведки, тщательно готовя каждый удар. Пуски выполняли с дальности 4-5 км с пологого пикирования под углом 25-30°, отклонение ракет от точки прицеливания при этом не превышало 1,5-2 м. По данным ОКБ Сухого, всего в ДРА было произведено 139 пусков управляемых ракет.

Ощетинившийся подвесками штурмовик пехота звала «расческой»	«Зону безопасности» вокруг аэродромов патрулировали боевые вертолеты

С появлением у моджахедов ПЗРК статистика потерь штурмовиков стала меняться к худшему. Первой их жертвой стал, видимо, комэск подполковник П.В. Рубан, сбитый 16 января 1984 г. над местечком Ургун. На его Су-25 осколками был и повреждены двигатели и управление, штурмовик стал падать, и, когда летчик попытался покинуть машину, высоты уже не хватило. Однажды Су-25 даже привез из полета неразорвавшуюся ракету, угодившую точно в двигатель и торчавшую наружу. До конца года с помощью ПЗРК сбили еще пять штурмовиков. В это время использовались поступавшие из арабских стран ракетные комплексы «Стрела-2М» и шедшие через Пакистан «Ред Ай» американского производства. Появлялись и английские «Блоупайп» с радиокомандным наведением и большей высотностью (до 3000 м), не нашедшие, однако, широкого применения из-за сложности управления и большого веса (21 кг в снаряженном состоянии против 15 кг у «Стрелы»  и 13 кг у «Ред Ай»). Вероятнее всего, одной из «Блоупайп» в апреле 1986 г. под Хостом сбили А.В. Руцкого: самолет уже был прошит очередью ЗГУ, когда ракета попала в воздухозаборник левого двигателя и «выключила» его, вызвала помпаж соседнего и повредила осколками систему управления. Едва державшийся в воздухе штурмовик добила следующая зенитка, и летчик успел покинуть валившуюся на бок машину уже над самой землей.

Для защиты от тепловых ГСН Су-25 был оборудован четырьмя кассетами АСО-2В с инфракрасными пиропатронами ППИ-26 (ЛО-56), но летчики пользовались ими редко. Щиток управления АСО находился сбоку от пилота, и для работы с ним нужно было отвлечься в самый горячий момент атаки. К тому же, запаса ловушек хватало едва на одну минуту работы АСО, и штурмовики берегли их на крайний случай, но когда они замечали пуск, сыпать пиропатроны становилось уже поздно - ГСН захватывала цель, и ракета шла к самолету. Ввиду срочности проблему решили просто - установили на мотогондолах дополнительные балки АСО-2В, вдвое увеличив число ловушек. Теперь отстрел начинался автоматически с нажатием на боевую кнопку в начале атаки и продолжался в течение 30 секунд до окончания боевого захода. Су-25 стал нести 256 пиропатронов, каждый из которых стоил около 7 рублей, и устроивший хороший «фейерверк» летчик выпускал таким образом в воздух 5-6 своих зарплат. Расходы стоили того - в действенности ловушек пилоты убеждались, слыша позади разрывы уходивших в стороны обманутых ракет.

Ситуацию изменило появление в конце 1986 г. «Стингеров» с высокочувствительной селективной ГСН, отличавшей двигатель с характерным диапазоном температур от горящей ловушки. «Стингер» имел большую досягаемость по высоте, мог применяться на встречных курсах, а его БЧ была втрое мощнее, чему «Ред Ай». В сочетании с неконтактным взрывателем, срабатывавшем даже при пролете рядом с самолетом, это давало возможность причинять тяжелые повреждения и без прямого попадания. Надежность защиты с помощью ЛО снизилась, и отчеты стали отмечать «тенденцию к серьезному росту потерь от ПЗРК». За первую же неделю применения «Стингеров» в ноябре 1986 г. ими были сбиты четыре Су-25, погибли два летчика. К сентябрю 1987 г. потери составили целую эскадрилью.