Контр-адмирал Иван Константинович Григорович (1853-1930) после отстранения Греве был назначен на должность командира Порт-Артурского порта (фактически главной базы флота). В связи с этим он был произведен из капитана 1-го ранга в контр-адмирала. Григорович руководил портом до капитуляции Артура. После войны злые языки некоторых публицистов утверждали, что он всю "осаду" просидел "в блиндаже" и по этому поводу окрестили его "пещерным адмиралом". Это не помешало Ивану Константиновичу стать морским министром (1911) и руководить министерством до отречения последнего императора. Его деятельность на этом посту уже выходит за рамки настоящего краткого исследования.
Между тем, большинство командиров кораблей и флагманов Великой войны 1914-1917 годов были участниками войны с Японией. Сравнительный анализ боевых действий на море нашего Флота против германского и турецкого позволяет высказать суждение, что уроки боев с японцами были в значительной степени учтены при назначении офицеров на командные должности. Этот же анализ отчасти подтверждает и верность известных российских поговорок про "авось" и "закидывание шапками", а также про "одного битого" и "двух небитых".
Контр-адмиралы М.П. Молас, Н.А. Матусевич и М.П. Лощинский во время войны находились на «вторых ролях».
Контр-адмирал Михаил Павлович Молас (1852-1904), начальник штаба у С.О. Макарова, пользовался репутацией «удивительно светлой личности». Погиб 31 марта 1904 года на «Петропавловске».
Контр-адмирал Николай Александрович Матусевич 1-й (род. 1852) стал контр-адмиралом уже во время войны. Участвовал в удачном ночном бою миноносцев у Порт-Артура, а, став начальником штаба у В.К. Витгефта, проявил себя сторонником выхода флота из крепости. В сражении 28 июля 1904 года на «Цесаревиче» был ранен, потерял сознание, когда же пришел в себя, распорядился продолжать прорыв, а потом направил поврежденный корабль в Циндао.
Контр-адмирал Михаил Федорович Лощинский (род.1849), младший флагман 1-й Тихоокеанской эскадры, всю войну заведовал судами прибрежной обороны в Порт-Артуре, а после - достаточно подробно описал их действия в иллюстрированной книге «Русско-Японская война». В.К. Витгефт во время своего командования эскадрой неоднократно отмечал нераспорядительность Лощинского, в том числе в организации тральных работ на рейде.
Контр-адмирал Николай Романович Греве, который в 1900 году привел на Дальний Восток броненосец "Петропавловск" (был его командиром), в начале войны по ходатайству С.О. Макарова удален от командования портом Артур. Энергичный Макаров нашел в портовой организации много непорядка и медлительности. Адмирал Алексеев назначил Греве командиром Владивостокского порта, где тот и оставался до конца войны, имея над собой более старших начальников - адмиралов Скрыдлова и Безобразова.
Количественный рост флота и развитие его техники вызвали значительное увеличение набора (с 1897 года) и изменение порядка комплектования флота нижними чинами (с 1898 года). Ежегодный план набора превысил 10 тысяч человек. В 1899 году было призвано 14040, а в 1904 году - 15642 новобранца (74). Общая численность нижних чинов в 1900-1904 годах увеличилась с 48,7 до 61,4 тысяч человек (второе место в мире после английского флота, где насчитывалось 122,9 тысяч матросов и унтер-офицеров).
Набор призывников во флоте стал осуществляться во всех губерниях России (кроме «окраины»), а не только в приморских, как ранее. Для морской службы в первую очередь отбирались люди, знакомые с техникой, в том числе промышленные рабочие. В 1899 году грамотные призывники составили около половины пополнения Балтийского флота. К 1905 году среди нижних чинов насчитывалось около 50% призванных из крестьян и около 30% - из среды рабочего класса. Рост грамотности и сознательности матросов настоятельно требовал изменения методов воспитания и совершенствования системы стимулирования служебной активности. Однако офицерский корпус и судовые священники оказались совершенно к этому не готовыми и в основном придерживались традиционных установок, основанных на незыблемости веры и заведомом превосходстве барина над крестьянином. Между тем некоторые матросы, не без влияния революционных идей, в политическом развитии оставили позади не только служителей церкви, но и большинство офицеров. Не соответствовала времени и сама система прохождения службы с сохранением ее семилетнего срока - самого большого среди флотов морских держав. В большинстве последних матросы служили по три-четыре года, кроме английского флота, принимавшего добровольцев за жалование на 12 лет. Объективными поводами для недовольства матросов российского флота были также низкий уровень жалования, исполнение вестовыми обязанностей денщиков при офицерах, различные ограничения прав, которые можно было расценивать как унижающие человеческое достоинство. Все это, однако, не беспокоило командный состав флота, для которого во время революционных событий 1905-1906 годов явилось неожиданностью предъявление матросами не только «экономических», но и политических требований.
Многолетняя практика применения закона 1874 года о всеобщей воинской повинности к началу XX века обеспечила накопление достаточного резерва для пополнения флота в военное время. В 1900 году на учете состояло 14,8 тысяч запасных нижних чинов флота и 41 тысяча ратников морского ополчения. В ГМШ капитаном 2-го ранга Давидовичем-Нащинским были разработаны мобилизационные книжки и карты для призыва матросов в губерниях. Эти документы в 1904 году позволили местным воинским начальникам сориентироваться в сложной номенклатуре флотских специальностей и призвать необходимых матросов-специалистов (75).
В 1900-1901 годах учебные отряды на Балтике и на Черном море были расширены и преобразованы в самостоятельные части, выведенные из состава флотских дивизий. Во главе отрядов поставили постоянных начальников в чинах контр-адмиралов. Учебно-артиллерийский отряд Балтийского флота готовил артиллерийских офицеров и квартирмейстеров, а для Балтики и Сибирской флотилии - комендоров и гальванеров. Он объединял Артиллерийский офицерский класс, Артиллерийскую школу для нижних чинов и судовые команды приписанных к отряду трех старых броненосцев, крейсера «Минин», минного крейсера «Воевода» и канонерской лодки «Гроза». Штат переменного состава Артиллерийской школы довели до 920 учеников старшего класса и до 1000 вновь поступивших из новобранцев (76).
Учебно-минный отряд Балтийского флота, объединивший Минный офицерский класс, класс минных механиков, Минную школу для нижних чинов и судовые команды восьми кораблей различных классов, готовил для всего флота минных офицеров и механиков, минных и минно-машинных квартирмейстеров, а для Балтики и Сибирской флотилии - минеров и минных машинистов. Штатом Минной школы предусматривалось обучение 675 учеников старшего класса и 650 человек нового набора. С 1900 года Учебно-минный отряд готовил также минеров, обученных радиотелеграфированию.