Как уже отмечалось, на начальной стадии полигонных испытаний был задействован минимальный состав наземных средств комплекса, необходимый для проведения стрельб ракет в замкнутом контуре управления. В дальнейшем на полигон были поставлены и использованы в испытаниях кабина управления К-9 и средства еще одного огневого канала, на этот раз со всеми шестью пусковыми установками.

В мае 1963 г. был выпущен отчет по этапу автономных испытаний системы С-200 с ракетой В-860, в июле - отчет по автономным испытаниям стартовой позиции СМ-СП2 системы С-200.

Но к лету 1963 г. все еще не были завершены пуски в замкнутом контуре управления, которые, по еще раз скорректированным планам, предполагалось закончить в марте. И по-прежнему задержки определялись отказами ГСН ракеты, проблемами с новым двухканальным взрывателем, а также выявившимися конструктивными недоработками в части разделения ступеней. В ряде случаев ускорители и седьмой отсек не отделялись от маршевой ступени ракеты, а иногда ракета разрушалась при разделении ступеней или же в первые секунды после его завершения - автопилот и органы управления не справлялись с полученными угловыми возмущениями, бортовая аппаратура «выбивалась» мощным виброударным воздействием. В порядке «лечения» ранее принятой схемы в ходе летной отработки был внедрен специальный механизм, обеспечивающий одновременное отделение диаметрально противоположных стартовых ускорителей. Специалисты ОКБ-2 отказались и от больших шестиугольных стабилизаторов, закрепленных по «Х»-образной схеме на седьмом отсеке. Вместо них непосредственно на стартовых двигателях по «+»-образной схеме установили стабилизаторы значительно меньших размеров. При этом для загрузки ракеты на пусковую установку стабилизатор на нижнем ускорителе складывался, поворачиваясь на угол 135 град. в сторону левого борта ракеты.

В связи с высокой аварийностью на стартовом участке полета, для дополнительной отработки процесса отделения стартовых ускорителей весной-летом 1963 г. было проведено несколько автономных пусков ракет упрощенной конструкции. Ракеты комплектовались имитатором двигателя маршевой ступени - вместо штатной жидкостной двигательной установки устанавливался твердотопливный двигатель ПРД-25 от уже упоминавшейся ракеты «воздух-воздух» К-8М.

Постепенно в ходе испытаний дорабатывалась до работоспособного состояния и головка самонаведения ракеты. На ракетах последовательно устанавливались различные варианты ГСН под индексами КСН-Б, КСН-АВ, КСН-Д. Первые пуски ракеты с аппаратурой КСН-Б и одноканальным взрывателем 5Е18 были проведены в декабре 1962 г. С июня 1963 г. ЗУР уже комплектовались двухканальным радиовзрывателем 5Е24, а с сентября - головкой самонаведения КСН-Д.

Хотя полигонный огневой комплекс постоянно пополнялся разнообразной техникой, прибывающей от разработчиков для проведения полигонных испытаний, на Балхаш все еще не была поставлена автоматизированная контрольно-проверочная станция, летные испытания велись без ЦВМ «Пламя-К». Не обеспечивалась своевременная поставка для проведения испытаний мишеней - МиГ-15М, МиГ-19М, Ту-16М, КРМ.

1 ноября 1963 г. решением Госкомитета по оборонной технике для ракеты был, наконец, выбран окончательный вариант боевой части. Первоначально испытания В-860 производились с боевой частью, разработанной ГСКБ-47 под руководством КИ. Козорезова. Однако последующий ход работ показал преимущества конструкции, предложенной коллективом конструкторов НИИ-6 во главе с Седуковым. К дальнейшему применению была принята обычная шаровая осколочно-фугасная боевая часть с готовыми поражающими элементами, хотя обе организации наряду с традиционными конструкциями вели проработки и по поворотным боевым частям с направленным конусным полем разлета осколков, что позволяло существенно повысить плотность осколочного потока, летящего в направлении на цель. Принципиальная возможность использования таких боевых частей обеспечивалась наличием необходимой информации о положении цели в момент подрыва заряда. Антенна ГСН отслеживала цель, в том числе и на заключительном этапе полета перед поражением цели, и данные об ее отклонении можно было использовать для соответствующего поворота боевой части. В рамках этих работ весной 1961 г. в НИИ-6 был выпущен проект поворотной боевой части 5Б14.

К октябрю 1963 г. общее число пусков приблизилось к 75, на порядок превышая количество мишеней, успешно сбитых в ходе испытаний. В конце этого года опытному производству КБ-1 было поручено изготовить партию новых ГСН. При этом руководителем производства был назначен заместитель начальника ОКБ Кузьмин, а новым заместителем Бункина - В.Е. Черномордик.

Очередные оргмеры по ускорению работ были приняты в начале 1964 г. Решением ВПК №22 от 29 января 1964 г. был установлен новый срок завершения работ - II кв.1964 г., но и на этот раз в срок уложиться не удалось, и фактически испытания продолжались до конца года. На этом этапе следовало подтвердить возможность поражения целей с высокими тактико-техническими характеристиками, для чего разработчикам мишени КРМ потребовалось довести ее скорость до 3000 км/ч при высоте полета 26-28 км.

«Во время проведения автономных испытаний средств, - вспоминает М.Л. Бородулин, - прошел срок предъявления системы на совместные испытания, установленный Постановлением ЦК КПСС и Совмина СССР. На совещании по этому вопросу в ВПК военная сторона предложила реальный срок предъявления системы, однако Расплетин настоял на более раннем «мобилизующем» сроке, который и попал в Постановление. Как мы и предполагали, в реальной жизни он был сорван.

После завершения автономных испытаний начались комплексные заводские испытания системы. Была проведена стыковка РПЦ со стартом и начались наземные, летные и стрельбовые испытания системы. Стрельбы проводились по самолетам-мишеням, крылатым ракетам-мишеням и комплексным имитаторам цели. Из-за проблем, возникших при создании ракеты, особенно - ее бортового оборудования, испытания шли тяжело. Ход работ неоднократно обсуждался на совещаниях у председателя ГКРЭ Валерия Калмыкова в присутствии Главкома Войск ПВО страны Маршала авиации Владимира Судца, начальника 4 ГУ МО, командующего ЗРВ генерал-лейтенанта артиллерии Михаила Уварова, генеральных и главных конструкторов, разработчиков и других лиц. Мне было поручено сделать на одном из совещаний доклад от имени заказчика об основных недостатках системы, выявленных к этому времени. После его обсуждения были намечены мероприятия по улучшению работы. В результате КБ-1, наряду с доводкой испытываемого образца ГСН, приступило к разработке нового варианта головки.

Для ознакомления с ходом испытаний на полигон прилетал Председатель ВПК Леонид Смирнов в сопровождении Главкома Войск ПВО страны, председателя ГКРЭ, генеральных конструкторов, заместителей начальника 4 ГУ МО и других ответственных лиц. На одном из совещаний во время этой поездки Главкомом был задан вопрос о мерах, предусмотренных для защиты антенного поста РПЦ от ядерного взрыва. Калмыков ответил, что около поста надо иметь окоп, в который расчет по аппарели стаскивал бы антенный пост. А весил антенный пост 35 тонн! Все дипломатично промолчали и перешли к другому вопросу.