Имея статус наиболее опытных разработчиков и заказчиков зенитного ракетного оружия, КБ-1 и войска ПВО страны в конце 1966 г. представили соответствующие предложения по такой системе, названной С-500У, и инициировали создание специальной комиссии, в состав которой вошли главные конструкторы, представители Министерства обороны и Комиссии по военно-промышленным вопросам. Однако вскоре выяснилось, что при значительной общности требований к новой ЗРС каждый из видов Вооруженных Сил имеет свои предпочтения в том, какой реальный вес будут иметь те или иные требования к новой системе. В частности, для ПВО Сухопутных войск высоким приоритетом пользовались показатели мобильности, поэтому для обеспечения высокой проходимости боевых машин предпочтение отдавалось ЗРК, средства которых размещались на гусеничном шасси. Кроме того, в те годы Сухопутные войска рассматривали как весьма актуальную и уже технически разрешимую задачу борьбы с оперативно-тактическими баллистическими ракетами. Особенно это требование усилилось после введения в августе 1968 г. советских войск в Чехословакию, когда вопрос об угрозе применения «Першингов» для нанесения ударов по механизированным колоннам был как никогда актуален.

По своим летно-тактическим характеристикам «Першинги» и другие тактические и оперативно-тактические ракеты были ближе к традиционным аэродинамическим целям. Считалось, что задача их перехвата может быть решена более простыми зенитными ракетными средствами, чем создававшимися в те же годы средствами обороны от стратегических ракет, представлявших основную угрозу для объектов на территории СССР. Кроме того, укрытый в бронеобъектах или фортификационных сооружениях личный состав был не столь уязвим к поражающим факторам ядерного взрыва или использованию оружия массового поражения, чем гражданское население, что позволяло выполнять перехват ракет противника на меньших высотах. Тем не менее даже создание системы борьбы с оперативно-тактическими ракетами, в наше время именуемой за рубежом как ПРО театра военных действий, потребовало применения высокопотенциальных РЛС и противоракет с высокими разгонными и скоростными показателями, которые для середины 1960-х гг. олицетворяли собой наивысшие достижения технического прогресса.

Свои специфические требования к перспективной зенитной системе предъявлял и флот. В их числе помимо особенностей эксплуатации в коррозионноопасной среде, при длительном воздействии вибраций и качки, электромагнитных наводок от других корабельных систем были также особые требования к радиоэлектронным средствам, которые должны были обеспечить наведение ракеты на цель, находящуюся вблизи морской поверхности, имеющей сложный и нестабильный характер отражения излучений. Кроме того, моряки всегда трепетно относились к выполнению выдвигаемых ими жестких массогабаритных ограничений: размещение на корабле необходимого боекомплекта исключало применение громоздких изделий.

Безусловно, попытка совместить столь разнородные требования заказчиков в единой зенитной ракетной системе могла привести к ухудшению ее технико-экономических показателей и значительно усложнить возможность осуществления такой разработки в сжатые сроки. На этом этапе в судьбе будущей С-300 большую роль сыграл ряд высокопоставленных работников Министерства обороны, и в их числе руководитель направления по развитию ЗРК Научно-технического комитета Генерального штаба РА. Валиев. Ему удалось организовать всестороннее обсуждение предложения об унификации С-300 с заказчиками от трех видов вооруженных сил. При этом участников обсуждения удалось убедить в том, что предлагаемая для ПВО Сухопутных войск система будет рациональной только в том случае, если она сможет в необходимой мере обеспечить выполнение задач ПРО.

Результатом этих обсуждений стал санкционированный на самом высоком уровне переход к концепции создания трех унифицированных систем С-300 с существенно различными радиоэлектронными средствами, единой противосамолетной ракетой и, в дополнение к ней, специальной противоракетой для системы Сухопутных войск. Подобная концепция позволила обеспечить независимое участие в создании новых зенитных систем всех имевшихся к тому времени в стране головных организаций разработчиков и их коопераций, традиционно ориентированных на «свой» вид вооруженных сил.

Зенитную ракетную систему для Войск ПВО страны было поручено разрабатывать КБ-1 (в дальнейшем МКБ «Стрела», ЦКБ «Алмаз») Минрадиопрома, возглавляемому Генеральным конструктором Б.В. Бункиным, для Сухопутных войск - НИИЭИ Минрадиопрома (ныне концерн «Антей») во главе с главным конструктором В.П. Ефремовым, а для флота - ВНИИ РЭ Минсудпрома (ныне МНИИ РЭ «Альтаир»), руководимому В.А. Букатовым. Кроме того, к этой работе были подключены и основные разработчики зенитных ракет - П.Д. Грушин, возглавлявший МКБ «Факел», и Л.В. Люльев, руководивший свердловским КБ «Новатор».

Таким образом, без работы не остался ни один из коллективов, традиционно разрабатывавших комплексы и ракеты для Войск ПВО страны, Сухопутных войск и флота.

Основные положения принятой концепции были положены в основу Постановления ЦК и Совмина от 27 мая 1969 г. о создании унифицированной системы С-300. Впрочем, забегая вперед, отметим, что в дальнейшем по-настоящему унифицированными остались только наименования зенитных ракетных систем:
- С-300П для Войск ПВО страны;
- С-300В для ПВО Сухопутных войск;
- С-300Ф для ВМФ.

Разработка ракеты В-500 для поражения аэродинамических целей и тактических баллистических ракет, имеющих дальность пуска до 140 км, была поручена МКБ «Факел», противоракеты КС-96 - КБ «Новатор». При этом предусматривалось создание ЗУР В-500 в трех вариантах: самонаводящейся В-500Р, упрощенной В-500К с радиокомандным наведением и В-500В, адаптированной к работе с радиоэлектронными средствами комплекса С-300В. Создание В-500К должно было значительно сократить сроки создания новой системы, к тому же, эта ракета должна была стать намного дешевле, чем В-500Р. В свою очередь, разработка В-500В была прекращена уже на самой ранней стадии, когда в начале 1970-х гг. от нее отказались Сухопутные войска, поручив КБ «Новатор» разработку ЗУР 9М83 - уменьшенного варианта противоракеты 9М82 (КС-96).

В целом же творческая самостоятельность головных разработчиков привела к тому, что унифицированными в составе С-300 оказались только создававшиеся в новосибирском НИИ измерительных приборов под руководством главного конструктора Юрия Александровича Кузнецова радиолокаторы обнаружения (РЛО) комплексов С-300П и С-300В, а также ракеты для комплексов Войск ПВО и флота, спроектированные под руководством П.Д. Грушина.

Пусковые установки для ЗУР комплекса С-300П проектировались в ленинградском КБСМ под руководством главного конструктора Николая Алексеевича Трофимова.