ГС НИИ-642 неоднократно менял ведомственную принадлежность и, пройдя подчиненность Минмашу, Миноборонпрому и Минобщемашу, в августе 1956 г. оказался одной из организаций Минавиапрома. В том же министерстве в 1955 г. возобновилась деятельность Владимира Николаевича Челомея, возглавившего вновь организованное ОКБ-52 для разработки предназначенной для поражения береговых объектов крылатой ракеты П-5. И командование флота, и ОКБ-52 были заинтересованы в создании противокорабельного варианта такой ракеты, но у Челомея не хватало специалистов по системам самонаведения. В соответствии с приказом Минавиапрома от 6 ноября 1957 г. для разработки морского реактивного вооружения возглавляемые Челомеем ГС НИИ-642 и ОКБ-52 преобразовали в НИИ-642 с филиалом — ОКБ-52. Челомей тяготел к территории и коллективу ОКБ-52 в Реутово, и НИИ-642 как самостоятельная организация был ликвидирован, преобразован в филиал ОКБ-52 по разработке систем управления крылатых ракет по постановлению от 8 марта 1958 г. В результате прекратилась начатая в ГС НИИ-642 разработка более совершенной сверхзвуковой ракеты для вооружения эсминцев под условным индексом КМ-7. Ракету предполагалось оснастить проектировавшимся в те годы специальным короткорежимным двигателем РДС-1 с тягой 1,9 т и двумя стартовыми пороховыми двигателями, установить на ней масштабно увеличенную боевую часть от КСЩ с весом взрывчатого вещества до 500 кг. Но в сравнении с ракетами Челомея КМ-7 представлялась архаикой.

Разумеется, не все сотрудники ГС НИИ-642 приняли как должное поглощение их организации Челомеем. В частности, М.В. Орлов вскоре ушел в НИИ-1 Госкомитета по оборонной технике и в 1964 г. закончил свой жизненный путь в качестве начальника СКБ-1, работая под руководством директора-главного конструктора А.Д. Надирадзе, также начинавшего свою деятельность по управляемому вооружению в ГС НИИ-42. Сведения о переходе М.В. Орлова в ОКБ-1 С.П. Королева ошибочны.

В сравнении со спроектированными в середине 1950-х гг. «с чистого листа» ракетами В.Н. Челомея зародившиеся в 1940-е гг. дозвуковые КСЩ с ненадежной отделяемой боевой частью, недостаточно защищенной от помех ГСН, большой радиолокационной заметностью, продолжительной подготовкой к пуску рассматривались как устаревшие. Постановлением от 7 августа 1962 г. одновременно с принятием на вооружение предназначенной для ракетных крейсеров пр. 58 и 1134 челомеевской П-35 было задано проработать перевооружение уже построенных кораблей-«щуконосцев» на эти ракеты. ЦКБ-53 разработало соответствующий проект, но спустя два года состоялся исторический октябрьский пленум ЦК КПСС. Менее чем через месяц была создана специальная комиссия по расследованию деятельности челомеевской фирмы, проработавшей без особо пагубных последствий около полугода. Но ряда потерь избежать не удалось. В частности, ракетоносцы пр. 57бис (к тому времени их без особых причин стали обозначать пр. 57Б) постановлением от 30 апреля 1965 г. предписали переоборудовать в большие противолодочные корабли по пр. 57А с установкой наиболее совершенных для тех лет гидроакустических станций «Титан-2» (впервые!), трех РБУ-6000, двух пятитрубных торпедных аппаратов ПТА-53-1134, трехкоординатной РЛС «Ангара-А» (МР-310) и, в качестве главного оружия, зенитного ракетного комплекса «Волна-М» со станцией наведения ракет «Ятаган» и спаренной пусковой установки ЗИФ-102 и конвейерным хранилищем на 32 ракеты.

Компоновка и проектный внешний вид сверхзвуковой ракеты КМ-7.

В 1966 г. гвардейский «Гремящий» стал на переоборудование на Ждановском заводе и вновь вступил в строй уже в противолодочном качестве 29 декабря 1968 г. На том же заводе модернизировали корабли «Жгучий», «Дерзкий» и «Зоркий», в Николаеве — «Гневный» и «Бойкий», а последним встрой вступил в 1975 г. «Гордый», прошедший, как и «Упорный», переоборудование на Дальзаводе во Владивостоке.

Модернизация оказалась очень дорогостоящей — ее стоимость почти сравнялась с затратами на строительство исходного корабля.

Более старые «щуконосцы» — «Бедовый» и еще два корабля — в 1971—1977 гг. переоборудовали в Севастополе на Севморзаводе по пр. 56У с меньшими затратами с сохранением назначения кораблей как ударных ракетных: вместо КСЩ вдоль бортов у кормовой надстройки поставили по две ПУ с ракетами П-15М, а на месте СМ-59 — две спаренные АК-726 калибром 76 мм. Радиоэлектронное вооружение дополнили гидроакустической станцией «Платина» и РЛС «Ангара».

Первым со 2 декабря 1971 г. по 4 октября 1972 г. прошел переоборудование «Неуловимый». На «Бедовом» взамен «Ангары» поставили РЛС семейства «Топаз», не на всех кораблях установили «Платину». Последним вступил в строй в 1977 г. «Прозорливый».

«Неудержимый» не модернизировался и до 1977 г. оставался в составе Тихоокеанского флота, превратившись в 1972 г. со снятием с вооружения КСЩ в очень слабый артиллерийский корабль. При модернизации в бывших «щуконосцах» сохранилась «задастость» пр. 56Э и 56М: наиболее мощное оружие сориентировали в корму, как старинное «ретирадное орудие». Среди кораблей, в свое время оснащенных КСЩ, первенец ракетного флота «Бедовый» имел наиболее примечательную судьбу: именно ему 30 августа 1974 г. пришлось пытаться буксировать у Севастополя взорвавшийся БПК «Отважный» пр. 61.

С апреля 1987 г. по сентябрь 1993 г. все бывшие «щуконосцы» исключили из состава флота. «Гордый» и «Дерзкий» были превращены в мишени для боевых упражнений, а остальные корабли разрезали на металл. Осенью 1989 г. при буксировке для разделки в Испанию «Бойкий» был выброшен штормом на скалы у побережья Норвегии.

В отличие от кораблей-носителей, украсивших праздничный Невский рейд, вышедших в нейтральные воды и сразу же запечатленных на фотографиях и схемах в зарубежных флотских и военных журналах (первые схемы — еще с зачехленными пусковыми установками), ракета КСЩ ни разу не демонстрировалась на парадах. Впервые ее показали в конце 1960-х гг. в фильме «Нейтральные воды» в качестве... оружия ракетного крейсера пр. 58. Устаревающая КСЩ как каскадер подменяла в опасном для государственных тайн эпизоде «звезду» — более совершенную и секретную П-35. Много позже в Центральном Военно-морском музее поставили модель пусковой установки с размещенным внутри нее и плохо просматриваемым макетом КСЩ.