Ракетный крейсер пр. 58, в состав вооружения которого входил комплекс с ракетами П-35.

Этот принцип закладывался в комбинированную систему управления, сочетающую телеуправление с радиолокационным самонаведением. На начальном этапе ракета летела на автопилоте в направлении цели. При необходимости оператор, находящийся на борту стреляющего корабля и отслеживающий полет ракеты по сигналам ее бортового радиоответчика, мог откорректировать направление ее полета. При сближении с целью на ожидаемую дальность обнаружения активная радиолокационная аппаратура ракеты задействовалась в режиме радиолокационного визира. В отличие от обычной головки самонаведения, принимаемый радиолокационный сигнал не преобразовывался на борту для коррекции направления движения ракеты, а только транслировался на стреляющий корабль. Там он отображался на экране оператора, который наблюдал «картинку» и делал некие умозаключения, на основании которых определял главную цель. После этого он недрогнувшей рукой «стрелял» по цели на экране из электронного пистолета. Соответствующая информация передавалась на борт ракеты, где аппаратура брала избранную цель на автосопровождение, запираясь на нее. При этом радиолокационный визир преобразовывался в полноценную головку самонаведения, обеспечивающую коррекцию дальнейшего полета ракеты вплоть до попадания в цель.

Принятая схема наведения позволила в дальнейшем использовать для тренировки корабельных операторов бортовой аппаратуры ракеты специально оборудованные самолеты, которые наводились на цель до момента ее захвата на автосопровождение.

Наряду с данной схемой мог применяться и автономный («резервный») режим без участия стреляющего корабля в полетном функционировании, при котором головка самонаведения сама выбирала и захватывала на автоматическое сопровождение цель.

Но вместе с очевидными достоинствами схема с избирательным поражением главной цели в ордере обладала и рядом существенных недостатков.

Первым из них была принципиально ограниченная максимальная дальность пусков. Она не могла превышать удвоенную величину удаления радиогоризонта от летящей на данной высоте ракеты. Фактически она была еще меньше. Если дальность действия радиоканалов обмена информацией ракеты и стреляющего корабля без особых сложностей можно было довести до предела геометрической радиовидимости, то дальность радиолокационного обнаружения зависела от величины эффективной поверхности кораблей-целей, а также от мощности и чувствительности радиолокационной аппаратуры.

Вторым принципиальным недостатком был демаскирующий эффект от работы радиолокационного визира и головки самонаведения. В результате противник предупреждался о нанесении удар за 10—12 минут до подлета ракет к цели. Упрощалась задача наведения перехватчиков и ракет непосредственно на приближающуюся крылатую ракету.

Третьим принципиальным недостатком данной системы наведения являлась уязвимость от активных помех противника: информация с борта ракеты ретранслировалась на корабль с того же направления, в котором располагались» вражеские корабли, а зачастую и самолеты-постановщики помех противника.

Четвертым недостатком было участие в процессе полетного функционирования стреляющего корабля. При стрельбе на максимальную дальность процесс радиолокационного обзора ордера кораблей противника и назначения главной цели завершался на удалении радиогоризонта с ракеты, летящей на высоте от 4 до 11 км, не превышавшем 250—350 км. Требовалось 10—15 минут для того, чтобы ракета со скоростью 1200—1700 км/ч удалилась бы от стреляющего корабля на это расстояние. Как правило, уже пуск ракет демаскировал стреляющий корабль. Противник, в особенности располагающей палубной авиацией, мог за это время потопить или вывести из строя этот корабль. С учетом реального соотношения сил противостоящих флотов экипажам советских надводных кораблей терять было уже нечего, но для подводников применение крылатых ракет в режиме избирательного выбора цели или в «резервном», автономном режиме был в буквальном смысле вопросом жизни или смерти.

Несмотря на общность основных принципиальных технических решений, аппаратура системы управления для ракеты П-6 разрабатывалась ленинградским НИИ-49 (ныне ЦНИИ «Гранит»), а для П-35 — московским НИИ-10 (в настоящее время ОАО «МНИИРЭ «Альтаир»). Параллельная работа двух организаций при решении по сути дела одной и той же задачи в какой-то мере гарантировала от срыва выполнения всей программы противокорабельных ракет в случае неудачи в разработке одного из разработчиков систем управления, являвшихся ключевым элементом при создании этого оружия.