Корабли пр. 1234 первоначально предназначались для действия на закрытых морях и в ближней океанской зоне. Однако высокая огневая мощь комплекса «Малахит» определила стремление адмиралов выдвинуть малые ракетные корабли в Средиземное море. Весной 1975 г. МРК «Гроза» совершил месячное плавание по Черному морю от Севастополя до Батуми и обратно без захода в порты, втрое превысив номинально установленный десятидневный предел автономности. После этого флотоводцы без зазрения совести стали гнать эти кораблики через Босфор, пополняя ими состав советской Пятой оперативной эскадры. Однако успешность их применения в случае конфликта определялась не только выносливостью моряков, проводивших долгие месяцы в тесноте кубриков в климате, даже отдаленно не напоминавшем среднерусский, но и сомнительной боевой устойчивостью корабля при воздействии противника.
Один из ливийских кораблей пр. 1234Э, Ean Zaguit, был потоплен американцами в ходе вооруженного конфликта 1986 г. Ливийский МРК подкрадывался к американскому крейсеру в режиме радиомолчания, на малом ходу, имитируя рыболовецкое судно. Тем не менее такое сближение вызвало настороженность американцев. После разового выхода в эфир ливийской РЛС она была однозначно классифицирована, и американцы произвели пуск двух «Гарпунов». Оставаясь в режиме радиомолчания, ливийцы не смогли вовремя вскрыть угрозу и предпринять какие-либо меры противодействия. Попадания двух ракет более чем хватило для потопления МРК.
Малый ракетный корабль пр. 1234Э.
В ходе учений 16 апреля 1987 г. погиб МРК Тихоокеанского флота «Муссон», пораженный случайно врезавшейся в злосчастный корабль мишенью на базе переоборудованной ракеты П-15, поврежденной обстрелом двумя зенитными ракетами «Оса-М» и 57-мм автоматом.
Показательно, что вплоть до окончания серийной постройки корабли пр. 12341 вооружались околозвуковым «Малахитом», хотя уже в начале 1980-х гг. был создан близкий по массогабаритным показателям сверхзвуковой «Москит». К объективным преимуществам «Малахита» можно отнести наличие теплового канала в комбинированной системе самонаведения, а также больший вес боевой части, способной успешно поражать более крупные корабли. Кроме того, разнородность вооружения и корабельной аппаратуры не принесла бы ничего хорошего уже сформированным бригадам МРК.
Единственным известным боевым применением комплекса «Малахит» стала стрельба МРК Черноморского флота 10 августа 2008 г. в ходе вооруженного конфликта с Грузией.
Помимо кораблей пр. 1234 и 12341, «Малахитом» (с боекомплектом из четырех ракет) был вооружен уникальный МРК на автоматически управляемых подводных крыльях пр. 1240 «Ураган». Проект разработали специалисты «Алмаза» во главе с главным конструктором В.М. Буравковым. При меньших по сравнению с пр. 1234 водоизмещении (стандартное — 342 т, полное — 434 т), длине 44,2 м и ширине 10,2 м корабль пр. 1240 также комплектовался зенитным комплексом «Оса-М» и уступал пр. 1234 только в артиллерийском вооружении, ограниченном 30-мм шестиствольным автоматом. По скорости пр. 1240 (оснащенный парой газовых турбин по 18000 л.с. и двумя дизелями малого хода по 1000 л.с), развивая ход 55 узлов, почти вдвое превосходил 1234, но был намного дороже и менее надежен.
Постройка корабля началась в Ленинграде в 1972 г., в 1976—1978 гг. он испытывался на Балтике, а затем на Черном море. Мореходность в свежую погоду достигалась использованием автоматики установки угла атаки подводного крыла, которая нередко отказывала. В начале 1990-х гг. МРК пр. 1240 последний раз погоняли по морю, безуспешно предлагали возможным зарубежным заказчикам, но в 1992 г., так никому и не пристроив, разобрали.
Малый ракетный корабль пр. 1240 «Ураган».
Помимо МРК пр. 1234 (12341) и пр. 1240, размещение ракет «Малахит» предусматривалось и на других кораблях, проектировавшихся в конце 1960-х гг., в том числе на авианесущем крейсере пр. 1143 и на атомном крейсере пр. 1144 (до того, как этот проект объединили с ракетным крейсером пр. 1165).