Машина имеет защитную окраску (как правило, камуфляж), оснащена термодымовой аппаратурой. На изогнутом броне-экране башни, по обе стороны от орудийной установки крепятся трехствольные 82-мм нарезные гранатометы унифицированной системы постановки дымовой завесы 902 В («Туча»). Система способна поставить завесу длиной около 100 и высотой 8 м на дальности 200-350 м.

На машине установлен V-образный (угол развала 144 градуса) четырехтактный 10-цилиндровый безнаддувный дизельный двигатель УТД-29. Его максимальная мощность в условиях объекта 450 л.с. (331 кВт), крутящий момент 149 кгс×м, удельный расход топлива — не выше 185 г/л.с./ч. Емкость топливной системы — около 700 л. Для работы двигателя забор топлива осуществляется из правого бака. В системе питания воздухом предусмотрена его очистка с помощью бескассетного циклонного одноступенчатого воздухоочистителя с автоматическим эжекционным удалением пыли. Система охлаждения жидкостная, закрытого типа, с принудительной циркуляцией жидкости и эжекционным просасыванием воздуха через радиаторы. Для подготовки к пуску в холодное время используется форсуночный подогреватель, обеспечивающий подогрев охлаждающей жидкости, масла двигателя в баке и пускового всасываемого воздуха. Удельная мощность свыше 25 л.с/т обеспечивает хорошие тяговые качества, высокую скорость и хорошую приемистость. Для машины, передвигающейся на поле боя от укрытия к укрытию, делающей короткие остановки для стрельбы, приемистость, как и скорость — вопрос жизни.

Двигатель монтируется в одном блоке с гидромеханической реверсивной трансмиссией с четырехскоростной планетарной коробкой передач, дифференциальным механизмом поворота с гидрообъемным приводом и отбором мощности на водометные движители. В ней используется комплексная однореакторная гидродинамическая передача с блокировочным фрикционом.

Коробка передач обеспечивает 4 передачи переднего и 2 заднего хода (скорость заднего хода — до 20 км/ч). Такая трансмиссия выгодно отличается от механической (установленной на БМП-1 и -2) автоматическим бесступенчатым изменением передаточного числа и тяговых усилий на гусеницах при изменении сопротивления движению. А это увеличивает среднюю скорость движения машины и облегчает управление. Гидрообъемная передача привода поворота — аксиально-поршневая с регулируемым насосом. Бортовые редукторы — одноступенчатые, планетарные. Остановочные тормоза дисковые, сухого трения, постоянно разомкнутые. В приводе тормозов установлен гидроусилитель. Для управления трансмиссией водитель пользуется рулевой колонкой, на которой кроме штурвала мотоциклетного типа смонтированы рукоятки переключения передач, включения водометных движителей и управления их заслонками. Двигатель и узлы трансмиссии компактно собраны в силовой блок, малая высота которого и позволила создать «тоннель» в корме машины.

Ходовая часть включает на борт шесть сдвоенных обрезиненных опорных катков, три односкатных обрезиненных поддерживающих ролика. Ведущие колеса заднего расположения — стальные со съемными зубчатыми венцами, направляющие колеса — стальные двускатные. Подвеска независимая торсионная. Торсионы левого и правого бортов расположены несоосно. На первых, вторых и шестых узлах подвески установлены гидравлические телескопические амортизаторы двустороннего действия. На первых, вторых, четвертых и шестых узлах подвески применены ограничители хода катков с резиновыми упорами. Гусеницы — мелкозвенчатые, одногребневые, цевочного зацепления, с резинометаллическими шарнирами параллельного типа и обрезиненной беговой дорожкой. Электромеханический механизм натяжения гусениц дистанционно управляется с места механика-водителя, есть индикация усилия натяжения.

Плавучесть БМП-3 обеспечивается водоизмещением корпуса. Движение на плаву обеспечивают 2 одноступенчатых осевых водометных движителя шнекового типа с направляющим аппаратом. Управление движением на плаву осуществляется с помощью заслонок водометов. Радиус циркуляции при этом — всего 6-7 м. Задний ход со скоростью 2,5 км/ч обеспечивается реверсом водометного движителя. Для повышения скорости заднего хода использовано устройство, позволяющее при реверсе частично перекрывать заборное отверстие в днище и образовывать таким образом выходное окно уменьшенных размеров. Улучшению подвижности машины на воде способствует своеобразная конструкция волноотбойного щитка. В рабочем положении щиток выдвинут вперед на 480 мм и возвышается над ватерлинией на 20-30 мм. При движении набегающая волна переливается через щиток и устремляется в пространство между ним и корпусом, что практически исключает подтопление носовой части корпуса. Перед входом в воду устанавливается воздухозаборная труба для предотвращения залива водой двигателя. Можно двигаться на воде и за счет перематывания гусениц, верхние ветви которых прикрыты гидродинамическими кожухами. Есть трюмный насос для откачки воды из корпуса. Экипаж и десант могут покинуть машину на плаву через верхние люки.