Вооружение лодки предназначалось для действий против деревянных парусных кораблей и состояло из подводной мины и шести ракет. В носовой части на форштевне крепился горизонтальный бушприт длиной около 2 метров, окованный железом. На него одевалась муфта с небольшим гарпуном (заершенный стержень), к муфте подвешивалась пороховая мина весом 1 пуд (16 кг). От нее в лодку шел длинный провод, соединявшийся с гальванической батареей. Муфта своей тыльной частью свободно сидела на бушприте и легко соскальзывала с него при отходе лодки. Вонзив гарпун с миной в борт корабля ниже ватерлинии, подлодка давала задний ход, и мина оказывалась как бы подвешенной к борту вражеского корабля. Прочность скрепления мины с атакуемым судном обеспечивалась силой соударения больших масс надводного судна и подводной лодки. Отойдя на некоторое расстояние назад, командир взрывал мину по проводу электрическим импульсом от батареи.

Впервые в мировой практике для вооружения подводной лодки Шильдер использовал ракеты: шесть ракет калибра 4 дюйма (102 мм) в металлических корпусах с пороховыми двигателями. Они размещались в железных направляющих трубах, по три с каждого борта. Трубы были скреплены в пакеты, соединенные с корпусом лодки посредством регулируемых по высоте винтовых стоек. Необходимый для стрельбы угол возвышения (до 10-12 град, к линии горизонта) пакет получал изнутри лодки за счет подъема либо опускания ближайшей к носу лодки стойки путем вращения втулки-гайки. Чтобы предохранить ракеты от контакта с водой, в передние концы труб вставлялись пробки, прикрытые резиновыми колпаками. Воспламенение ракет осуществлялось изнутри лодки по проводам от гальванической батареи с помощью электрозапалов. При пуске ракет пробки выбивались самими ракетами и истекающей из них струей. Пуск ракет мог производиться как на поверхности воды, так и в погруженном состоянии. Лодка могла вести одиночный и залповый огонь. Значительная длина труб, достигавшая 4,5 м, позволяла добиваться довольно высокой кучности стрельбы, сопоставимой с имевшимися тогда на кораблях гладкоствольными орудиями. При попадании зажигательные ракеты вызывали пожар на деревянном корабле.

Общее расположение (I), продольный (II) и поперечный (III) разрезы подводной лодки К.А. Шильдера (с его обозначениями): 1- башни; 2 - труба для вывода испорченного воздуха; 3 - труба для впускания свежего воздуха; 4 - вентилятор А.А. Саблукова; 5 - свинцовые грузы; 6 - вороты для подъема и опускания грузов; 7 - вороты гребков; 8 - руль; 9 - гребки (рабочий ход); 10 - гребки (холостой ход); 11 - съемные перила; 12 - приводы гребков.

Дело создания подводного корабля было новым и требовало участия специалистов. Расчетные и проектные работы выполнял инженер-поручик саперного батальона Д.П. Щербачев, за вооружение - мину и пороховые ракеты - отвечал подпоручик Санкт-Петербургского ракетного заведения П.П. Ковалевский, гальваническим устройством занимался подпоручик Л.А. Бем, а вентилятор для циркуляции воздуха внутри лодки предоставил генерал-изобретатель А.А. Саблуков.

Поперечный разрез русской боевой ракеты, изготовлявшейся Санкт-Петербургским ракетным заведением в первой половине XIX века.