Несмотря на накопившееся отставание работ от плановых сроков, решением ВПК №79 от 24 апреля 1961 г. было предписано уже в мае, используя макетный образец РПЦ, приступить к комплексным испытаниям ракет с ГСН в замкнутом контуре наведения, обеспечив в те же сроки поставку цифровой ЭВМ. Решением ВПК предусматривалось также привлечение самолетов ВВС для проведения облетов одноканального радиовзрывателя 5Е18. В ходе проведения этих опытных работ самолет, несущий контейнер с радиовзрывателем, на встречных курсах сближался с самолетом, имитирующим воздушную цель.

Предстоящие комплексные испытания с использованием ракет в полной комплектации бортовой аппаратурой, поставки комплектующих которой задерживались, вызывали серьезную озабоченность руководства ВПК. Для преодоления кризиса с обеспечением ракет головками самонаведения разработчики С-200 обратились к совсем экстравагантной идее многократного использования ГСН в ходе пусков нескольких ракет. Для ее обеспечения было принято решение о создании парашютной системы спасения ГСН. Эскизный проект такой системы спасения был представлен на заключение в декабре 1960 г. По результатам испытаний парашютной системы спасения, проведенных с макетами головной части, в августе 1961 г. был выпущен соответствующий отчет, но до реального использования головок самонаведения «секонд хенд» на ракетах дело все-таки не дошло.

К этому времени последовали и первые «оргвыводы» по ситуации, сложившейся в ходе разработки С-200. 31 августа 1961 г. было утверждено решение ВПК №181 «О ходе работ по «Системе-200», в котором с глубоким негодованием констатировалось, что работы по системе ведутся с большим отставанием от установленных сроков: не изготовлены опытные образцы РПЦ, наземного оборудования стартовой позиции и средств электроснабжения, проведено лишь 15 баллистических и автономных пусков ракеты В-860, заводы №218, №272 Ленинградского совнархоза и рязанский завод №463 не обеспечили необходимой подготовки производства и задержали поставку опытных образцов автопилота АП-6, ГСН и ракет В-860 в целом, что может привести к задержке испытаний системы на полигоне.

Указывая на то, что госкомитеты по радиоэлектронике, авиационной и оборонной технике не приняли необходимых мер по ликвидации допущенного отставания в разработке системы, ВПК предписывала госкомитету по авиационной технике ускорить решение вопроса об обеспечении падения отделяющихся в полете элементов первой ступени ракеты В-860 за пределами огневой позиции комплекса, обращала внимание главного конструктора электрогенератора бортового источника питания ракеты В-860 Федосеева на неудовлетворительную работу его изделия, а также ставила задачу рассмотреть возможность создания на базе мишени ВРПМ высотной мишени с имитатором цели, обеспечивающей возможность проведения испытаний системы С-200 во всем диапазоне скоростей и высот.

Следует отметить, что оргвыводы постепенно делали свое дело. В 1961-1963 гг. были изготовлены опытные образцы пусковых установок, заряжающих и транспортно-перегрузочных машин - техники стартовой и технической позиций.

К очередной годовщине Великого Октября на полигоне с использованием самолетов Ту-16 провели облеты РПЦ в режиме работы радиолокатора с разрешением целей по скорости и по дальности. Там же при проведении экспериментальных работ по использованию комплексов С-75 в режиме ПРО, создатели С-200 воспользовались уникальной возможностью и попутно, сверх плана, осуществили и проводку оперативно-тактической баллистической ракеты Р-17 (SCUD) радиолокационными средствами системы С-200.

К этому времени, с целью сопровождения выпуска серийной продукции, внедрения доработок на выпускаемых изделиях, перестройки производства на выпуск модифицированных и новых вариантов ракет системы С-200, на заводе №272 было создано специальное конструкторское бюро, которому впоследствии пришлось заняться и модернизацией ЗУР этой системы после того, как основные силы ОКБ-2 (переименованного в МКБ «Факел») переключились на работы по другим ракетам.

Помимо организации текущих дел по новой зенитной ракетной системе, решением ВПК также развертывались перспективные работы по совершенствованию бортовой аппаратуры и стартовых двигателей ракеты. В целях повышения надежности и помехоустойчивости была начата разработка нового, на этот раз двухканального радиовзрывателя, позднее получившего обозначение 5Е24. Предписывалось уже в начале следующего года испытать этот взрыватель в составе ракеты.

Как уже отмечалось, первоначально в ускорителях ракеты, получивших обозначение ПРД-81 (5С21), использовалось баллиститное топливо - сначала рецептуры РСТ-43, затем - РНДСИ-59. Заряд был выполнен в виде одноканальных шашек наружным диаметром 58 мм и длиной 2035 мм.

Но к началу 1960-х гг. наметился определенный прогресс и в создании новых высокоэнергетических смесевых твердых топлив. В отличие от баллиститных, новые составы допускали формирование зарядов литьем непосредственно в корпус двигателя. При этом обеспечивалось прочное скрепление топливного заряда со стенками корпуса двигателя. В результате, на протяжении большей части времени работы двигателя заряд выполнял функции теплозащитного покрытия, надежно защищающего стенки камеры от продуктов сгорания топлива.

Решением ВПК от 28 августа 1961 г. для В-860 была задана разработка стартовых двигателей, использующих смесевое топливо. Эти работы велись применительно к рецептуре ТФА-70, затем ТФА-53КД. Заряд топлива представлял собой моноблок с центральным каналом в форме звезды (сначала - с восемью, а позднее - с двумя лучами). Разработчик топлива - коллектив НИИ-130 под руководством Л.И. Козлова - совместно с проектантом двигателя - КБ-2 завода №81, возглавляемым И.И. Картуковым - должен был поставить первые двигатели ПРД-81М (армейское обозначение - 5С25) на смесевом топливе уже в октябре - ноябре 1961 г. С учетом особой чувствительности таких топливных зарядов к морозу и жаре, для первых десяти комплектов двигателей допускалось сузить диапазон допустимых эксплуатационных температур до +10 - +35 град.С.

Фактически наземная отработка стартовых двигателей 5С25 на смесевом топливе для подтверждения их пригодности к применению в заданном для системы широком диапазоне температур эксплуатации началась во второй половине 1962 г. Но, как показал дальнейший ход событий, использованное в них смесевое топливо не обладало необходимой совокупностью характеристик и, в частности, стабильностью при низких температурах. Тем не менее, в ряде пусков В-860 использовались именно такие ускорители.

Для обеспечения испытаний воздушными мишенями были выданы указания о начале переоборудования в беспилотные мишени самолетов Як-25РВМ, Ту-16М, МиГ-17М, МиГ-19М, а также об ускорении разработки запускаемой с Ту-16К специальной крылатой ракеты-мишени КРМ, создаваемой на базе боевых ракет семейства КСР-2/КСР-11 в соответствии с Постановлением от 19 июня 1959 г. №684-312. Рассматривалась также возможность использования в качестве мишеней зенитных ракет «400» системы «Даль», стрельбовый комплекс и техническая позиция которой еще в 1950-е гг. были развернуты на 35-ой площадке полигона «А».