В состав комплекса вошла станция оптоэлектронного подавления (СОЭП) ОТШУ-1 и система постановки аэрозольной завесы (СПЗ). СОЭП является источником модулированного ИК-излучения с параметрами, близкими к параметрам тепловых трассеров ПТРК типа «Дракон», TOW, HOT, «Милан» и т.п. Воздействуя на ИК-приемник полуавтоматической системы наведения противотанкового комплекса, она срывает наведение ракет. СОЭП обеспечивает постановку помех в виде модулированного инфракрасного излучения в секторе ±20 град, от оси канала ствола по горизонту и на 4,5 град. — по вертикали. Кроме того, ОТШУ-1, два модуля которой размещены в передней части башни танка, обеспечивает инфракрасную подсветку в темное время суток, ведение прицельной стрельбы при помощи приборов ночного видения, а также может использоваться для ослепления любых (в том числе и малогабаритных) объектов.

СПЗ, предназначенная для срыва атаки таких ракет, как «Мейверик», «Хеллфайр» и артиллерийского корректируемого 155-мм снаряда «Копперхед», реагирует на лазерное излучение в пределах 360 град, по азимуту и -5/+25 — в вертикальной плоскости. В ее состав входят два оптических блока приема лазерного излучения точного целеуказания ТШУ-1-11, два сдвоенных оптических блока грубого целеуказания ТШУ-1-1 и аэрозольные гранаты 3Д17, выстреливаемые из стандартных 81-мм пусковых установок системы дистанционной постановки дымовой завесы «Туча» (12 мортирок укреплены по бортам корпуса с углом наклона 12 град, к горизонту).

Оптические блоки смонтированы на башне таким образом, чтобы обеспечить прием лазерного излучения в секторе 360 град. Полученный сигнал с большой скоростью обрабатывается блоком управления, при этом определяется направление на источник облучения. Система автоматически определяет оптимальную пусковую установку, вырабатывает электрический сигнал, пропорциональный углу, на который следует довернуть башню танка с гранатометами и выдает команду на отстрел гранаты, образующей аэрозольную завесу на удалении 55-70 м через три секунды после отстрела. СОЭП действует только в автоматическом режиме, а СПЗ — в автоматическом, полуавтоматическом и в ручном режимах.

Реализован комплекс мероприятий, снижающих радиолокационную, инфракрасную и оптическую заметность танка. В частности, машина окрашена по специальной технологии, искажающей ее внешний вид в видимом и ИК-диапазонах спектра.

В настоящее время на серийных танках Т-90С применяются многотопливные 12-цилиндровые дизели, разработанные Челябинским СКБ «Трандизель» В-84МС мощностью 840 л.с. В отличие от двигателей, устанавливавшихся на Т-72, дизели В-84МС имеют пониженную тепловую заметность (обеспечивающуюся применением сильфонов на коллекторах, позволяющих смешивать выхлопные газы с воздухом, что улучшает тепловой режим работы коллекторов и существенно уменьшает ИК-сигнатуру танка). Практически не теряя мощности, двигатель может работать как на дизельном топливе, так и бензине, керосине и других топливах.

К 2000 г. на ОАО «Челябинский тракторный завод» был создан и успешно прошел государственные испытания новый, более мощный (1000 л.с.) танковый дизель В-92С2, предназначенный для установки как на танках Т-90С, так и на модернизируемых Т-72. Четырехтактный V-образный 12-циллиндровый дизель с жидкостным охлаждением и газотурбинным наддувом сохранил габариты (1466x896x902 мм) и массу (1020 кг) своих предшественников — В-46-6 и В-84МС. При этом у нового двигателя существенно снизился удельный расход топлива. Запас крутящего момента возрос с 9-18% до 25-30%. При этом степень унификации с двигателями В-46-6 и В-84МС составила 74,6%, что позволяет максимально эффективно использовать имеющуюся ремонтную базу и запчасти.

Топливо размещается в баках общей емкостью 1600 л (в том числе в корпусе, защищенном броней — 705 л). Кроме того, на кронштейнах в кормовой части корпуса машины могут размещаться две сбрасываемые бочки с топливом емкостью по 200 или 275 л.

На Т-90С практически без изменений сохранилась механическая планетарная трансмиссия, применяемая на Т-72Б, а также ходовая часть этого танка. Опорные катки, изготовленные из алюминиевого сплава, на 10 мм шире, чем на Т-72Б, что несколько улучшило баланс нагрузок на ходовой части машины. Могут использоваться гусеницы как с резинометаллическим, так и с открытым шарниром.

Танк может комплектоваться колейными минными тралами КМТ-6 или КМТ-7. Чтобы исключить поражение механика-водителя при подрыве на мине (под днищем или гусеницами) его сиденье выполнено подвешенным к крыше корпуса, а в днище танка сформированы специальные выштамповки, повышающие жесткость конструкции.