Ил-76 и Ан-124 обеспечивают деятельность наших миротворцев в Косово. 1996 г.

Дивизия принимала участие в перебазировании частей и подразделений из стран Ближнего Зарубежья на территорию России. В 1993 г. самолетами Ан-22 и Ан-124 перевозились люди и техника 104-й воздушно-десантной дивизии из Гянджи в Ульяновск, 13-й военно-транспортной авиадивизии из Прибалтики в Зауралье, Западной группы войск в Россию. Также выполнялась доставка крупногабаритной техники на международные выставки, проходившие в Абу-Даби и Малайзии.

Экипажи дивизии принимали участие в переброске частей и подразделений Мобильных сил из Центрального и Дальневосточного районов в район Чеченского конфликта.

В 1995 г. началось перебазирование 235-го ВТАП на аэродром Ульяновск, полк в 1995 г. выполнял задания в условиях двойного базирования, полностью перебазирование было завершено в октябре 1995 г. В декабре личный состав 8-го и 81-го ВТАП приступили к подготовке перевозок российского миротворческого контингента на Балканы в Тузлу. Переброска в Тузлу боевой техники 98-й воздушно-десантной дивизии выполнена с аэродрома Иваново в январе 1996 г.

По причине хронической нехватки топлива многие тренировки выполнялись методами «пеший по летному» и «пеший по автомобильному» - то есть не хватало даже бензина. К примеру, методом «пеший по летному» отрабатывались действия авиационного полка по выходу из-под ракетного удара! План боевой подготовки выполнен всего на 54 %. В 90-е годы жены военнослужащих неоднократно перекрывали ВПП, требуя выплаты денежного довольствия офицеров и прапорщиков.

Вторая половина 90-х годов ознаменовалась массовым сокращением вооруженных сил.

Ан-22 осуществляет вывод советских войск из Германии

В 1997 г. был расформирован 81-й ВТАП в Иванове. В 1998 г. Переформирован и включен в состав 12-й ВТАД 978-й ОТАП в 978-й ВТАП (Клин), ранее входивший в состав ПВО. В составе полка две эскадрильи самолетов Ил-76 и одна эскадрилья смешанного состава (Ан-12, Ту-134, Ан-24, Ан-26). Расформирован 235-й ВТАП. Самолеты Ан-22 из 81-го и 235-го полков переданы в 8-й гвардейский ВТАП, «Антеи» с вылетанным ресурсом разделаны в Иваново. Принят из 18-й ВТАД и расформирован 600-й ВТАП. Приняты из 18-й ВТАД 600-й и 117-й ВТАП, из 3-й ВТАД - 196-й гвардейский ВТАП. 196-й полк формировался в 1943 г. как 110-й авиационный полк АДД - «корневой» полк 12-й дивизии. 8-й ВТАП переформирован в 8-й гвардейский Ленинградский Краснознаменный военно-транспортный авиационный полк с передачей Боевого Знамени, регалий, почетных наименований и исторического формуляра 600-го ВТАП, к которому весной 1998 г. был передан по расформированию 128-й ВТАП 18-й ВТАД. В результате умопомрачительных реорганизаций на вооружении дивизии оказалось около 300 самолетов десяти типов при штатной численности в чуть более 100 самолетов семи типов!

Самолетный парк дивизии по состоянию на 1998 г.:
Управление 12-й ВТАД - Ан-12БП, Ан-26;
8-й гв. ВТАП - Ан-22;
196-й гв. ВТАП - Ил-76М/МД;
566-й ВТАП - Ан-12;
978-й ВТАП - Ил-76М/МД, Ту-134Ш, Ту-134-154, Ан-72, Ан-12БК/БП, Ан-24, Ан-26;
117-й ВТАП - Ил-76М/МД, Ан-12ППС, Ан-12БК/БП, Ан-26, Ил-78.

Могучая сила, исправность которой, однако, составляла 46%. Даже уровень в 46% удавалось поддерживать ценой каннибализации одних самолетов в пользу других - за предыдущие пять лет в полки не поступило ни одного ЗИПа.

План по налету за 1998 г. выполнен всего на 43 %, хотя по десантной подготовке - на все 100%, правда, какой то был план... 210 ч налета на всю дивизию по десантной подготовке.

Дивизия принимала участие в командно-штабных учениях «Редут-98», а самолеты Ан-12ППС обеспечивали Государственные испытания тяжелого атомного ракетного крейсера «Петр Великий».

В феврале 1998 г. в отделе военной геральдики и символики Генерального Штаба МО РФ утвержден нарукавный знак по принадлежности к 12-й Мгинской военно-транспортной авиационной дивизии: изображение белого медведя на геральдическом щите красного цвета. Знак разработан офицерами управления 12-й ВТАД. Белый медведь выбран не случайно. Во-первых - давно признанный символ Арктики, а 12-я ВТАД внесла огромный вклад в освоение Севера. Во-вторых, белый медведь является самым крупным хищником России, а на вооружении 12-й дивизии состоят самые крупные отечественные военно-транспортные самолеты - Ан-22 и Ан-124.

В 1999 г. укомплектованность самолетного парка существенных изменений не претерпела - парк оставался сверхштатным. В марте проводились КШУ ГК ВВС «Воздушный мост 99» с практическим обозначением - перевозка комплекса С-300ПМУ Ан-22 8-го гвардейского ВТАП с аэродрома Оренбург на полигон Ашулук. К учениям по десантированию подразделений 98-й воздушно-десантной дивизии привлекались Ан-12ППС из 117-го ВТАП. Выполнялись перевозки российских миротворцев с аэродрома Мигалово в Слатину, помимо людей и техники на Балканы было доставлено 14 боевых вертолетов Ми-24 и 11 транспортных Ми-8.