Первые 13 истребителей «Рафаль» поставлены в варианте F1 (1-я партия). Самолеты оснащены упрощенным составом БРЭО и оптимизированы только для ведения воздушного боя, ассортимент подвесного вооружения ограничен ракетами воздух-воздух «Мика» ЕМ-2 (с радиолокационной головкой самонаведения) и «Мажик-2». В настоящее время на вооружение поступают самолеты конфигурации F2, но программное обеспечение их бортовых систем пока не отлажено в полном объеме. Ожидается, что полностью боеготовыми самолеты «Рафаль» F2 станут в начале 2006 г. Вооружение самолетов в конфигурации F2 расширено за счет ракет «Мика» с ИК головкой самонаведения и управляемого оружия класса воздух - поверхность. В состав бортового оборудования включены система передачи данных Link-16, пассивные оптоэлектронные датчики обзора передней полусферы и бортовой комплекс РЭБ, которые обнаруживают и идентифицируют источники электромагнитного и лазерного излучения, а также фиксируют пуски ракет. Архитектура БРЭО самолетов конфигурации F2, построенная по модульному принципу, позволяет интегрировать в бортовой комплекс новые системы, адаптируя самолет под требования конкретного заказчика. Как заявил представитель фирмы Дассо, на сегодня не существует систем управления оружием, которые нельзя было бы интегрировать в систему БРЭО самолета «Рафаль» F2.
Двухместный "Рафаль В" в конфигурации F2
Один из четырех двухместных "Рафалей" В, используемый для отработки боевого применения
Начало поступления на вооружение самолетов «Рафаль» F3 намечено на 2008 г. Эти истребители будут укомплектованы нашлемными прицелами Сажэм «Жерфо» и будут способны нести подвесные контейнеры с лазерным дальномером/целеуказателем Талес «Дамоклес», разведывательные контейнеры Талес Reco-NG, в ассортимент вооружения намечено включить противокорабельные ракеты АМ-39 «Экзосет» и ядерные боеприпасы MBDA AASM-P. Начало летных испытаний самолетов «Рафаль» F3 запланировано на 2006 г. С поступлением на вооружение истребителей «Рафаль» F3 ВВС Франции получит возможность перейти на однопарковый состав, так машины данной конфигурации смогут выполнять практически весь спектр боевых заданий от завоевания превосходства в воздухе до разведки и нанесения тактических ядерных ударов.