По планеру дела шли нормально, но с силовой установкой были постоянные проблемы. Из-за засорения тракта подачи катализатора (состав "Z") он неравномерно поступал в камеру сгорания. Это приводило к пульсациям тяги, а иногда к взрывам. Спокойно работать с двигателистами над решением этих проблем Липпиш не мог, - из-за конфликтов с Вилли Мессершмиттом он был вынужден покинуть фирму и переехать в Вену, где пристроил свой отдел в Институте аэродинамики.

Всего до марта 1943 года были построены 10 самолётов Me 163A - от V4 до V13. В этом была большая заслуга Вольфганга Шпате, который с апреля 1942 года был назначен директором проекта по производству и приёмке Me 163 со стороны Люфтваффе. Часть из них была без двигателей и впоследствии использовалась для обучения пилотов. На других образцах отрабатывалось крыло с постоянной стреловидностью, различные схемы уборки-выпуска лыжи и другие самолётные системы. На V8 были испытаны газовые рули, но неудачно - от них отказались. На V11 попробовали другой тип двигателя - Ек-16е, но также неудачно. Один из самолётов, под обозначением Me 163A (CD+IO), был вооружён 24 неуправляемыми ракетами R4M. Это была инициативная доработка, выполненная командиром "13 штафеля", III группы JG400. Это подразделение базировалось на аэродроме Удетфельд и занималось обучением пилотов на Me 163A и Me 163В. В октябре 1944 года он попросил взаймы у соседнего подразделения, летавшего на Me 262, комплект двух пусковых установок и ящик ракет R4M.

Me 163A-0, на котором испытывали ракеты R4M.	Me 163 V8

Затем, с помощью своих механиков, смонтировал их на одном самолёте. Пусковая установка представляла собой набор деревянных реек, закреплённых на нижней поверхности крыла, на которых устанавливались по 12 ракет на каждом крыле. Ракета R4M представляла собой неуправляемый снаряд, калибром 55 мм, длиной 812 мм и стартовым весом 3,85 кг. Вес заряда ВВ - 520 г. Ракета имела раскрывающиеся стабилизаторы, закрытые бумажными втулками. При пуске они разрывались, и стабилизаторы раскрывались от скоростного напора. Ракеты на вооружение Me 163 приняты не были, так как некому было доводить "рацпредложение" до ума.