Что касается безопасности полетов и происшествий с наиболее тяжелыми последствиями - катастроф, приводивших не только к потере техники, но и к гибели людей (а они часто сопровождались падением доверия к машине с не лучшими последствиями, как это случилось в Смуравьево в начале 80-х годов), - то и в этом отношении МиГ-27 выделялся в лучшую сторону. Его показатели безопасности в несколько раз опережали любые другие типы машин фронтовой авиации.
Тем не менее, к 1993 году судьба оставшихся МиГ-27 была предрешена. После вывода войск на территории бывших советских республик оказалось внушительное количество авиационной техники. Времена изменились, и затяжной кризис не позволял содержать прежнюю мощь. В условиях всеобщего дефицита и недостатка средств (летчики тогда по полгода не получали зарплату) сокращение ВВС стало неизбежным. В российских ВВС с вынужденным переводом тысяч летчиков из соседних республик образовался избыток летного состава — на одноместный самолет к 1993 году в среднем приходилось два летчика, при нормальном соотношении, с учетом резерва экипажей, 15 человек на 10 самолетов. Свою роль сыграли реформаторские веяния и условия Договоров, после распада СССР признанных Россией, Украиной и Белоруссией. Лимиты соглашений дамокловым мечом нависали над Вооруженными Силами - в условиях, когда и новых машин имелось с избытком (с точки зрения Договоров), естественным выбором становилось сокращение за счет вывода в резерв и списания техники постарше.
В соответствии с директивой Генштаба ВС РФ от 1 июля 1993 года были сформированы новые командования Фронтовой Авиации и Резерва и Подготовки кадров. Под началом ФА находилось пять ВА, КРПК насчитывало 16 авиаполков. На вооружении ФА оставались только современные самолеты, к которым Главком причислил МиГ-29, Су-27, Су-24 и Су-25. Среди них МиГ-27 места не нашлось...
В 1993 году началось массовое списание МиГ-27 с последующей ликвидацией ИБА как рода военной авиации. Ее задачи передавались бомбардировщикам и штурмовикам, для замены которых сорок лет назад приказным порядком и была образована ИБА. Теперь тем же директивным решением она упразднялась, полки истребителей-бомбардировщиков большей частью расформировывались, а частью переводились на штаты БА и ША и перевооружались Су-24 и Су-25.
"Кайра"из 266-го апиб, оснащенная подвесными контейнерами СППУ-22-01
Подвеска трех баков ПТБ-800 под МиГ-27К.
Следует отметить, что полки на МиГ-27 большей частью становились штурмовыми, а части на Су-17 - бомбардировочными. Причиной отчасти было упрощение переучивания ввиду известной преемственности суховской конструкции, но в большей мере - с учетом ряда сходных особенностей Су-25 и МиГ-27 в технике пилотирования. Штурмовик отличался норовистостью при взлете и, особенно, посадке, когда малая база и колея шасси снижали его устойчивость на полосе, а большая боковая проекция киля и крыло изрядного удлинения делали самолет склонным к рысканию и скольжению. Аварийность в полках при освоении Су-25 была высокой, не обходилось без поломок вследствие юза и крена на пробеге, иногда с задеванием крылом земли. Опыт пилотирования МиГ-27 с несколько похожим поведением (высокая глиссада, чувствительность к боковому ветру, необходимость повышенного внимания за креном и скольжением) облегчал летчикам переучивание.
В конечном счете, определяющим при перевооружении было соотношение бомбардировщиков и штурмовиков в ударной авиации конкретного направления, однако все штурмовые авиаполки (за исключением вновь сформированных) вели родословную от частей ИБА на МиГ-27. 18-й гв.апиб в Голенках был преобразован в 18-й гв.ошап в марте 1993 года, осенью того же года 266-й апиб "Монгольский Арат" также перешел на Су-25, сохранив почетное наименование. Штурмовым стал и выведенный из Прибалтики на Кубань 899-й полк. Дольше других продолжали летать на МиГ-27 1-й гв.иапиб в Лебяжьем и флотский 88-й омапиб, расформированный только в 1994 году.
Бомбардировочными стали 300-й и 224-й апиб из Приморья, все три полка ИБА ленинградской 76-й ВА, включая бывший лидерный на МиГ-27 722-й апиб, а также выведенные из Германии 296-й и 559-й апиб в составе вновь сформированной на Северном Кавказе 4-й ВА.
К январю 1997 года в ВВС России штурмовая авиация насчитывала 15 авиаполков, бомбардировочная - 28 полков. Окончательную точку в реформировании поставил Указ Президента РФ от 16 июля 1997 года, которым ВВС и ПВО преобразовывались в единый вид Вооруженных Сил - Военно-Воздушные Силы. ИБА в их составе уже не предусматривалась, хотя ударная авиация составляла более трети новых ВВС России.