Двухлонжеронное крыло кессонной конструкции стреловидностью по 1/4 линии хорд 55° состояло из центроплана и отъемных частей, Крыло устанавливалось по отношению к строительной горизонтали самолета с углом 2°. Относительная толщина крыла составляла около 7%. На крыле размещались элероны и щитки—закрылки, на каждой полуплоскости имелись аэродинамические гребни. Так как крыло имело сравнительно небольшие строительные высоты в своей отъемной части, поэтому для размещения топлива использовался только центропланный кессон (два бака №2). Стреловидное хвостовое оперение выполнялось по нормальной схеме: вертикальное оперение достаточно большой площади с килем и рулем направления, занимавшим приблизительно треть всей площади оперения; низкорасположенное горизонтальное оперение с неуправляемым стабилизатором и рулем высоты (в дальнейшем по опыту испытаний самолета "98", на "128-ой" машине и первых опытных самолетах "105" и "105А" будут введены управляемые стабилизаторы с сохранением руля высоты, а затем на серийных Ту-22 управляемый стабилизатор без руля высоты).
Впервые в практике ОКБ А.Н. Туполев согласился на внедрение на своем самолете необратимых бустеров во всех каналах управления (бустера были разработаны под руководством Главного конструктора Т.М. Башта в специализированном ОКБ). Всей авиапромышленности было известно "великое" изречение Андрея Николаевича: "Лучший бустер это тот, который стоит на земле", однако переход на сверхзвук настоятельно потребовал внедрения столь нелюбимых им (и законно — на том этапе первые отечественные бустеры имели очень низкую надежность, и кроме того, управленцы еще не умели грамотно строить системы управления самолетов с необратимыми гидроусилителями). Одновременно с переходом на необратимые бустеры в системе управления были установлены пружинные загружатели и рулевые демпферы. Следует отметить, что новой системе управления на основе необратимых гидроусилителей на самолетах "Ту" еще предстояло пройти долгий путь доводок — сначала на опытных самолетах "98" и "105", а затем на серийных Ту-22. Многие летчики пали жертвами различных трагических нюансов новой системы управления, прежде чем она стала отвечать необходимым требованиям по безопасности.
Шасси самолета выполнено по трехопорной схеме с носовым колесом. Носовая стойка с двумя спаренными колесами убиралась в отсек под кабиной экипажа назад по потоку. Основные стойки шасси крепились к мощным бимсам бомбоотсека и убирались назад в фюзеляжные отсеки, при этом четырехколесные тележки шасси вместе со стойками занимали горизонтальное положение в этих отсеках. Подобное новаторское конструктивное решение позволило получить аэродинамически чистое крыло, свободное от агрегатов шасси. Однако шасси такой конструкции имело небольшую колею и было очень сложным для летной эксплуатации в ВВС, прежде всего из-за значительных ограничений по боковому ветру и необходимости подготовки высококвалифицированных летчиков (стандартная фраза всех отчетов по летным заводским испытаниям — "доступен летчикам средней квалификации" — к данной машине уже явно не подходила). Как инженерное решение подобная конструкция шасси была оригинальной и интересной, и в последствии, когда вторая машина попала в ЦАГИ на статиспытания, конструкция шасси самолета "98" вызывала живой интерес у специалистов других отечественных самолетных ОКБ, но прямых повторений этот конструкции не было.
К важным конструктивно-технологическим особенностям самолета "98" можно отнести широкое использование в конструкции планера элементов выполненных из длинномерных профилированных панелей. Прежде всего они были использованы в конструкции крыла для образования мощного центрального кессона. В крыле были применены прессованные совместно со стрингерами панели из алюминиевого сплава, которые вместе с двумя лонжеронами образовывали кессон. В ходе отработки технологии изготовления подобных панелей, конструктора, прочнисты и технологи ОКБ столкнулись с большими трудностями. Панели из-за малой относительной толщины крыла (по сравнению с предыдущими конструкциями ОКБ) были необычно высоко нагружены, что впервые потребовало применения обшивки с толщиной доходившей до 8-10 мм. Возник вопрос о конструкции панели и в первую очередь о силовой связи стрингеров с обшивкой такой толщины. Моделирование и расчеты, проведенные в ОКБ с различными толщинами обшивки и размерами стрингеров, показали, что для крепления стрингеров без существенного перетяжеления панели нужны дюралевые заклепки малых диаметров, для которых в авиапроме нет необходимого оборудования. Это обстоятельство заставило пойти по новому смелому пути: внедрить новый технологический процесс, при котором панель прессовалась целиком вместе со стрингерами.