Возвращаясь в то время, сейчас трудно понять, почему руководство ГКАТ, предпочло остановиться на яковлевском двухмаховом проекте самолета-носителя, шансы на постройку которого были весьма проблематичны, в ущерб глубокой модификации уже летавшего самолета "98". Тем более в модифицированном виде базовый самолет-бомбардировщик становился носителем самолетов-снарядов.

Помимо проекта "98А" в ОКБ проводились работы над проектом "98Б" под различные типы более мощных двигателей. Рассматривались варианты модификации под двигатели АЛ-7Ф-2, ВД-15 и АЛ-9. Для этой модификации предполагалось использовать новое крыло с увеличенной площадью центропланной части, в которую должны были убираться основные стойки шасси. Стабилизатор должен был выполняться полностью управляемым, прицельная станция кормовой пушечной установки перемещалась с вершины киля в его основание и занимала место над ДК-18. Для этой модификации прорабатывался вариант безаэродромного старта со специальных легких мобильных ферм с помощью мощного твердотопливного ускорителя Р-80, который создавал тягу 80000 кг и обеспечивал импульс 300000 кг/с и перегрузку на старте 2,78, разгоняя самолет в конце старта до 355 км/ч.

По теме "98Б" в ОКБ прорабатывался вариант ударного самолета с одним двигателем. По своей компоновке однодвигательный проект "98Б" сильно напоминал американский истребитель-бомбардировщик F-105 "Тандерчиф". С семейством "98-х" его роднила остекленная носовая часть с кабиной штурмана. Кроме различных вариантов "98Б" в ОКБ рассматривался проект "98В", предназначавшийся для полетов на больших высотах.

Модель ударного однодвигательного самолета "98Б"

Последним в ряду проектов, развивавших линию самолета "98", стал проект самолета "122". Проект представлял глубокую модификацию "98-ой" машины под двигатели АЛ-11. Самолет проекта " 122" должен был иметь следующие основные летные данные:

Проектирование и испытания самолета "98" дали бесценный опыт для последующей разработки самолетов Ту-128 и Ту-22. В основном это касалось выбора оптимальных аэродинамических схем, конкретных конструктивных решений по различным агрегатам, а также решения проблем, связанных с работой силовых установок и систем управления на сверхзвуковых скоростях.

Прямым развитием самолета "98" стал дальний барражирующий истребитель-перехватчик ракетоносец Ту-128 (самолет "128"), имевший первоначальное официальное обозначение Ту-28. Еще в ходе заводских испытаний самолетом "98" заинтересовался Командующий авиацией ПВО маршал Е.Я. Савицкий. Ознакомившись с ним поближе, он приехал к А.Н. Туполеву с предложением создать авиации ПВО самолет конструктивно близкий к "98-ой" машине, но с совершенно другим назначением. ПВО срочно нужен был дальний истребитель—перехватчик, вооруженный тяжелыми ракетами класса "воздух—воздух" и оборудованный мощной бортовой радиолокационной станцией системы обнаружения воздушных целей и наведения на них бортовых ракет. В разговоре с Е.Я. Савицким Туполев уточнил ряд специфических вопросов, после чего поручил Начальнику отдела Технических проектов С.М. Егеру разработать эту тему более детально, приняв за основу "98-ой" проект и проработки по его модификациям. Разговор этот состоялся в июне 1957 года и в течении почти года до выхода Постановления в отделе Техпроектов рассматривались различные варианты переделки сверхзвукового бомбардировщика в перехватчик. Первоначально за базовый проект был взят Ту-24 ("98А"). Была перекомпонована передняя часть фюзеляжа: в носовой части вместо штурманской кабины установили под радиопрозрачным обтекателем радиолокационную станцию К-24 с дальностью обнаружения цели 50 км, захвата и сопровождения цели 35—40 км и дальностью пуска ракет 20 км. Под консолями крыла на пилонах на пусковых установках подвешивались четыре ракеты типа К-24 с радиолокационной полуактивной системой наведения. Кабина экипажа была полностью переделана под две кабины: летчика и оператора. Силовая установка рассматривалась на базе двигателей АЛ-7Ф-1,а затем АЛ-7Ф-2. В дальнейшем проект был переработан под крыло большей площади (по конфигурации повторявшее крыло "98Б", но с шассийными обтекателями) и РЛС "Смерч" с ракетами К-80 (Р-4).

После прекращения активных работ по опытному самолету "98", его решили в июле 1958 года списать (Акт на списание должен был быть готов к 15.10.58 г) и сдать на металлолом.