В 1995 г. в полку выполнялся ввод в строй летного состава после длительного перерыва в полетах, проверка техники пилотирования, после чего личный состав приступил к выполнению задач боевой подготовки и специальных задач. Налет за год составил 46% от планового. В 1994—1996 гг. экипажи полка принимали участие в обеспечении проведения антитеррористической операции в Чечне, в 1995 г. — в Таджикистане.

В 1996 г. план полетов был выполнен на 40%, в 1997 г.произошло дальнейшее снижение налета: 37%.

В сентябре 1997 г. была расформирована 4-я, вертолетная, эскадрилья.

С расформированием в 1998 г. 16-й воздушной армии, полк вошел в состав Московского округа ВВС и ПВО как часть особого подчинения. В том же году в состав полка была включена 285-я отдельная вертолетная эскадрилья РЭБ — во 2-ю эскадрилью было введено два звена вертолетов РЭБ. С 1999 г. вертолеты РЭБ неоднократно принимали участие в учениях различного масштаба, в том числе исследовательских, в условиях практического использования ЗРК. Участие вертолетов РЭБ в учениях «Оборона 2000» было оценено на самом высшем уровне, члены экипажей вертолетов-постановщиков помех были представлены к Правительственным наградам.

В 1999 г. самолетами полка воспользовались для перелетов председатель Госдумы Г.Н. Селезнев и мэр Москвы Лужков. Подобного рода перевозки не являются чем-то из ряда вон выходящим для экипажей 226-го осап. «Штатно» самолетами полка летают командующий 16-й воздушной армией и командующий Московским военным округом.

Взлетает Ан-12ЛЛ 3-й эскадрильи 226-го осап	Памятник погибшему экипажу Ан-12

Новый век начался для полка трагедиями — сразу две катастрофы. 22 мая 2001 г. в Тверской области потерпел катастрофу самолет Ан-12, экипаж в составе семи человек погиб. Экипаж сделал все возможное, чтобы увести самолет от населенных пунктов. За проявленные мужество и героизм все члены экипажа Ан-12 посмертно награждены орденами «За Мужество». 6 июля 2004 г. при выполнении специального задания на постановку радиоэлектронных помех в районе деревни Заворово Жуковского района Калужской области потерпел катастрофу вертолет Ми-8СМВ. Вертолет попал в режим «валежка» из-за превышения предельной максимальной скорости полета. Экипаж до последнего момента старался спасти машину, но сумел лишь отвести вертолет от дачного поселка...

В феврале 2004 г. полк был передан в войска КСпН. В настоящее время в состав 226-го осап входят: 1-я АЭ на самолетах Ил-22, Ту-134, Ан-12; 2-я АЭ на самолетах Ан-24, Ан-26 и вертолетах Ми-8; 3-я эскадрилья на самолетах Ан-12 и Ан-26, база (эскадрилья) «Открытое небо».

Герои Советского Союза, проходившие службу в 226-м ОСАП

Матвеев И.Ф. Сапожников В.В.