В конце 90-х годов экипажи полка выполняли различные задания: обеспечение действий по урегулированию конфликта на Северном Кавказе, доставка всего необходимого коллективным миротворческим силам в Таджикистане и Абхазии, обеспечение северного завоза, десантирование личного состава и грузов, поисково-спасательное обеспечение и многие другие. Экипажи 3-й эскадрильи выполняли специальные задания по перевозке офицеров МО РФ, ВВС, 61-й ВА ВГК (ВТА), выполняли другие специальные задания. За большой вклад в обеспечение антитеррористической операции в Чеченской Республике многие офицеры и прапорщики полка представлены к различным правительственным наградам, а командир полка полковник В.В. Жуков награжден орденом «За военные заслуги». В короткие сроки экипажи 978 ВТАП освоили такой сложный вид боевой подготовки, как десантирование личного состава и грузов.
В 1999 и 2000 г.г. полк принимал участие в обеспечении учений Войск ПВО стран СНГ «Боевое содружество» на полигоне Ашулук.
В ходе очередного реформирования Вооруженных сил РФ 978-й ВТАП с 1 июля 2001 года был переформирован в 78-ю отдельную военно-транспортную авиационную эскадрилью. На вооружении 78-й ОВТАЭ с этого периода состоят Ту-134, Ан-26 и Ан-12. В период с мая по сентябрь 2003 года на аэродроме Клин временно базировался 226-й ОСАП из Кубинки. В этот период 78-я ОВТАЭ и части обеспечения совместно с 226-м ОСАП обеспечивали в рамках международного договора «Открытое небо» полёты иностранных экипажей с аэродрома Клин. Всего за данный период времени авиабазу Клин посетили около 22 иностранных делегаций из 38 стран, в частности из США, Великобритании, Франции, Италии, Бельгии, Голландии, Швеции, Польши, Украины, Испании и др. Аэродром Клин принимал и выпускал самолёты В-707, С-130 и др.
В 2003 году экипаж майора Рогачёва Ю.А. на самолёте-летающей лаборатории Ан-26 № 147 успешно выполнил первичный облёт средств связи и РТО первой Российской зарубежной авиабазы Кант в Киргизии. Официальное открытие авиабазы широко освещалось средствами массовой информации: визит Президента, групповой пилотаж Су-27 Липецкого центра. Но еще раньше состоялось «неформальное» открытие. Перед первой посадкой низко над полосой прошел Ан-26, над которым развевался огромный российский флаг. Флаг держал в руках высунувшийся в верхний люк борттехник, недюжинной физической силы человек. Все мыслимые и немыслимые инструкции, конечно, были нарушены, но ведь оно того стоило!
С весны 2003 года экипаж подполковника Грабового В.И. на самолёте Ту-134 приступил к выполнению регулярных рейсов по доставке лётного состава частей 61 ВА ВГК (ВТА) и членов их семей в профилакторий «Чемитоквадже» на аэродром Сочи.
Огромный вклад в поддержание исправности и боеготовности авиационной техники в условиях хронического недофинансирования и дефицита авиазапчастей внёс личный состав инженерно-авиационной службы и ТЭЧ 78 ОВТАЭ, возглавляемые майором Г.А. Шепетом и подполковником Д.В. Зайцевым. Если в России, согласно классику, две беды — дураки и дороги, то в ВВС тоже две беды: нехватка керосина и запасных частей. По счастью, по крайней мере одна российская беда, дураки, ВВС большей частью миновала. Проблема керосина худо-бедно, но решается, а вот ситуация с запасными частями лишь усугубляется. Техники проявляют буквально чудеса изобретательности, поддерживая уровень исправности и боеготовности авиационной техники одним из самых высоких среди частей 61 ВА ВГК (ВТА). Работать порой приходится едва ли не по-фронтовому. Чего стоит замена двух двигателей на Ту-134 всего за сутки!
Клин, как известно, расположен совсем близко к Москве, аромат больших денег накрывает райцентр, но текучки кадров в эскадрильи практически нет. Почему? Сложный вопрос. Ведь Клин — далеко не самое «хлебное» и престижное место службы. Загранкомандировок нет, особо выгодных полетов — тоже. Нагрузка на личный состав просто огромна. Некогда в Клину стояло два истребительных полка ПВО, один транспортный, отдельная эскадрилья. Большая была база. Инфраструктура, пусть не вся, сохранилась, и ее нужно охранять, хотя бы от охотников за цветным металлом. Вот и приходится летчикам и техникам буквально разрываться между полетами, работой на технике и нарядами.
