Позиция ЗРК С-75 во Вьетнаме. Фотография сделана самолетом-разведчиком RF-101 осенью 1966 г.
Но, по признаниям самих американцев основной неожиданностью в этой войне для них все же стали зенитные ракеты. К концу 1965 г., по советским данным, ракетами было сбито уже 90 самолетов. Американцы признавали потерянными от ракет только 13 самолетов.
Еще одним неожиданным открытием того времени стали различия в количестве сбитых самолетов по советским и вьетнамским данным. Изучение этого вопроса вскоре показало, что причины этих различий носят во многом объективный характер. Так, признаком уничтожения цели для советского расчета ЗРК, в первую очередь, являлся подрыв боевой части ракеты в районе цели, вьетнамцы же оценивали результат по обломкам на земле, к которым, ссылаясь на требования безопасности, советских специалистов подпускали крайне редко и неохотно. Проведенный анализ расхождений показал, что после того как американские самолеты начали использовать для преодоления вьетнамской ПВО полеты на малых высотах, точность их сопровождения радиолокаторами СА-75 на фоне рельефа значительно снизилась. В результате, в несколько раз увеличились и ошибки сопровождения. А при высоте полета цели ниже 500 м дистанционные радиовзрыватели ракет зачастую срабатывали от местных предметов.
Понеся первые ощутимые потери, в феврале 1966 г. американцы были вынуждены практически прекратить на два месяца воздушную войну над Северным Вьетнамом, использовав этот перерыв для дооснащения самолетов средствами РЭБ и освоения новой тактики. В то же время для сбора необходимой информации были задействованы беспилотные летательные аппараты, в первую очередь, BQM-34 оснащенные средствами радиотехнической разведки. Наибольший же успех, по американским данным, сопутствовал «беспилотнику» Ryan 147E Firebee, который 13 февраля 1966 г. был безуспешно обстрелян ракетами, в результате чего была записана информация о работе их систем наведения, дистанционного подрыва боевой части и характеристики боевой части ракеты.
В марте 1966 г. на американских самолетах появились первые ракеты «Шрайк» (Shrike), предназначенные для атак радиолокаторов ЗРК, а летом во Вьетнам поступили специализированные самолеты EF-105F Wild Weasel.
В новый этап воздушной войны американцы вступили с обновленной материальной частью и действовали в соответствии с тщательно продуманной тактикой. Полеты, как правило, осуществлялись вне зон поражения ЗРК, определенных исходя из точного определения углов закрытия, весьма значительных в условиях горного рельефа Вьетнама. Практически все самолеты американцев были оснащены аппаратурой предупреждения об облучении СНР комплексов С-75, по информации которой летчики отрабатывали противоракетные маневры.
Большинство самолетов оснащались также и станциями активных помех для самоприкрытия, средствами отстрела пассивных помех. Групповое прикрытие осуществлялось постановщиками активных помех ЕВ-66А с удаления от 60 до 120 км. В результате, на экранах постоянно наблюдались засветки от пассивных помех — от узкой полосы до яркого равномерного свечения всего экрана. При использовании мощных активных помех самоприкрытия сбивать истребители-бомбардировщики практически не удавалось. Теоретически в данном случае следовало пеленговать активную помеху и наводить ракету с использованием метода «трехточки», но практически определить центр помехи не удавалось из-за мощной засветки экрана.
Еще более усложнилась работа ЗРК с началом применения противорадиолокационных ракет «Шрайк». В качестве их носителей использовались насыщенные аппаратурой радиоразведки и радиопротиводействия самолеты F-4E Wild Weasel. Сама ракета «Шрайк» в абсолютном большинстве случаев не наблюдалась на экранах СНР из-за ее малой ЭПР. Ее пуск фиксировался по изменению формы отметки от носителя на индикаторе «5 км». Как правило, при этом расчету ЗРК приходилось осуществлять сброс цели, разворот антенны, после чего производилось переключение на эквивалент. В случае благоприятного временного расклада эти операции удавалось проводить не сразу, а после поражения обстреливаемого ЗРК самолета.
Очень ответственным был выбор момента пуска ЗУР. При пуске вблизи дальней границы зоны поражения американский самолет мог развернуться и благополучно уйти. При опоздании с пуском ракеты — самолет включал форсаж и успевал проскочить в «мертвую» зону, за ближнюю границу зоны поражения. В результате, наиболее целесообразным был признан выход в эфир излучением СНР при удалении цели около 40 км от ЗРК.
Помимо мер радиоэлектронной борьбы американцы широко применяли и огневое противодействие. Позиции ЗРК подверглись 685 ударами авиации. Чуть меньше половины из них производилась ракетами «Шрайк», остальные — бомбами. В 1966 г. осколками была повреждена 61 ракета, в 1967 г. — 90 ракет, из которых удалось восстановить не более половины. Всего же за годы войны, ЗРК выводились из строя 241 раз — каждый дивизион выводился из строя примерно один раз в год. Позиции менялись в среднем 10—12 раз в год, а в период наиболее напряженных боевых действий через 2—4 дня. В результате действий американской авиации из 95 поставленных Советским Союзом зенитных ракетных комплексов к 1973 г. в строю осталось 39 боевых ЗРК и 4 в учебных центрах.