Сложность доводки и новизна ТРДФ отодвинула эти сроки на два года. Заданную Постановлением тягу на форсаже в 10000 кг "выжать" из двигателя так и не удалось. Оставляла желать лучшего надежность и экономичность ТРДФ. В ноябре 1958 года предъявленный на стендовые испытания АЛ-7Ф-1-50 с увеличенной форкамерой и ресурсом в 50 часов после наработки 37 часов вышел из строя из-за обрыва лопатки турбины.

С целью сосредоточения всех сил на ускорении доводки АЛ-7Ф-1 Постановлением ЦК КПСС и Совмина была прекращена разработка нового перспективного ТРДФ АЛ-9. К работам по АЛ-7Ф-1 подключили и специалистов из других моторостроительных ОКБ. Таким вниманием "верхов" двигатель был обязан тем, что его дефекты сдерживали работы по таким приоритетным для обороны страны самолетам, как Су-7, Су-9, И-75Ф, Ла-250, Ту-128 и крылатой ракете Х-20. Всего же самолетостроительные ОКБ в тот период проектировали около десятка машин с этим ТРДФ.

Вместе с тем полеты американских разведчиков на недосягаемых для отечественных истребителей высотах все же ударили по программе серийного выпуска Су-7, поскольку практически все пригодные для установки на самолет АЛ-7Ф-1 направлялись для оснащения перехватчиков Т-3 (Су-9), приоритет серийного выпуска которых был в конечном итоге признан более высоким.

В конце 1 958 года один из первых серийных Су-7 был доработан в опытный самолет С-41 (С21-1). На нем внедрили целый ряд новшеств, которые потребовали изменения конструкции фюзеляжа. Для борьбы с помпажем воздухозаборника С-41 оснастили предложенными аэродинамиками ОКБ-51 и уже испытанными летом 1958 года на опытном Т43-1 противопомпажными створками (или т.н. створками перепуска). Носовую часть С-41 удлинили на 335 мм, а перед кабиной летчика в наружной и внутренней обшивках сделали четыре прямоугольных выреза, закрытых створками двухстороннего отклонения, прикрепленными на шарнирах к шпангоуту фюзеляжа.

После первых испытательных полетов С-41 для увеличения эффективности противопомпажных створок самолет дооснастили новой электрогидравлической системой управления воздухозаборником ЭСУВ-1 (также ранее отработанной на Т43-1). Она предназначалась для автоматической установки по заранее заданной программе конуса и створок в зависимости от скорости полета, температуры заторможенного потока воздуха в канале ВЗ и приведенных оборотов ТРДФ в положение, при котором воздухозаборник работал устойчиво и с минимальными потерями на входе. При этом пропускная способность воздухозаборника во всем диапазоне оборотов была равна расходу воздуха через двигатель. Система состояла из управляющей электрической и исполнительной гидравлической частей и включалась в работу при достижении самолетом скорости М=1,35. Отклонение створок наружу обеспечивало устойчивую работу воздухозаборника на числах М>1,7 на установившихся режимах работы двигателя при любой степени его дросселирования при полном выдвижении конуса и позволяло оптимально согласовать характеристики ВЗ и ТРДФ. При работе двигателя на земле и на малых скоростях полета створки под действием превышения атмосферного давления над давлением в канале отклонялись внутрь воздушного канала, чем обеспечивалось уменьшение потерь полного давления.

Подвижный конус воздухозаборника на дозвуковых скоростях находился в полностью убранном положении, а на сверхзвуке автоматически по командам от ЭСУВ-1 постепенно плавно выдвигался, обеспечивая оптимальное расположение скачков уплотнения (двух косых и одного прямого замыкающего). Ранее конус, устанавливаемый на Су-7, имел два фиксированных положения - при достижении скорости М>1,35 он автоматически по командам от датчиков числа М полностью выпускался, а при меньших скоростях - убирался. Если система автоматического управления выходила из строя, летчик мог вручную, с помощью аварийных переключателей, управлять электрогидроклапанами силовых цилиндров ЭСУВ-1.

Кроме регулируемого ВЗ с противопомпажными створками на С-41 был установлен и ТРДФ АЛ-7Ф-1-50 с повышенной тягой. Двигатель развивал на максимале 6240 кгс, а на форсаже 9200 кгс. Прежний АЛ-7Ф, как и воздухозаборник, был подвержен помпажу (вспомним катастрофу С-1), особенно в момент быстрого изменения его оборотов во время разгона или уменьшения скорости полета. Это происходило из-за того, что проходные площади отдельных ступеней компрессора двигателя при проектировании были выбраны для максимального расчетного режима работы ТРДФ. При отклонении режима работы компрессора от этих значений возникало рассогласование режимов его отдельных ступеней. Так, при снижении оборотов происходило уменьшение степени повышения давления компрессора и плотности воздуха на последних его ступенях по сравнению с расчетным режимом. Площади проходных сечений этих ступеней оказывалось недостаточным, из-за чего двигатель начинал "задыхаться" (ограничивался расход воздуха, проходящего через компрессор). Это, в свою очередь, приводило к тому, что площади первых ступеней становились излишне большими. Соответственно этому осевые скорости воздуха в последующих ступенях становились более высокими, а в первых - более низкими, чем на расчетном режиме. Углы атаки последних ступеней уменьшались, а на первых, наоборот, увеличивались. В результате происходил срыв потока, который приводил к уменьшению запаса устойчивости двигателя по помпажу или даже к неустойчивой работе всего двигателя (т.н. нижний срыв или "горячее зависание двигателя"). В этом случае работа ТРДФ мало отличалась от нормальной, но иногда ощущался необычный "зуд", а температура газов быстро возрастала с 300°С до 500°С.

Катапультируемое кресло КС-2. Характерной чертой кресел серии КС была лебедка подтяга поясных тросов привязной системы, ручка которой находилась справа от заголовника сиденья

Перемещение РУД в сторону увеличения оборотов приводило к резкому росту температуры газов без увеличения тяги, что было особенно опасным при исправлении расчета на посадку. При увеличении числа оборотов при разгоне выше расчетного, происходило увеличение углов атаки последних ступеней компрессора, вследствие чего запас устойчивости резко уменьшался и происходил помпаж двигателя (т.н. верхний срыв или помпаж двигателя на больших оборотах). Он сопровождался резким ростом температуры газов за турбиной с темпом до 200 град/с, хлопками, тряской, резким падением оборотов и тяги и часто заканчивался самовыключением двигателя (в лучшем случае) или выходом его из строя с разрушением дисков и прогаром турбины, практически всегда - с потерей машины.