В 1993 г. при выполнении учебного полета на малой высоте столкнулся с деревом самолет UTVA-75 (YU-DJU/ 53234), оба летчика получили серьезные ранения, а самолет позже отремонтировали.
В 1994 г. ВВС Македонии закупили четыре вертолета Ми-17. Происхождение этих вертолетов до сих пор остается под вопросом: в некоторых изданиях говорится, что вертолеты был куплены на Украине, в иных — в Чехии у «частной российской кампании — чуть ли не у Газпрома». Так как эмбарго на поставку вооружений и военной техники на Балканы продолжало действовать, вертолеты по документам проходили как «санитарно-медицинское оборудование». Все четыре Ми-17 перед поставкой в Македонию были перекрашены в белый цвет и получили двойную, гражданскую и военную регистрацию (Z3-HHC/VAM-301, Z3-HHD/VAM-302, Z3-HHE/VAM-303, Z3-HHF/VAM-304, аббревиатура «VAM» расшифровывается как «Vozduhoplovstvo na Armijata na Makedonija» — авиация армии Македонии), на хвостовых балках было нанесено изображение государственного флага Македонии. Вертолеты поступили на вооружение 301-й транспортной вертолетной эскадрильи.
101-я авиационная эскадрилья в 1995 г. получила четыре двухместных поршневых учебно-тренировочных самолета Z-242L (бортовые номера VAM-101/Z3-DCM, VAM-102/Z3-DCN, VAM-103/Z3-DCO и VAM-104/Z3-DCP), закупленных в Чехии; все самолеты эксплуатировались еще в социалистической Чехословакии. Формально покупку этих самолетов можно было трактовать как нарушение эмбарго, поэтому македонские «Злины» не афишировались. Первая официальная демонстрация самолетов состоялась только 28 июля 1998 г. «Злины» использовались для первоначального обучения летчиков, поддерживания летных навыков, тренировок в полетах по маршрутам, высшем пилотаже, на групповую слетанность, а также для отработки основных элементов боевого маневрирования. Один «Злин» (VAM-101) разбился в обычном тренировочном полете 7 апреля 1999 г. из-за отказа двигателя, летчик остался в живых, получив ранения средней степени тяжести.
Покупка «Злинов» позволила командованию ВВС отказаться от лизинга тренировочных самолетов UTVA-75, которые вернули воздухоплавательному союзу. Эксплуатация единственного UTVA-66 продолжалась до 2001 г., когда его передали в аэроклуб города Битола.
В 1995 г. Македония стала участницей НАТОвской программы «Партнерство ради мира», что формально давало македонским ВВС право принимать участие в учениях стран НАТО, но впервые македонская авиация приняла участие в международных учениях только в сентябре 2000 г. — учения «Кооператив Кью'2000» проходили в Румынии.
В 1996 г. ООН сняло запрет на поставки вооружений в Македонию и Словению. Первым делом «санитарные» вертолеты были перекрашены в трехцветный камуфляж, заодно убрали гражданские номера с вертолетов — осталась только военная регистрация: VAM-301, VAM-302, VAM-303 и VAM-304. Строго говоря, эти Ми-17 действительно являлись сугубо гражданскими машинами, не имевшими ни пулеметов, ни пилонов для подвески вооружения. В Македонии их использовали для транспортных перевозок, эвакуации больных и для борьбы с пожарами (вертолеты дооборудовали баками для воды производства канадской фирмы Бомбардье).
Снятие эмбарго привело к появлению многочисленных идей на тему закупки самолетов и вертолетов в третьих странах. В подавляющем большинстве случаев дальше деклараций о намерениях дело не пошло. К примеру, в 1996 г. командующий ВВС генерал Манолев анонсировал покупку в Чехии реактивных учебно-боевых самолетов L-59, но контракт подписан не был из-за отсутствия у Македонии необходимых средств. В июле 1998 г. Турция предложила Македонии партию из 20 истребителей F-5, но денег опять не нашлось, несмотря на обещанную турецкой стороной дотацию. В конце декабря 1999 г. македонские СМИ сообщили о покупке в Болгарии 12 истребителей МиГ-21бис и 12 боевых вертолетов Ми-24Д. Сделка опять сорвалась — по официальной версии македонская сторона нашла техническое состояние самолетов и вертолетов неудовлетворительным. В 2000 г. появилась информация о передачи Германией Македонии снятых с вооружения бундесвера 16 вертолетов Во-105 и партии вертолетов UH-1D, также снятых с вооружения. Затем много говорилось о покупке на Украине эскадрильи боевых вертолетов Ми-24 и восьми вертолетов Ми-8 в транспортно-боевой конфигурации. Пожалуй, самой экзотической, чтобы не сказать фантастической, стала очевидная «утка» о закупке в России вертолетов Ка-50. Впрочем, украинские вертолеты в самом скором времени появились в Македонии.
Власть в Скопье поддержала в 1999 г. агрессию НАТО против Югославии. В Петровичах тогда базировалась авиация «союзников», а македонские ВВС были рассредоточены по небольшим аэродромам, так как не исключалась возможность удара ВВС Югославии по авиабазе Петрович. Напрямую Македония участие в агрессии против Югославии не принимала. Вертолеты ВВС Македонии патрулировали границы с Албанией и Косово больше в интересах Скопье, нежели Брюсселя или Вашингтона, ограниченное количество полетов вертолеты сделали для доставки косоварам гуманитарных грузов. Долг, как известно, платежом красен: всего через два года косовары вернули «долг» с процентами, только в Македонии этому совсем не обрадовались.
В Македонии издавна существовали районы, населенные, главным образом, албанцами. В 2000 г. Армия освобождения Косово осталась «без работы». Очень хочется быть политкорректным, но, похоже, эти бойцы за независимость работать не умеют и не хотят. Да и зачем? В соседней Македонии страдают от притеснений режима в Скопье братья-албанцы — надо помочь. Дальше началось Косово наоборот. Неожиданно для албанцев НАТО встало на сторону «режима». Любопытный момент — в западной печати боевиков из УЧК, воевавших в Македонии, называют террористами. А ведь в Косово они являлись борцами за независимость. А разницы-то ведь никакой нет. И в Сербии, и в Македонии провинции, в населении которых преобладали албанцы, возжелали независимости. За свободу и независимость «мятежных» провинций зачастую воевали те же самые бойцы УЧК. Впрочем, ответ на эти вопрос давно всем известен. Сербия занимала по отношению к НАТО жесткую и непримиримую позиции. Македония же придерживалась дружественного нейтралитета и, в общем-то, была не против присоединиться к блоку.
В начале февраля 2001 г. бойцы вновь созданной этнической албанской Народной армии освобождения вместе с боевиками Армии освобождения Косово атаковали пост македонской полиции в Таначевичах, на границе с Косово. Через несколько недель нападения албанцев на посты македонских сил безопасности последовали в западной части страны, в окрестностях города Тетово. Правительство в Скопье направило под Тетово от 20 до 30 танков Т-55 и четыре вертолета Ми-17 — практически всю тяжелую технику. Вертолеты напрямую участия в боях не принимали, их использовали только для транспортных перевозок и эвакуации раненых.
Между тем ситуация обострялась. Единство страны было поставлено под угрозу. Правительство приняло решение в кратчайший срок повысить боеспособность вооруженных сил и прежде всего — авиации. 20 марта был подписан договор о взаимной (?) военно-технической помощи с Украиной, а уже 23 марта в Петровиче приземлилось четыре Ми-8МТ и два Ми-24В. «Восьмерки» перелетели в Петрович из Приштины, они принадлежали украинскому контингенту KFOR, Ми-24 перегнали непосредственно с Украины. Греция проявила солидарность, передав два «Ирокеза» модификации UH-1D; «Ирокезы» прибыли в Петрович тоже 23 марта.