Главный удар сербы наносили в Восточной Словении, хорваты отчаянно сопротивлялись на рубеже реки Дунай. Реактивные самолеты югославских ВВС ежедневно наносили удары по позициям хорватов в районе Вуковара.

В ходе вооруженных конфликтов с Хорватией и Словенией федералы лишились 46 самолетов и вертолетов. Хорваты претендуют на уничтожение трех истребителей МиГ-21бис и одного разведчика МиГ-21Р, еще один МиГ-21Р летчик-хорват угнал в Австрию. Данные о потерях федеральной стороны сильно расходятся. К примеру, журнал International Air Power Review приводит следующие данные: всего хорваты сбили 23 летательных аппарата — пять МиГ-21, два «Орао», три G-4 «Галеба», семь «Ястребов», три G-2 «Галеба», один Ми-8 и две «Газели». Достоверно хорваты сбили всего один, а не два, истребитель-бомбардировщик «Орао» — 19 сентября 1991 г. в районе Даково ракетой ПЗРК «Стрела-2М».

О масштабах применения федеральной авиации дают представление действия только одного 204-го иап, выполнившего по целям на территории Восточной Словении 568 боевых вылетов; основную работы выполняли МиГ-21 бис, хотя на боевые задания также летали истребители МиГ-29. Летчики отмечали сильное противодействие со стороны хорватской ПВО, но сбит был только один МиГ-21 бис из 204-го иап.

С точки зрения международного права кульминацией воздушной кампании стал прискорбный инцидент 7 января 1992 г., когда истребителем МиГ-21бис ВВС Югославии над Хорватией был сбит окрашенный в белый цвет ООН вертолет Агуста-Белл 205 армейской авиации Италии. Пятеро человек (члены экипажа вертолета и представители Европейской наблюдательной комиссии) погибли. Истребитель из состава дежурных сил был поднят в воздух по боевой тревоге — система ПВО обнаружила воздушную цель в установленной 28 сентября 1992 г. запретной для полетов воздушных судов всех стран зоной над западной частью Югославии. Летчик капитан Эмир Жижич захватил цель и уничтожил ее ракетой Р-60. Капитан Жижич 21 мая 2003 г. был приговорен военным трибуналом в Риме к 20 годам заключения как военный преступник, судебное заседание продолжалось всего 10 минут; заседание суда происходило в Риме, потому что четверо из пятерых погибших на борту вертолета были итальянцы.

Разведчики INJ-22 351-й эскадрильи ВВС Югославии

Учебно-тренировочный самолет NJ-22

Весной 1992 г. между Сербией и Хорватией при спонсорстве международного сообщества удалось установить хрупкое перемирие. В Хорватии появились миротворческие силы ООН (UNPROF, UN Protection Force). Треть территории страны осталась за сербами, где была провозглашена республика Сербская Краина.

Начало войны в Хорватии осложнило положение в Боснии, сербское население этой республики стало добиваться создания независимого от остальной Боснии национального государства. Насколько эти стремления подпитывались из Белграда — неизвестно, однако в апреле 1992 г. в руках боснийских сербов появилось вооружение из арсеналов ЮНА. В то же время федеральные силы большей частью были выведены из Боснии в Сербию; в частности из Бихача в Батайницу в апреле-мае 1992 г. перебазировалась 352-я истребительная авиационная эскадрилья. Скальные укрытия авиабазы Бихач были взорваны. Также в мае 1992 г. из Тузлы в Слатину перебазировалась вооруженная самолетами МиГ-21 129-я эскадрилья. Последний боевой вылет из Тузлы МиГи выполнили в первую неделю мая, когда разрушили мост через Саву в северной Боснии, по которому хорватские войска перебрасывались в Посавинский регион. 2 мая 1992 г. над Савой средствами ПВО был сбит один МиГ-21бис.

Территория Югославии сжималась подобно шагреневой коже. На обломках Социалистической Югославии родилась просто Югославия с территорией вполовину меньшей территории СФРЮ. С июня по сентябрь 1992 г. была проведена реорганизация ВВС и ПВО. Ранее в состав ВВС и ПВО входили смешанные корпуса, состоявших из авиационных частей и частей ПВО. Теперь были сформированы отдельно авиационный корпус и корпус ПВО, которые вместе составили ВВС и ПВО. Вместо полков появились бригады. Все истребители сконцентрировали в 204-й и 83-й авиационных бригадах, однако уже в 1994 г. бригады вновь стали полками. В том же 1994 г. в корпус ПВО из авиационного корпуса были переданы четыре эскадрильи истребителей — одна, вооруженная МиГ-29, и три на МиГ-21. В 1996 г. Россия предложила поставить Югославии 20 истребителей МиГ-29, а также ЗРК С-300. Тогда Милошевич отказался...