Сразу после событий 1999 г. в высшем эшелоне вооруженных сил Югославии началась дискуссия на тему «как нам обустроить ВВС» с учетом недавнего боевого опыта. Возобладало мнение о необходимости упразднить ВВС, сделав отдельно авиационный корпус и отдельно корпус ПВО. На корпус ПВО возлагались бы задачи защиты от воздушного нападения и завоевания превосходства в воздухе, на авиационный корпус — авиационная поддержка сухопутных войск и флота. Разделение произошло в 2002 г. Штаб авиационного корпуса разместился в Земуне. В корпус вошли 12 авиационных и вертолетных эскадрилий на четырех авиабазах. На базах сформировали бригады, в которые входили подразделения обеспечения.

Реорганизация сопровождалась мощными «сказками» о грядущей модернизации с поступлением в войска новых радиотехнических средств, ЗРК, самолетов. На волне славянской солидарности, а в 1999 г. в России действительно очень близко к сердцу восприняли удары по Югославии, предполагалось, что Москва окажет помощь по ценам «ниже рыночных». В числе прочего, Белград рассчитывал получить многоцелевые истребители класса Су-30МК в количестве, достаточном для вооружения двух авиационных эскадрилий.

В 2003 г. Югославия стала Сербией и Черногорией. В силу «модных» тенденций перед ВВС в частности и перед вооруженными силами в целом была поставлена задача «борьбы с терроризмом». Вообще-то, вооруженные силы предназначены в первую очередь для отражения внешней агрессии. Опыт Сербии и Черногории (равно как и еще одной очень большой страны, населенной преимущественно славянами) показывает, что красивыми фразами о борьбе с терроризмом и масштабными реорганизациями существующего наследия прикрывается полная импотенция верхов по части реальной модернизации вооруженных сил. С образованием нового государства на свет незамедлительно появилась программа реформирования ВВС, которые разделили на авиационный корпус и корпус ПВО. Однако уже в 2005 г. оба корпуса расформировали, создав взамен новый вид вооруженных сил — ВВС и ПВО. Основу авиационного корпуса составляли бригады, полки и отдельные эскадрильи. Бригад было четыре, по числу авиабаз, во вновь созданных ВВС и ПВО планировалось оставить сначала 13 эскадрилий, а к 2007 г. оставить только 5-6 эскадрилий, в том числе две истребительно-бомбардировочные, одну транспортную и две вертолетные. Уже в 2005 г. очевидной стала утопичность данного плана, так как Черногория хотела независимости.

МиГ-21бис из 83-го иап, авиабаза Ниш, 1999 г.

Остатки уничтоженных по договору истребителей МиГ-21бис, авиабаза Батайница. Красным написана буква «D» — Destroy

МиГ-21МС с контейнером под фюзеляжем

По результатам референдума в июле 2006 г. Черногория получила независимость, Югославия де факто прекратила свое существование как государство. ВВС союзного государства были разделены по территориальному принципу: по местам базирования. К Сербии отошли самолеты и вертолеты, дислоцированные на авиабазах Батайница, Ладевичи, Ниш и Ковин — 89 боевых самолетов и 94 вертолета; по состоянию на 1 января 2006 г. в составе ВВС Югославии имелось 94 боевых самолета и 111 вертолетов. К Черногории отошла часть дислоцированной в Голубовчи 172-ой смешанной авиационной бригады. ВВС и ПВО Сербии в 2006 г. претерпели реорганизацию, перейдя на НАТОвскую модель, при которой авиационные части и части обеспечения сведены в авиабазу. Официально формирование «авиационная база» введено 1 5 ноября 2006 г. Первая база — Батайница — сформирована на основе 204-го истребительного авиационного полка. В состав 204-й авиабазы вошли три авиационные эскадрильи (101-я, 252-я и 138-я), одно авиационное звено, 24-й батальон технического обслуживания и 177-й батальон ПВО. 101-я эскадрилья была сформирована заново на основе вооруженной самолетами МиГ-21бис/УМ 126-й эскадрильи и вооруженной самолетами МиГ-29 127-й эскадрильи. На вооружении 101-й эскадрильи состоит 28 МиГов-21-х и пять МиГов-29-х, однако в пригодном к полетам состоянии поддерживается всего несколько истребителей МиГ-21 и одна спарка МиГ-21УМ. Пара самолетов МиГ-21 постоянно несет боевое дежурство с подвешенными ракетами. Самый старый сербский МиГ-21 построен в 1977 г., самый новый — в 1983 г.