Нормализация отношений с НАТО началась еще в 2002 г., когда 25 апреля Югославия присоединилась к программе «Партнерство ради мира». Визит двух истребителей F-16CG из 510-й тактической истребительной эскадрильи ВВС США на авиабазу Батайница состоялся 23—24 июня 2006 г. В воздухе на подходах в Батайнице американские истребители встретила пара МиГов (МиГ-21бис и МиГ-21УМ) из 204-го иап. Четверка самолетов прошла на малой высоте над Батайницей, «знаменуя новые, партнерские, отношения между недавними оппонентами», — так писала западная пресса. Один из истребителей F-16 пилотировал майор Эндрю Уилз, который принимал участие в операции «Союзническая сила», тогда он служил в 555-й истребительной эскадрильи. Майор Уилз дал интервью сербским СМИ, где отметил, что в 1999 г. он, как любой солдат, всего лишь выполнял приказ. Однако Эмир Жижич тоже выполнял приказ, за что и получил 20 лет заключения.

В целом же визит американских истребителей вызвал в Сербии резко негативную реакцию, что неудивительно. К примеру, в Брно во время авиашоу CIAF американские пилоты не очень тактично подшутили над русским летчиком. В ответ образовалась славянская коалиция в лице сербов, чехов и словаков, «боевые действия» со стороны которой остановили лишь «дипломатические усилия» представителей России.

Тем не менее определенное движение официального Белграда в сторону США имеет место быть. В Батайнице было официально объявлено, что первый сербский летчик приступил к обучению в академии ВВС США в 2007 г.

Батайницу тогда посетил посол США в Сербии, который, увидев выставленную рядом с истребителем-бомбардировщиком «Орао» ракету «Мэйверик», выразил надежду в будущем лицезреть на сербском аэродроме не только ракеты американского производства, но и самолеты. В декабре 2006 г. делегация ВВС Сербии посетила с ответным визитом авиабазу Авиано, где базируется 510-я эскадрилья ВВС США. Капитану Ненаду Милевичу была предоставлена «честь» слетать на истребителе F-16D из 31-го тактического авиакрыла ВВС США.

Сразу после распада Югославии на Сербию и Черногорию, на некоторые самолеты ВВС Сербии были нанесены временные новые опознавательные знаки в виде разделенных горизонтальной полосой красного цвета бело-голубых кругов (верх — голубой, низ — белый); на вертикальное оперение наносился флаг голубого/белого/красного цветов. Первым временные опознавательные знаки получил истребитель-бомбардировщик J-22 «Opao» (25207). 29 июля 2006 г. новые опознавательные знаки ВВС Сербии были продемонстрированы международной общественности во время визита одного сербского «Орао», двух «Галебов» и одного Ан-26 в Румынию; самолеты принимали участие в шоу на авиабазе Михай Кагальничеану.

Самолеты «Голеб» и «Орао» с временными опозновотельыми знаками ВВС Сербии	Вертолет НТ-40Е — Ми-8Т с установленной аппаратурой РЭБ

25 октября 2006 г. на авиабазе Батайница был продемонстрирован истребитель МиГ-21бис в новой двухцветной серо/серой окраске с новыми опознавательными знаками ВВС Сербии. Эмблема представляет собой бело-сине-красную кокарду с узким кантом голубого цвета, поверх которой наложен крест белого цвета, также с голубой каймой. Похожие опознавательные знаки наносились на самолеты королевства Югославии с конца 1920-х гг. по 1941 г. Новые опознавательные знаки наносятся на американский манер: на правый и левый борта фюзеляжа, верхнюю поверхность левой плоскости крыла и нижнюю поверхность правой плоскости крыла. На вертикальном оперении — изображение флага Сербии небольшого размера.

По последним западным данным, в период «Союзнической силы» в воздухе было сбито не менее шести истребителей МиГ-29, еще пять истребителей авиация НАТО уничтожила на аэродромах. Таким образом, в составе ВВС Югославии после войны 1999 г. осталось пять самолетов МиГ-29, которые эксплуатировались до апреля 2004 г. В апреле 2004 г. полеты самолетов данного типа в Югославии были прекращены из-за проблем, связанных с их техническим обслуживанием. Как ожидается, в 2007 г. должен быть заключен контракт на сумму примерно 10 млн. евро, предусматривающий ремонт МиГов. В 2005 г. самолеты МиГ-29 были осмотрены представителями РСК «МиГ». Ремонт истребителей МиГ-29 будет осуществляться, скорее всего, в России, хотя были планы организации ремонта на АРЗ Мома Стоянович. Возобновление полетов истребителей МиГ-29 запланировано на 2008 г.

Эксплуатация истребителей МиГ-21 продлится минимум до 2009 г., а по оптимистичным оценкам — до 2016 г.!

Изучается вопрос о модернизации части самолетов G-4 в вариант G-4MD, способный использовать 300-кг КАБ с лазерным наведением LVC-250F национальной разработки.