С 5 ноября 1984 г. полк приступил к несению боевого дежурства в системе ПВО на самолетах МиГ-29 днем и ночью.

В 1985 г. за освоение новой авиационной техники, высокие результаты в боевой и политической подготовке орденом Красной Звезды были награждены командир полка полковник П.О. Черныш, командир эскадрильи подполковник В.П. Плешивцев, командир эскадрильи авиационно-технической подготовки подполковник В.В. Ткаченко; медалями «За боевые заслуги» — зам. командира эскадрильи майор А.П. Батютин, помощник начальника ИАС эскадрильи капитан Н.Н. Колин, старший летчик капитан А.А. Новицкас и командир звена капитан А. Тоболевич.

Известно, что в начале эксплуатации МиГ-29 произошло несколько катастроф. В 1984 г. не стало одного из наставников летчиков 968-го иап — полковника Александра Корешкова. Трагедия произошла в Липецком авиацентре. Вскоре при схожих обстоятельствах в Кубинке разбился летчик-испытатель ГК НИИ ВВС Владимир Лотков. Летчикам полка, к счастью, катастроф при освоении МиГ-29 удалось избежать. Авария имела место 7 февраля 1989 г. Из-за непарируемых нарастающих поперечных бросков самолета во время очередного вылета был вынужден катапультироваться командир полка полковник С.И. Дроздов. Условия катапультирования были крайне неблагоприятными — из плоского штопора, под углом в сторону земли. Дроздов при катапультировании потерял сознание, получил смещение позвонков, но через год вернулся к летной работе. Причиной аварии явилось разрушение правого киля, приведшее к неуправляемому вращению самолета. А разрушение киля было вызвано предварительным надрывом нижней полки корневой нервюры, возникшим в результате столкновения 7 сентября 1988 г., когда один самолет задел другой на встречных курсах; оба летчика были молодыми, но, тем не менее, благополучно сели.

В июне 1986 г. полк выполнял «боевую задачу» на полигоне Мары с выполнением летно-тактического учения и практическими стрельбами по мишеням Ла-17М.

В 1988 г. в полку, возможно впервые в ВВС, проводился эксперимент по новой организационно-штатной структуре. Традиционно, инженерно-технический состав сводился, также как и летный, в звенья и эскадрильи. Эксперимент заключался в организации в полку авиационно-технических отрядов, проще говоря — «технарей» на уровне звена и эскадрильи. Их отделили от «летунов». Если раньше у командира эскадрильи имелся зам по ИАС, в подчинении которого были техники звеньев, то теперь всем техническим составом полка стал руководить зам. командира полка по ИАС, которому подчинили АТО — авиационно-технические отряды. Новый штат «прижился», на аналогичную структуру перешло большинство авиаполков ВВС.

Согласно директиве ГК ВВС от 28 февраля 1989 г. полк в период с 12 по 27 июля перебазировался с аэродрома Россь в ГДР на аэродром Альтенбург и вошел в состав 6-й гвардейской истребительной авиадивизии 16-й воздушной армии.

В июле 1991 г. полк передислоцировали на аэродром Нобитц недалеко от Альтенбурга (иногда Нобитц называют Альтенбург) и включили в состав 126-й истребительной авиадивизии.

Незадолго до передислокации полка из Белоруссии в ГДР 968-й иап перевели в «истребители-бомбардировщики». С июля 1988 г. по февраль 1989  г. полк входил в состав 1-й гвардейской авиадивизии истребителей-бомбардировщиков. Полк в этот период не менял ни своего истребительного предназначения, ни наименования. Задачей полка являлось сопровождение ударных самолетов из двух других полков дивизии, хотя командование полка не упустило шанса «потренировать» истребителей в работе по наземным целям.

По воспоминаниям подполковника Спрядышева, тогда еще лейтенанта, истребители в короткий срок научились поражать наземные цели не хуже настоящих «ИБА-шников». Юрий Ильич в этом месте сделал паузу, после чего добавил — днем в ПМУ. Все-таки делать из истребителей «ИБА-шников» в полном объеме не стали. Объединение Германии в августе 1990  г. и принятое решение о выводе советских войск, поставили полк в сложное положение. Прежде всего, существенно изменились условия выполнения задач боевой подготовки. Главный парадокс состоял в том, что хозяином положения стал бывший «вероятный противник», диктующий свои правила. Были существенно сужены рамки выполнения полетов: по времени (ограничения ночью, в выходные и праздничные дни), по высотам, по скоростям, по маршрутам (только вне населенных пунктов). Не устраивал «экологов» и уровень шума, особенно при взлетах МиГ-23УБ на форсажном режиме. Один характерный пример. Во время плановых полетов на МиГ-29 сорвало фонарь кабины летчика. Полет пришлось прекратить и все обошлось благополучно, но полк получил счет на компенсацию ущерба, нанесенного фонарем кабины кукурузному полю, на которое он упал.

В полку, как и во всех частях ЗГВ, сложилась непростая моральная атмосфера. С одной стороны, «бундесмарки» в несколько раз повысили уровень денежных доходов, с другой стороны, не хлебом единым жив человек. Местное население относилось к советским солдатам и офицерам весьма неоднозначно. Интересно, что немало молодых немцев бредило авиацией, вплоть до побегов с уроков, дабы поснимать советские самолеты, чего ранее делать запрещалось. До сих пор те немцы делят всю авиацию мира на советскую и остальную. Впрочем, не они определяли тогда атмосферу вокруг советских военных городков.

Начались так называемые «забастовки» немцев, судя по всему хорошо управляемые. В общем, на нервах играли... Причём, к офицерам Бундесвера — никаких претензий. Люди как люди. Очень хорошо отзывались о «29-х». Аж глаза горели.

Самой тягостной была неопределенность с будущим. Первоначально новым местом базирования полка определили Запорожье. Туда отправили рекогносцировочную группу, которая по возвращению доложила — аэродром в плачевном состоянии. Грянувший после «Беловежской Пущи» «парад суверенитетов» оптимизма личному составу не прибавил. Некоторую ясность внесли оргуказания по боевой подготовке на новый 1992 учебный год: полку предписывалось готовиться к перебазированию на аэродром Сеща Брянской области, что по опыту ранее убывших из Германии воинских частей, скорее всего, означало расформирование.

В полку нашлись активные и неравнодушные. Подключилась «тяжелая артиллерия» — заслуженные ветераны полка и 3-го истребительного авиакорпуса. В итоге вышла директива, согласно которой местом постоянной дислокации полка определялся Липецк. В «жертву» принесли 91-й исследовательско-инструкторский истребительный полк Липецкого авиацентра, на базе которого в далеком 49-м летчики 968-го иап переучивались на МиГ-15. В соответствии с требованиями директивы ГШ от 19 февраля 1992 г. полк перебазировался в Липецк в составе 54 человек (включая 24 летчика), 46 МиГ-29, 4 МиГ-29УБ, 2 МиГ-23УБ, имуществом и спецавтотранспортом. На новом месте дислокации полк был доукомплектован личным составом расформированного 91-го иап. 22 марта 1992 г. полк прекратил несение боевого дежурства в системе противовоздушной обороны, а ровно через месяц перебазировался в Липецк.