В 1994 г. выпуск штурманов из училища не производился в связи с переходом на пятилетнее обучение курсантов. Курсанты 1, 2, 3 и 4 курсов в этом учебном году занимались только теоретической подготовкой, курсанты 5-го курса наряду с теоретической подготовкой выполняли планы летной подготовки в учебных авиационных полках училища. Такая подготовка осуществлялась вплоть до 1997 г. В 1995 г. в основные подразделения (роту курсантов) были включены курсанты - военнослужащие СНГ (Республики Казахстан).

В 1996 г. во время празднования 60-летия училища в небе над ЧВВАКУШ на бреющем полете впервые пролетели современные боевые машины: Ту-160, Ту-22М3, Ту-95МС.

Работа курсанта с бомбардировочным прицелом	Летая практика в салоне Ту-134Ш

В связи с переформированием с 1 января 1997 года Управления Командующего резерва и подготовки кадров в Управление Военно-Воздушных Сил Приволжского военного округа, Челябинское военное авиационное училище штурманов включено в состав ВВС ПриВО. В 1 997 учебном году в училище проходили летное обучение 321 курсантов-штурманов 4 и 5 курсов, из них 128 курсантов 4 курса, 193 курсанта 5 курса, средний налет за период обучения составил 51 час и 1 20 часов, соответственно. Подготовка осуществлялась в соответствии с Курсом учебно-летной подготовки. 75 курсантов прошли войсковую стажировку и летную практику с 9 января по 24 апреля 1997 г. в частях ВВС РФ. По результатам стажировки средний налет на курсанта составил 100-120 часов (планировалось 80 часов). Однако общий налет училища составил 30% от запланированного. Основная причина - недопоставки авиационного топлива. С 1997 г. было начато обучение курсантов по профилю истребительной авиации ПВО на базе самолёта МиГ-31.

В 1998 г. Челябинское высшее авиационное Краснознаменное училище штурманов имени 50-летия ВЛКСМ переименовано в Краснознаменный филиал Балашовского военного авиационного института. До 1998 г. 604-й уап учебный авиационный полк работал составом 2-х авиационных эскадрилий, в июне была сформирована третья авиационная эскадрилья на самолетах Ту-134Ш.

Из-за сокращения лимита топлива летом 1999 г. была выполнена корректировка плана летной подготовки и пересмотрена программа летного обучения курсантов, но даже ее не удалось выполнить. Общий налет филиала составил 24% от запланированного. Основной причиной невыполнения плана летной подготовки явилось опять-таки сокращение поставки топлива.

В 2000 г. ситуация еще более обострилась: на 3-м курсе общий налет на курсанта планировался 21 ч. Из 15 летных групп полеты выполнили лишь три, да и то со средним налетом 1 час 30 мин. На 4-м курсе общий налет на курсанта планировался 42 часа, средний налет по факту составил 1 час 40 мин. На 5-м курсе общий налет на курсанта планировался 120 часов, средний налет составил 21 час 54 мин. 116 курсантов проходили обучение и аттестацию в филиале, из них 24 курсанта профиля ПВО имели общий налет 202 часа и прошли теоретическое переучивание на самолет МиГ-31 в 148-м ЦБП и ПЛС

В том же году впервые на базе вуза состоялся VIII Всероссийский авиационно-космический конкурс учащихся общеобразовательных школ-интернатов с первоначальной летной подготовкой и школ юных космонавтов.

В период 1999 - 2000 гг. училище посетили Министр обороны Российской Федерации Иванов С.Б., начальник Генерального штаба Вооруженных сил РФ генерал армии Квашнин А.Н. (дважды), главнокомандующий ВВС генерал армии Михайлов В.М. К этому времени вырос научный потенциал преподавательского состава училища, который в настоящий период составляет более 55%, активизировалась работа по проведению научных исследований по вопросам совершенствования учебного процесса и боевой подготовки войск. Подготовлено и выпущено 710 штурманов-инженеров. Из них 6 человек окончили училище с золотой медалью, 31 - получили диплом с отличием.