В 2001 г. лидерная группа курсантов-штурманов 5-го курса выполняла полеты на самолете Ту-134УБЛ, которые используются для обучения курсантов- летчиков Балашовского ВАИ. В качестве эксперимента в этом году проведена подготовка курсантов-штурманов профиля ВТА на самолете Ан-26Ш. На обучение курсантов-штурманов в 2001 учебном году выполнено 1064 полета, с налетом 1021 час 58 мин, при этом средний налет курсанта на 5-м курсе - 77 ч. 05 мин.; на 4-м курсе — 10 часов 10 мин.; на 3-м курсе - 11 часов 15 мин.; на 2-м курсе - 1 час 30 мин. В 2001 г. неоднократно выделялись самолеты для поддержания натренированности штурманского состава строевых частей.

В соответствии с Директивой ГШ ВС РФ от 13 августа 2002 года в учебном полку приступили к формированию 4-й учебной авиационной эскадрильи на самолетах Ан-26. По сравнению с 2001 г. общий налет увеличился на 29% за счет увеличения поставок топлива во второй половине учебного года, тем не менее план летной подготовки по общему налету удалось выполнить только на 42%, хотя средний налет на курсанта возрос: на 5-м курсе - 96 часов 31 мин, на 4-м курсе - 27 часов 17 мин.; на 3-м курсе - 7 часов 51 мин., на 2-м курсе - 9 часов 36 мин.

В 2002 г. Краснознаменный филиал Балашовского военного авиационного института переформирован в Челябинский военный авиационный Краснознаменный институт штурманов, в 2004 г. утвердилось современное наименование училища: «Челябинское высшее военное авиационное Краснознаменное училище штурманов (военный институт)». Статус самостоятельного учебного заведения училищу возвращен во многом благодаря усилиям Главного штурмана ВВС заслуженного военного штурмана генерал-майора Николая Андреевича Борисихина, выпускника ЧВВАУШ.

Основной задачей летной подготовки в 2002-2003 учебном году являлось летное обучение 601 курсанта-штурмана. 9 курсантов-летчиков Краснодарского ВАИ, 50 воспитанников Челябинского ОШИ с ПЛП и 50 граждан, обучающихся в Южно-Российском государственном техническом университете (г.Новочеркасск). Кроме того, решались задачи по плану ГШ ВС РФ и ГК ВВС. Выполнялись отдельные перелеты по указанию вышестоящего командования. Выполнена координация, согласование и реализация программы летных испытаний с ЗАО ЧРЗ «Полет», выполнены летные проверки РСДН. Выполнялись полеты в отрыве от основной базы в интересах воздушных армий, для поддержания натренированности летного состава строевых частей ВВС. Приступила к полетам 5 марта 2003 года вновь сформированная 4-я учебная авиационная эскадрилья. План летной подготовки по общему налету был выполнен уже на 83%; на обучение курсантов план выполнен на 100%. Налет на обучение курсантов составил:
 - на курсанта 5 курса - 122 часа 53 мин.; 4 курса - 15 часов 18 мин; 3 курса - 12 часов 28 мин.; 2 курса - 23 часа 29 мин.

На курсантов-летчиков Краснодарского ВАИ - 191 час, средний налет курсанта составил 21 час.

- 9 курсантов-летчиков проходили подготовку в качестве помощника командира корабля в 604-м уап. Средний налет на самолете Ту-134 составил - 21 час 00 мин.

В июне 2006 г. в соответствии с планом подготовки в училище впервые проводились КШМУ по переводу училища на программы обучения военного времени. Организация подготовки КШМУ была возложена на командование и штаб училища. Учения показали способность руководства училища управлять, а личного состава выполнять поставленную задачу.

Важным событием в жизни училища явились командно-штабные антитеррористические учения «Мирная миссия 2007» членов Шанхайской организации сотрудничества, в которую входят Вооруженные Силы Российской Федерации, Китайской народной республики, республик Казахстана, Узбекистана, Таджикистана и Киргизии, которые проводились в период с 12 по 18 августа 2007 г. В ходе подготовки к учениям был проведен капитальный ремонт учебно-материальной базы: штаба училища, клуба, учебного корпуса, санчасти, казармы, КДП. Был построен спортивный комплекс, заасфальтированы автомобильная и пешеходные дороги, существенно усовершенствована стационарная база воспитательной работы. Отремонтирован музей, переоборудованы комнаты досуга, разработаны, изготовлены и установлены стенды наружной наглядной агитации на территории училища, в клубе развернут пресс-центр, выполнена поставка и установка новых технических средств воспитания. В учебном отделе оборудованы специализированные аудитории для подготовки летного состава ВВС НОАК к полётам. Лётный состав участников «Мирная миссия 2007 г.» совместно с личным составом 604-го уап проводили предварительную и предполетную подготовку к полетам, были отработаны различные варианты боевых действий, используя метод «пеший по лётному». Личный состав училища принял участие в организации работы видеоотображения действий войск на Чебаркульском полигоне. Было поставлено 105 тонн телевизионного оборудования и аппаратуры, что позволило показать практические действия всех участников учений на десяти мониторах и двух огромных светодиодных экранах. В ходе учений в торжественной обстановке были отмечены три даты: 95-летие образование ВВС РФ, 80-летие образования Народно-освободительной армии Китая, 77-летие ВДВ РФ. В связи с подготовкой и проведением учений «Мирная миссия 2007» полеты на аэродроме Шагол не выполнялись. В этот период летная подготовка проводилась на аэродромах Каменск-Уральский (выполнено 10 летных смен с общим налетом 166 часов 22 минуты), Балашов (общий налет 85 часов), а также в ходе перевозки войск (пассажиров) и в процессе выполнения задач по обеспечению налета летного состава объединений ВВС (общий налет 499 часов). В период подготовки и проведения учений «Мирная Миссия 2007» училище посетили: Министр Обороны РФ А. Сердюков, заместители руководителя учений от республики Узбекистан - генерал-майор Н. Усманбеков; от республики Казахстан - генерал-майор А. Абдульманов; от республики Таджикистан - генерал-майор 3. Боболонов; от республики Киргизстан - полковник Т. Омуралиев, а также командующий авиационной группы НОАК генерал-майор Сюй-Ань-Сян и заместитель начальника Генерального штаба НОАК генерал-полковник Сюй-Целян.

Подвеска практической бомбы на самолет Ту-134Ш	Китайские десантники на учениях «Мирная миссия - 2007», аэродром Шагол