Используемый на истребителе «Рафаль» интерфейс «человек — машина» позволяет существенно облегчить работу летчика. Он постоянно совершенствуется. На истребителях стандарта F3 для более эффективного обеспечения летчика информацией о воздушной обстановке совместно с нашлемным прицелом-индикатором станет использоваться речевая система управления VTAS. К ее разработке приступили в начале 1990-х годов. Летные испытания системы VTAS сначала проводились на учебно-тренировочных самолетах Дассо-Бреге - Дорнье «Альфа Джет» и истребителях «Мираж» III, в дальнейшем она прошла отработку на самолетах «Рафаль». При создании системы особое внимание уделялось распознаваемости речи, так как в зависимости от режима полета (скорости, высоты, перегрузки) шумовой фон в кабине меняется. Перегрузки и стрессовые ситуации влияют на голос летчика. Специалистам фирм «Дассо Авиасьон» и «Талес» пришлось приложить немало усилий, чтобы решить многие проблемы. В настоящее время по желанию заказчика система VTAS может поставляться со словарным запасом от 90 до 300 слов. Коэффициент распознавания речи доведен до 95%, а время реакции системы управления - до 200 мс. Система VTAS также служит помощником летчика при аварийных ситуациях.
Важным элементом комплекса авионики является нашлемный прицел-индикатор. Сначала для истребителя «Рафаль» фирма «Секстант» разработала систему «Топсайт», интегрированную с кислородной маской. Это была достаточно сложная конструкция, которую из-за технических проблем и неполного финансирования довести до требуемых параметров не удалось. Поэтому руководство ВВС Франции серьезно стало заниматься поисками альтернативных вариантов. В конце концов, борьба развернулась между израильской фирмой «Элбит Системз», предложившей нашлемную систему JHMCS, и фирмой «Талес» (в состав которой вошла фирма «Секстант»), разработавшей систему «Топсайт-Е». Перед разработчиками была поставлена задача по обеспечению вывода пилотажно-навигационной информации на нашлемный дисплей и прицеливания в широком диапазоне курсовых углов. С помощью нашлемного прицела-индикатора становится реальностью так называемая «стрельба через плечо». В конкурсе победила французская фирма. Ее систему «Топсайт-Е» сначала внедрили на истребителях «Мираж» 2000-5F, а с 2008 г. она стала появляться на самолетах «Рафаль», соответствующих стандарту F3. Система «Топсайт-Е» может интегрироваться с различными моделями летных шлемов, включая легкий шлем, разработанный фирмой «CGF-Галле» и недавно заказанный для летчиков истребителей «Рафаль».
Еще в 2005 г. некоторые специалисты считали нецелесообразной закупку большого количества двухместных самолетов «Рафаль» В и полагали, что интерфейс «человек -машина» у истребителя недоработан. Однако большинство заявляло, что применяемые на самолете широкоугольный ИЛС, многофункциональные цветные дисплеи с тактильным управлением и другие системы позволили сделать на самолете кабину экипажа, аналогов которой нет. Двухместные истребители «Рафаль» В позволят выполнять новые задания, о которых ранее не могло быть и речи. Например, они могут использоваться в качестве летающих командных пунктов при выполнении сложных ударных операций или пунктов управления боевыми беспилотными самолетами (ББС) типа UCAV. Совместное использование пилотируемых и беспилотных самолетов в будущем станет очевидным, особенно в условиях, когда для завоевания господства в воздухе необходимо уничтожить вражескую систему ПВО.
Истребитель «Рафаль» оснащен двумя инерциальными навигационными системами Сажем «Спарк» с кольцевыми лазерными гироскопами и спутниковой системой GPS, которые обеспечивают полностью автономную навигацию. Поэтому для полета не требуются подсказки со стороны наземных средств навигации, которые могут быть легко выведены из строя. Построенный по принципу открытой архитектуры навигационный комплекс получает информацию от различных источников: через систему GPS, систему измерения воздушных данных и радиолокационного высотомера Талес AHV-17, отслеживающего рельеф местности.
На самолете применяется высокоэффективный комплекс РЭП «Спектра» При его разработке принимались во внимание все достижения в области создания средств ПВО и РЭБ, а также учитывалась возможность установки на истребителях более эффективных систем управления стрельбой. Разработку комплекса осуществляли совместно фирма «Талес» и концерн MBDA. Все его электронные системы размещены только внутри самолета. Комплекс «Спектра» обеспечивает обнаружение электромагнитного излучения; предупреждает о лазерном облучении и приближении управляемых ракет, используя пассивные инфракрасные средства обнаружения; осуществляет радиопротиводействие и постановку пассивных помех в виде дипольных отражателей и тепловых ловушек. В состав комплекса входят четыре модуля, а также датчики, с помощью которых обеспечивается контроль за окружающим воздушным пространством в азимуте 360°.
Последние достижения в области микроэлектроники позволили создать очень легкую и компактную систему, существенно менее энергоемкую и не требующую больших затрат мощности на охлаждение. Благодаря современным цифровым технологиям система «Спектра» может в пассивном режиме вести обнаружение целей на большом расстоянии, осуществлять их идентификацию и оценивать степень угрозы. Летчик на основе полученной информации может моментально принять защитные действия: включить систему РЭП, выполнить отстрел дипольных отражателей или тепловых ловушек или энергичным маневрированием уйти от угрозы. Технические данные системы «Спектра» засекречены, тем не менее известно, что она с высокой точностью в условиях мощных электромагнитных полей указывает направление на потенциальную угрозу и за очень быстро ее идентифицирует.
В состав комплекса «Спектра» входит высокопроизводительный процессор, в памяти которого накапливаются данные о различных целях. Таким образом на борту истребителя «Рафаль» формируется большая база данных, пользуясь которой летчик не имеет постоянный контакт с внешними средствами радиотехнической и электронной разведки. В ходе дальнейшею совершенствования системы «Спектра» возможно появление каналов обмена данными, в результате чего два истребителя «Рафаль» могут методом триангуляции с точностью до метра определить координаты потенциальной угрозы. Необходимо также отметить, что система «Спектра» может быть перепрограммирована во время полета.
В последние годы резко возросла угроза со стороны переносных зенитных ракетных комплексов (ПЗРК), таких как российские комплексы «Стрела» и «Игла-М» и американский комплекс «Стингер». Поэтому на истребителе имеется система датчиков, предупреждающих о лазерном облучении со стороны стрелков-операторов этих комплексов. Датчики расположены с обеих сторон носового обтекателя и хвостовой части фюзеляжа, обеспечивая круговой обзор. Обязательным является также наличие на самолете датчиков, предупреждающих о приближении УР, имеющих тепловую ГСН. В целях самообороны могут использоваться тепловые ловушки или оптоэлектронные ложные цели. Для их отстрела на самолете есть четыре встроенных устройства.