На данном этапе существенных сокращений и изменений (кроме переименования названий) не произошло. Сокращения численности, которой некоторые так опасались, пока не состоялось. В этот же период произошло незамеченное, но эпохальное событие. Если верить адмиралам и офицерам исторической группы ВМФ, то имело место следующее. К адмиралу флота Н.Г. Кузнецову обратился с просьбой принять его один из генералов. В кабинет к Кузнецову вошёл генерал в армейской форме с густыми чёрными бровями и представился: «генерал-майор Брежнев». Оказалось, что он хотел представиться главкому перед назначением его на должность начальника главного политуправления ВМС.

Неизвестно, о чём они беседовали, но, как утверждают, главком позвонил Сталину и сказал, что они найдут на это место своего адмирала. На том и порешили. Трудно представить по какому пути пошла бы страна если бы Брежнева в своё время надолго забрали в политуправление ВМФ.

Прошло ещё два года. Масштабы сокращений вооруженных сил и центрального аппарата Министерства Вооруженных сил СССР наращивались. На этот раз в соответствии с циркуляром Главного организационного управления Генерального штаба Вооруженных сил СССР от 28 августа 1948 г. численность Органов управления командующего ВВС ВМС сократили практически в два раза. Во многих случаях офицерам органов управления, которые попадали под сокращение, но не имели выслуги лет, необходимой для начисления пенсии, по возможности предлагали равноценные должности или с понижением в других управлениях. Если же свободных вакансий не находилось, то их направляли в ВВС флотов для дослуживания и ожидания очередного расширения. При достаточной выслуге лет увольняемым назначалась пенсия не свыше 3000 руб. (в этот период это соответствовало должностному окладу командира авиационной эскадрильи). По прошествии двух лет максимальный размер пенсии снизят до 2500 руб.

За сокращением штатов, под различными предлогами, неминуемо наступал период, когда снова происходило их расширение. Некоторые иллюстрировали это так. Забор вокруг дома плотно заняла стая ворон. Из дома выходит человек и взмахивает палкой. Стая взмывает, некоторое время с возмущёнными криками носится в воздухе. Дождавшись закрытия дверей, вороны вновь рассаживаются по своим местам. Сокращения и расширения проходили примерно по такой схеме, только старые заслуженные вороны, боявшиеся, разучившиеся или не умевшие каркать по-современному, иногда заменялись более молодыми. Однако процесс этот особой логикой не отличался, и всё отдавалось на откуп руководства. Следует отметить, что служба в крупных штабах не была столь радостным событием, как многим кажется, несмотря на некоторые привилегии. Это видно из следующего: в штабе ВВС и отделах рабочий день начинался в 10-11 ч и координировался в соответствии с прибытием в Кремль И.В. Сталина. Его окончание также зависело от этого всесильного и короткого на расправу руководителя. По каналам связи передавалось сообщение о его убытии на отдых, и все вздыхали с облегчением. Рабочий день ограничений по времени не имел, выходные и праздничные дни не всегда соблюдались, даже День Победы стал считаться нерабочим днём только в 1964 г.

Если в штабах и управлениях иногда удавалось ограничиваться перестановками и передвижками, то аморфную систему ВВС флотов следовало привести в соответствие с послевоенными задачами. Во время войны, под предлогом лучшей организации взаимодействия с силами флота, изменялись имеющиеся формирования, создавались новые и т.п. В итоге сложилась довольно сложная, запутанная и, как уже отмечалось, плохо управляемая организация. Задача руководства состояла в том, чтобы её упростить, сделать более управляемой. Начались сокращения, впрочем, руководство морской авиации не всегда выступало их инициатором, отдавая отчёт; чем внушительнее организация, тем выше статус и штатно-должностные оклады и категории.

К середине 1946 г. морская авиация состояла из ВВС пяти Военно-морских флотов: Северного, Северо-Балтийского, Юго-Балтийского (решением Советского правительства от 25 февраля 1946 г. из состава БФ сформированы Юго-Балтийский и Северо-Балтийский флоты, которые с января 1947 г. переименованы в 8 и 4 ВМФ), Черноморского и Тихоокеанского; шести флотилий: Днепровской, Дунайской, Каспийской, Камчатской, Сахалинской, Амурской; авиации морских районов: Кольского, Беломорского, Владивостокского, Южного (Гензан, Северная Корея), кроме того, существовала авиация Порт-Артурской ВМБ и 389-я смешанная авиационная дивизия.

Непосредственно в распоряжении Главного штаба ВМС находилась 19 мтад, командования ВВС ВМС — 65-й тап на аэродроме Измайлово в Москве (впоследствии на месте ликвидированного аэродрома построили Щелковский универмаг); 39-я авиационная эскадрилья ночных бомбардировщиков на самолётах «Бостон» в Сарабузе (Крым), 11-е авиационное звено при училище ПВО в Таганроге, 20-е учебно-артиллерийское авиационное звено при училище береговой обороны ВМС в Риге.

Управлению инженерно-авиационной службы ВВС ВМС подчинялся находившийся в Риге Лётно-испытательный институт ВВС ВМФ, преобразованный в 1947 г. в Научно-испытательный институт №15 ВМФ ( НИИ № 15 ВМФ), и 33-й отдельный авиатехнический батальон.

В боевом составе ВВС флотов и Сахалинской флотилии числилось 10 полков штурмовой авиации. Почти сразу после войны началось их сокращение. Они родились в огне войны и после её окончания оказались ненужными. Не миновала такой же участи и разведывательная авиация, нельзя же было всерьёз считать МБР-2 самолётом-разведчиком.

Тихоокеанский флот в январе 1947 г. разделили на две неравные части и назвали их 5-м и 7-м Военно-морскими флотами. Командующим ВВС 5-го ВМФ остался генерал-лейтенант авиации Е.Н. Преображенский, командующим ВВС 7-го ВМФ назначили генерал-майора авиации И.Т. Шарапова, до этого исполнявшего должность начальника Военно-морского авиационного училища в Николаеве. Таким образом, количество флотов, а следовательно и ВВС флотов, увеличилось до шести.

Военно-воздушные силы Днепровской военной флотилии (эскадрилья связи, место базирования Фюрстенберг); ВВС Дунайской флотилии (отдельный авиационный отряд, Будапешт) расформировали в 1947 г. На ВВС эти мелкие подразделения явно не тянули, так как состояли из самолётов По-2 и УТ-2, использовались для связи, и с их сокращением боевые возможности морской авиации не пострадали.

В 1948 г. прекратили существование ВВС Каспийской военной флотилии (79-я отдельная ближнеразведывательная эскадрилья на МБР-2 в Баку и 19-й авиаотряд); авиация Кольского, Беломорского, Владивостокского, Южного морских районов. Авиация Порт-Артурской ВМБ продержалась до 1954 г., а затем её части пополнили ВВС 5-го флота и СФ

После войны приступили к строительству и восстановлению служебного и жилого фонда, обживались новые места базирования. Подобная участь миновала ВВС 5-го ВМФ, который мест базирования не менял, сложнее было с ВВС 7-го флота и авиацией Западных флотов, которые осваивали новые места базирования.