Главный недостаток экраноплана проекта 903 состоял в его неспособности самостоятельно выходить на берег, а потому для его базирования требовался плавучий док. В 1990-1991 гг. экраноплан проекта 903 прошёл опытную эксплуатацию, но на вооружение его не приняли.

Время шло, полёты на экранопланах проводились редко, что деморализовывало личный состав. В различные организации начали поступать коллективные письма о неблагополучном положении авиагруппы, на которые, как это уже вошло в обыкновение и стало традицией, никто не обращал внимания.

28 августа 1992 г. экраноплан МДЭ-150, управляемый военным лётчиком 2-го класса майором А.В. Коробковым, выполняя контрольный подъём, потерпел катастрофу. Через 6 мин после взлёта при выполнении разворота на высоте 4 м и скорости 370 км/ч произошёл клевок. Экипаж вывел машину из разворота, но экраноплан перешёл в набор высоты, затем снизился, приводнившись со значительной перегрузкой. После нескольких повторных отделений от воды и прыжков на высоту до 20-45 метров экраноплан развернулся на 180 градусов и частично разрушился. Он оставался на плаву ещё 4 ч на удалении 23 км от места взлёта. Находившийся на борту конструктор В.В. Соколов и ещё один представитель промышленности С.П. Волков получили травмы средней тяжести и были госпитализированы, борттехник старший прапорщик Баматов погиб. Причины катастрофы остались невыясненными, однако имеются некоторые предположения. В кормовой части экраноплана появились трещины, и чтобы усилить конструкцию, её «подкрепили» стальной балкой (некоторые утверждали, что рельсом). Естественно, после такого смелого «ноу хау» центровку никто проверить не удосужился, и можно предположить, что она оказалась запредельно задней со всеми вытекающими последствиями.

Чтобы как-то сохранить экранопланы, в 1992 г. генеральный директор НПО ЦКБ по СПК им. Р.Е. Алексеева обратился к руководству ВМФ с просьбой оставить в составе ВМФ специальную авиагруппу, придав ей статус опытно-испытательной. Но, по-видимому, командованию ВМФ экранопланы тогда уже встали поперёк горла, и их разработку перестали финансировать.

Экранопланы к середине девяностых уже не эксплуатировались, руководству только представлялись доклады об их состоянии, которое с каждым годом всё больше ухудшалось, а стоимость ремонта возрастала.

Появились и несколько неожиданные сложности. В 1996 году численность авиагруппы резко сократили. В следующем последовало дополнительное сокращение.

27 марта 1998 г. Главный штаб ВМФ обратился в Главное оперативное управление с предложением списать экранопланы проекта 904 и произвести консервацию экраноплана проекта 903 на территории авиагруппы, переформировать её в авиационную базу хранения экраноплана, в составе которой оставить один летный экипаж.

К началу 2000 г. в ВМФ остались экранопланы «Орлёнок» и «Лунь». В постройке с 1986 г. на ОАО «Судостроительный завод «Волга», находился экраноплан «Спасатель». Объём ассигнований, необходимых для его достройки, был сопоставим со всеми средствами, выделяемыми на поддержание исправности авиационной техники морской авиации. Естественно на строительство экраноплана средств попросту не оставалось. А приказом главкома ВМФ заказывающим управлением по «Спасателю» опять определили авиацию ВМФ. Судьба экранопланов, судя по всему, завершалась не лучшим образом.

В феврале 2001 г. зам. главкома ВМФ по вооружению доложил главкому сколько потребуется денег для восстановления технической готовности и ремонта экранопланов. Суммы были немалыми. А так как оборонным заказом 2001 г. денежных средств на восстановление технической готовности экранопланов не предусматривалось, стало ясно, что целесообразно экранопланы из состава ВМФ исключить.

Экранопланы оказались не только на стыке судо- и авиастроения, но и на стыке интересов различных ведомств. В итоге военные экранопланы оказались никому не нужны.

Невнимание к развитию экранопланов - это еще и безразличное отношение к людям, которые никогда не предполагали, что окажутся личным составом авиационной базы хранения экранопланов, расположенной в нестабильном районе. Их судьбе не позавидуешь, но это тогда мало кого волновало.