Посадка на ТАВКР "Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов", октябрь 1999 г.
Первый полет на Су-27КУБ выполнил 29 апреля 1999 г. на аэродроме ЛИИ в Жуковском экипаж в составе летчиков-испытателей «ОКБ Сухого»: Героя Советского Союза, Заслуженного летчика-испытателя СССР В.Г. Пугачева и Героя Российской Федерации, Заслуженного летчика-испытателя России С.Н. Мельникова. Этим полетом начался этап летно-конструкторских испытаний Су-27КУБ. А на Комсомольском-на-Амуре авиационном производственном объединении им. Ю.А. Гагарина были заложены в постройку второй опытный, а затем и два предсерийных образца машины, которые должны были воплотить ряд дальнейших конструктивных усовершенствований.
В конце августа 1999 г. Су-27КУБ был перебазирован на аэродром г. Саки в Крыму для проведения испытаний на комплексе «Нитка». Утром 3 сентября новый самолет под управлением летчиков-испытателей «ОКБ Сухого» Виктора Пугачева и Романа Кондратьева впервые произвел посадку на аэрофинишер «Нитки». Утром 6 сентября состоялся и первый взлет Су-27КУБ с трамплина комплекса «Нитка».
Виктор Пугачев и Роман Кондратьев после первой посадки Су-27КУБ на палубу, 6 октября 1999 г.
В это время на Севере готовился к выходу в море тяжелый авианесущий крейсер «Адмирал Кузнецов», и, по возвращении корабельного истребительного полка к месту постоянной дислокации из командировки в Крым, где проводились тренировки летчиков на комплексе «Нитка», после короткого перерыва в полетах, началась интенсивная работа с палубы корабля.
6 октября 1999 г. Виктор Пугачев и Роман Кондратьев совершили первую посадку на ТАВКР и взлетели с трамплина корабля на новом Су-27КУБ. Так состоялось второе «рождение» Су-27КУБ, которым в палубной авиации принято считать первые посадку и взлет с корабля. Стоит заметить, что произошло это в канун 10-летия исторической первой посадки на ТАКР «Тбилиси» самолета Су-27К, пилотируемого летчиком-испытателем Виктора Пугачевым. В то время у корабельной модификации Су-27 еще не было двухместного учебно-тренировочного варианта. Теперь же, с появлением Су-27КУБ, процесс подготовки и тренировки морских летчиков должен был стать значительно проще и безопаснее.
После проведения первых полетов на «Нитке» в Крыму и на корабле на Севере Су-27КУБ вернули для проведения доработок и дальнейших испытаний в подмосковный Жуковский. И здесь его ждало тяжелое испытание. 16 июня 2000 г. при полете на максимальной приборной скорости на малой высоте самолет попал в неисследованную до этого область эксплуатационных режимов, в результате чего произошло разрушение правой консоли переднего горизонтального оперения, повреждение головной части фюзеляжа и остекления кабины. Это вызвало частичные повреждения некоторых других элементов конструкции и отказ правого двигателя. К счастью, мастерство Заслуженного летчика-испытателя СССР Героя Советского Союза Виктора Пугачева и летчика-испытателя Романа Кондратьева, несмотря на полученные ими ранения, позволили благополучно завершить этот полет и приземлить на аэродром ЛИИ попавшую в чрезвычайную ситуацию машину.