Во время летных испытаний и доводок НМ-1 работники ОКБ-256 полным ходом выпускали рабочие чертежи «РСР», все еще надеясь на получение двухконтурных двигателей Д-21 от пермского завода № 19. Однако ни в 1958 г., ни в 1959 г. этого не случилось. Главной причиной непоставки двигателей для «РСР» было мощное противодействие Андрея Николаевича Туполева. Согласно плану работ по ОКБ-156, двигатели Д-20 (бесфорсажный вариант Д-21, или Д-20Ф) предназначались для пассажирского самолета Ту-124, серийное производство которого в 1959 г. было налажено на авиазаводе № 135 в Харькове. Параллельный выпуск Д-20 и Д-21 приводил бы, по утверждению Туполева, к перебоям в поставках ТРД для его самолета. Авторитет Туполева в Кремле был очень высок, особенно после создания самолета Ту-104 (о котором пели песни) и нашумевших беспосадочных перелетов Н. С. Хрущева и Ф. Р. Козлова (первого заместителя председателя Совета Министров) в США на самолете Ту-114 (пассажирский вариант упомянутого ранее Ту-95). А. Н. Туполев требовал увеличения выпуска Д-20 в ущерб Д-21 (и, стало быть, «РСР»), и эти требования были удовлетворены. Ту-124 вышел на местные и средние линии Аэрофлота, а «РСР» опять остался безмоторным, только теперь уже и без носителя, и без силовой установки для самостоятельного взлета...

Вопрос о получении дальности полета в 12— 13 тыс. км, расчетной для «2РС» и «3РС» (с применением носителя), не давал покоя вождям, и 20 марта 1958 г. задание на постройку Ту-95Н было еще раз подтверждено постановлением правительства. Однако и на сей раз последовал обоснованный отказ Туполева. Принятие окончательного решения было перенесено на время проведения совещания по опытному самолетостроению, которое состоялось в Кремле 15 мая 1958 г. По рекомендации А. Н. Туполева В. М. Мясищеву было поручено связаться с П. В. Цыбиным и обеспечить носитель для «РСР» и других изделий ОКБ-256. Это был первый шаг по объединению двух субъектов, неудобных и неугодных Туполеву для последующей расправы с ними одним махом, чтобы, как говорят восточные джигиты, дважды не вытирать саблю...

Намерение для многих было очевидным. Начало совместных работ Мясищева и Цыбина означало бы, как минимум, торможение текущих дел ОКБ-23 и отвлечение ОКБ-256 от завершения прежде принятого варианта «РСР» с самостоятельным стартом.

В отчаянной попытке спасти дело П. В. Цыбин апеллировал к ЦАГИ, командованию ВВС и Политбюро ЦК. Ему пошли навстречу и сдвинули сроки готовности «РСР» до конца 1960 г., увеличив, соответственно, и смету. Для ускорения работ главному конструктору ОКБ-155 А. И. Микояну дали указание помочь с отработкой силовой установки, а главному конструктору С. К. Туманскому — поставить двигатели Р-11Ф.

Основная и последняя разновидность «РСР» получила два двигателя Р-11Ф, снабженные входными устройствами (с центральным конусом), как у истребителя МиГ-21Ф. За время работы над этой моделью конструкция и частично формы разведчика изменились вновь (не считая обновленных гондол ТРД). Были установлены более новые и более совершенные системы и блоки аэронавигационного оборудования, была улучшена компоновка фотооборудования. Взамен раздельной установки фотокамер (каждая над своим окошком) их смонтировали на общей единой платформе, которая перед полетом устанавливалась в гермоотсек. После выполнения задания платформа с фотоаппаратами поступала на обработку в лабораторию. Для обеспечения нормальной работы фотооборудования средняя часть фюзеляжа (длиной 5,3 м) была преобразована в полушестигранник с нижней горизонтальной площадкой, частично остекленной в зоне герметизации. Внутри этого герметичного отсека (длиной 3,5 м) были установлены аэрофотоаппараты АФА-33, АФА-34 и АФА-40. Две камеры с фокусным расстоянием 1000 мм и две с фокусным расстоянием 200 мм могли быть заменены на комбинацию, состоящую из одного аппарата с фокусным расстоянием 1800 мм и пары камер с главной характеристикой 200 мм. Оба варианта комплектации фотооборудования «РСР» представляли собой взаимозаменяемые блоки, установленные в гермоотсек на универсальных платформах с остеклением. Кроме того, в специальное разведывательное оборудование входили радиолокационный прицел с фотоприставкой и станция радиоразведки, установленные в носовом коке (они предназначались для ведения разведки промышленных центров с расстояния 250 км и обнаружения радиолокационных станций на расстояниях, составляющих 125—130% от дальности их действия), а также оптический прицел для контроля работы фотооборудования, станция предупреждения о радиолокационном облучении самолета, оборудование для постановки активных и пассивных помех радиолокационным станциям противника.

Главное оборудование самолета (фотографическое) предназначалось для перспективной, перспективно-плановой и плановой аэрофотосъемки. Камеры были установлены последовательно, и перед включением их в работу над целью их остекление открывалось управляемой шторкой. Отсек был загерметизирован вокруг заделки остекления на периметре 7,5 м посредством надувного шланга в проеме фюзеляжа. Это мероприятие было введено на последней модификации «РСР» во избежание ухудшения прозрачности объективов от конденсации влаги и обледенения общего остекления. Наличие этого, одного из самых сложных элементов начинки фюзеляжа удлинило его до 28 м, правда, не без учета хвостовой конической части для увеличения плеч агрегатов хвостового оперения с целью сохранения устойчивости и управляемости самолета в продольном и путевом каналах.