Работая парой, штурмовики стали распределять обязанности следующим образом: ведущий атаковал цель, а ведомый следил за местностью, с ходу нанося удар по обнаруженным вспышкам «сварки». Для защиты от огня сверху, под которой самолеты попадали в ущельях и на виражах, летчики стали получать титановые бронешлемы, однако тяжелые «котелки» не прижились у пилотов, предпочитавших хороший обзор и свободу действий. На помощь штурмовикам пришли новые типы боеприпасов, сочетавшие высокую поражающую способность с большой прицельной дальностью, позволяющей работать по цели, не входя в зону ПВО. На Су-25 начали применять крупнокалиберные 122-мм ракетные блоки Б-13Л с дальностью пуска до 4000 м. Они снаряжались осколочно-фугасными НАР С-13-ОФ, по мощности и убойной силе на порядок превосходившими С-8, и С-13 с проникающей БЧ, прошибавшей трехметровый слой земли и камней над укрытиями. Тяжелым НАР С-25-0Ф и ОФМ с двухсоткилограммовой БЧ «по зубам» были и прочные хорошо защищенные сооружения - крепости, огневые точки в скалах и укрепления. Надежные и неприхотливые С-25 при снаряжении самолета - не сложнее обычных авиабомб. Пусковые трубы с ракетами штабелями лежали на аэродромах, и для их подготовки достаточно было сорвать оберточную бумагу и ввернуть взрыватель. Применялись и подвесные установки СППУ-22-01 с подвижными пушками ГШ-23. Они могли вести огонь назад по полету, прикрывая штурмовик при выходе из атаки. Во время высадки десанта на базе Джавара в апреле 1986-го четверка Су-25 проливным огнем по склонам ущелья расчищала дорогу подходившим вертолетом. «Гребешок» был плотным, и ни один Ми-8 с десантниками не потеряли. В апреле 1986 г. боевое крещение прошло самое совершенное оружие - управляемые ракеты. Они могли запускаться с безопасных удалений и высот, недостижимых для зенитчиков. Наиболее практичными оказались Х-25 и Х-29Л с лазерным самонаведением, при использовании радиокомандных Х-23 летчику было сложно самому отыскивать цель и управлять ракетой, следя за ее полетом. Подсветку цели «лазеркам» бортовым дальномером-целеуказателем «Клен-ПС» мог вести другой самолет-наводчик, но такая методика использовалась нечасто по той же причине - пилотам не всегда удавалось с высоты различать и фиксировать лучом малозаметные и замаскированные объекты. Из первых четырех в цель попали только две. Наилучшие результаты давала помощь наземного наводчика, хорошо знающего местность. Для него это было небезопасным делом: надо заранее подобраться к противнику и в согласованный с авиацией момент подсветить цель. Первое время лазерные целеуказатели монтировались на БТР и БМП импровизированно, затем их сменили штатные боевые машины авиационного наведения (БОМАН) на базе БТР-80, на которых система укрыта под броней и выдвигается наружу при работе. Противник быстро оценил значение необычно выглядевших машин и старался расстрелять БОМАН в первую очередь.

После нескольких особенно удачных пусков, когда ракеты накрывали штабы и исламские комитеты, охота на БОМАН началась, на дорогах и стоянках, заставляя прятать машины за колючей проволокой и минными заграждениями хорошо охраняемых аэродромов.

Ракеты стали надежным оружием в борьбе с пещерами, зачастую практически неуязвимыми для других видов оружия. Моджахеды использовали их под склады и тайники, оборудовали мастерские по ремонту оружия (в пещерном городе на базе Джавара находился целый патронный завод). Изрытые норами горы превращались в естественные крепости - безоткатные орудия, ДШК и минометы. Устраивались огневые позиции, закрытые от обстрела снизу, и выбить оттуда противника не могли артиллерия и танки. Огонь с высившихся скал был губительно точен, а подобраться к ним не давали крутые откосы и завалы. При использовании авиации противник прятался в глубине под толстыми сводами, и бомбы и НАР впустую крошили камни вокруг. Переждав налет, стрелки выбирались наружу и продолжали вести огонь.

Точность попадания «лазерок» была поразительной - ракеты удавалось укладывать точно во входы пещер и амбразуры, а их солидной БЧ с избытком хватало для уничтожения цели. Особой эффективностью отличалась тяжелая X-29Л с БЧ весом 317 кг, заключенной в прочной корпус. Пробивая камень, она уходила в глубь и взламывала изнутри самые неприступные объекты. Если же в пещере скрывался склад боеприпасов, успех был поистине оглушительным. Использовались и более простые управляемые снаряды С-25Л - вариант обычных НАР, на которые устанавливали головной блок с системой управления и лазерной ГСН того же типа, что на Х-25 и X-29Л.

Ракетную атаку Су-25 ярко описал командир десантной роты, прижатой к земле огнем из нависшего над Багланским ущельем дота: «Головы было не поднять, как вдруг над нами проскочила пара самолетов, и тут же что-то светлое влетело в амбразуру между камней и разнесло дот в щебенку».

Чаще достаточно дорогие ракеты применяли по «штучным» целям, используя данные разведки, планируя и тщательно готовя каждый удар. Пуски выполняли с дальности 4-5 км с пологого пикирования под углом 25-30°, отклонение ракет от точки прицеливания при этом не превышало 1,5 - 2 м. По данным ОКБ Сухого, всего в ДРА произвели с Су-25 139 пусков управляемых ракет.

Статистика потерь стала меняться к худшему с появлением ПЗРК. Ракеты, наводившиеся на тепло двигателей, били самолеты в самые уязвимые места, поражая двигатели и топливную систему. Однажды Су-25 даже привез из полета неразорвавшуюся ракету, угодившую точно в двигатель и торчавшую наружу. Первой жертвой ПЗРК стал, видимо, Су-25 комэска подполковника П. В. Рубана, сбитый 16 января 1984 г. над местечком Ургун. На его самолете осколками были повреждены двигатели и управление, штурмовик стал падать и, когда летчик попытался покинуть машину, высоты ему уже не хватило.

До конца года ПЗРК сбили еще пять штурмовиков. В это время использовались поступавшие от арабских союзников ракетные комплексы «Стрела-2М» и шедшие через Пакистан «Ред Ай» американского производства, появлялись и английские «Блоупайп» с радиокомандным наведением и большой высотностью (до 3000 м), не нашедшие, однако, широкого применения из-за сложности управления и большого веса (21 кг в снаряженном состоянии против 15 у «Стрелы» и 13 кг у «Ред Ай»).

Для защиты от тепловых ГСН Су-25 был оборудован четырьмя кассетами АСО-2В с инфракрасными пиропатронами ППИ-26 (ЛО-56), но летчики пользовались ими редко. Щиток управления АСО находился на борту кабины, и для его включения летчику нужно было отвлечься в самый горячий момент атаки. К тому же запаса ловушек хватало едва на одну минуту работы АСО, и штурмовики берегли их на крайний случай. Когда они замечали пуск, сыпать пиропатроны становилось уже поздно - ГСН захватывала цель, и ракета шла к самолету.

Проблему решили просто, установив на мотогондолах дополнительные балки АСО-2В, вдвое увеличив число ловушек. Самолеты доработали, и отстрел начинался автоматически с нажатием на боевую кнопку в начале атаки и продолжался в течение 30 секунд, до окончания боевого захода. Су-25 стал нести 256 пиропатронов, каждый из которых стоил около 7 рублей, и устроивший хороший «фейерверк» летчик выпускал в воздух 5- 6 своих зарплат. Расходы стоили того - в действенности ловушек пилоты убеждались, слыша позади разрывы уходивших в стороны обманутых ракет.

Ситуацию изменило появление в конце 1986 г. «Стингеров» с высокочувствительной селективной ГСН, отличавшей двигатель самолета с характерным диапазоном температур от горящей ловушки. «Стингер» имел большую досягаемость по высоте, мог применяться на встречных курсах, а его БЧ была втрое мощнее, чем у «Ред Ай». В сочетании с неконтактным взрывателем, срабатывавшем даже при пролете рядом с самолетом, это давало возможность причинять тяжелые повреждения и без прямого попадания. Надежность защиты с помощью ЛО снизилась, и отчеты стали отмечать «тенденцию к серьезному росту потерь от ПЗРК». За первую же неделю применения «Стингеров» в ноябре 1986 г. ими были сбиты четыре Су-25, погибли два летчика. К сентябрю 1987 г. потери составили целую эскадрилью.