Намерение установить на Су-25 станцию активных помех «Сухогруз», глушившую ГСН ракет и неплохо показавшую себя на вертолетах, реализовать не удалось из-за ее слишком большой энергоемкости, и живучесть штурмовика стали повышать более традиционными способами - дополнительной защитой наиболее уязвимых агрегатов и систем. Ракурсы подхода ракет и разлета их осколков, наиболее страдающие узлы, характер разрушений и их «фатальность» определили, изучая статистику повреждений, недостатка в которой не было - «Грачи» нередко возвращались домой «на честном слове». Майор А. Рыбаков дотянул до аэродрома (накануне он уже получил снаряд зенитки в закрылок) на самолете с захлебнувшимся двигателем, залитым керосином из пробитых баков, иссеченным осколками фонарем, полностью отказавшей гидросистемой и невыпускающимся шасси. В кабине не работал ни один прибор, и летчик с залитым кровью лицом вел самолет вслепую, по командам напарника. Сев на брюхо, пилот бросился в сторону от самолета, и лишь убедившись, что взрыв машине не грозит, вернулся выключить поднимавший тучи пыли двигатель.

28 июля 1987 г. на базу пришел штурмовик с полутораметровой дырой в борту, у которого ракетой разнесло правый двигатель, хлеставшим из мотоотсека пламенем прожгло противопожарную перегородку, полностью выгорела электроарматура и энергоузлы и на 95% перегорели тяги управления рулем высоты. Пожар продолжался до самой посадки, и все же - нет худа без добра - от короткого замыкания сами вышли стойки шасси, и самолет смог нормально сесть.

На Су-25 лейтенанта П. Голубцова ракетой наполовину оторвало хвост, на борту ничего не работало кроме двигателей. Не действовали и тормоза, и после посадки самолет выкатился за полосу на минное поле, где летчику пришлось дожидаться саперов, чтобы выбраться. На самолете лейтенанта Буракова ракета снесла под корень почти весь киль, он приземлялся «на элеронах». У другого самолета взрывом вырвало почти четверть крыла.

Летчики рассказывали и о сильных взрывах в фюзеляже, происходивших через несколько минут после гашения пожара в мотоотсеках. Взрывались не баки - заполнявшая их губка гасила ударную волну и останавливала пламя, но керосин продолжал хлестать из перебитых трубопроводов, заливая горячий двигатель.

Главный конструктор самолета В. П. Бабак несколько раз сам вылетал в ДРА, а один из изувеченных Су-25 с развороченным двигателем и следами пожара на борту Ил-76 вывезли в ОКБ.

В большинстве случаев ракеты взрывались снизу-сбоку двигателей, разрушившиеся турбина и компрессор шли вразнос, и их летевшие во все стороны лопатки рубили все на своем пути хуже осколков. Чтобы изолировать поврежденный двигатель и защитить фюзеляжные отсеки и топливную арматуру от пожара, с серии 09077 по бокам мотоотсеков между шпангоутами 18-21 и 21-25 установили стальные 5 мм экранирующие плиты и защитные маты из стеклоткани. Титановые тяги управления двигателем заменили на жаропрочные стальные, изменили прокладку топливных трубопроводов, укрыв их за экранами, а для предупреждения взрывов при утечках ввели автоматическую отсечку топлива при включении пожарной системы, защитив ею и хвостовую часть фюзеляжа с электрооборудованием и проводкой управления. Для обдува двигательного отсека и охлаждения сопел на мотогондолах установили воздухозаборники. В комплексе доработок смонтировали бронешторки фонаря и дополнительную бронеплиту, прикрывшую АСО - бывали случаи, когда автоматы отстрела выбивало осколками, и самолет оказывался беззащитным. Общая масса защиты Су-25 достигла 1100 кг, составив 11,5% массы конструкции. Штурмовки с повышенной боевой живучестью («Су-25 с ПБЖ») стали поступать в Афганистан в августе 1987 г.

Для снижение риска поражения ПВО с конца 1986 г. летчикам запретили опускаться ниже 4500 м, но этот приказ противоречил самому «стилю работы» штурмовиков и часто ими нарушался.

Для меньшей уязвимости на взлете и посадке Су-25 стали использовать маневр - спираль и предельно сжимать посадочную глиссаду, используя для крутого снижения воздушные тормоза и почти парашютируя на полосу. Уход на второй круг промазавшего летчика считался уже серьезной виной - в окрестной «зеленке» его могли поджидать вражеские стрелки. 21 января 1987 г. взлетевший из Баграма Су-25 старшего лейтенанта К. Павлюкова был подбит «Стингером» из засады. Летчик катапультировался, но в наступивших сумерках поисковые вертолеты не смогли его отыскать. Раненый пилот принял бой на земле и, израсходовав все патроны, подорвал себя гранатой. Значительная часть повреждений приходилась на грубые посадки из-за сложности маневра и большой скорости захода, требовавших повышенного внимания от возвращавшихся из боя измотанных несколькими вылетами летчиков. Редкий месяц обходился без аварий: штурмовики садились с минимальным остатком топлива, без выпуска закрылков и воздушных тормозов, задевали друг друга, не успевая вовремя отвернуть с полосы, теряли колеса и сносили шасси. Имели место случаи складывания передней стойки при слишком .жестком касании (чтобы не перегружать ее, запрещалось даже садиться с полным боекомплектом пушки), когда избежать серьезной аварии помогало только мастерство летчиков. Летом 1988 г. пилот «захромавшего» Су-25 сумел притереть машину к бетонке настолько удачно, что стесал лишь выступавший надульник пушки и уже на другой день снова летал. Сожженные на посадке тормоза и разлетевшиеся пневматики были будничным делом, и в иной день случались по несколько раз.

В 1988 г. в Баграме севший до полосы Су-25 снес о ее бетонный порог все три стойки шасси, пронесся на брюхе и остановился, лишь стесав фюзеляж по самую бронекабину. Летчик, не получивший даже ушибов, вырвался из останков четвертованного штурмовика и отправился «сдаваться» в штаб.