В то же время резко уменьшено количество носимых самолетов, ангар для которых в связи с этим сделан одноярусным. Первый утвержденный состав авиакрыла авианосца "Graf Zeppelin" относится к маю 1941 года, в том состоянии он включал 10 истребителей "Ме-109.Т" ("Bf-109.Т"), переоборудованных из истребителей "Bf-109.F" (литера Т означала Trager), 12 также переоборудованных пикирующих бомбардировщиков "Ju-87.C" и 20 приспособленных для авианосца разведчиков "Fi-167". То есть всего 42 самолета против 32 на "А-I". Можно допустить, что здесь имели место какие-то технические причины (например удобство одноярусного ангара или иные), но скорее всего сказалось противостояние Luftwaffe флоту. Интересно отметить, что весной 1942 года Геринг согласился выделить для снабжения авианосца "Graf Zeppelin" именно 32 самолета (правда 10 истребителей и 22 бомбардировщика). Возможно задолго до этого Геринг имел по этому вопросу свою определенную точку зрения, и она стала известна флоту, таким образом повлияв на предполагаемое вооружение авианосца. В самом деле, зачем при разработке проекта выделять лишний вес на самолеты, заведомо зная, что их не будет. В любом случае этот вопрос изучен недостаточно хорошо и требует большей ясности. В отношении же проекта авианосца можно сказать, что, как показывают расчеты количество принимаемых самолетов могло быть гораздо больше, да и ангары на авианосце, учитывая сохранение прежней высоты борта, можно было сделать двухъярусными.

Как и на первом авианосце в проекте предусматривались шестнадцать 150-мм орудий, размещенных на спаренных лафетах в бортовых казематах. Правда в отличие от "Graf Zeppelin", они были сдвинуты ближе к миделю, и к тому же, устанавливались внутри от основной линии борта, а не на специальных выступах-спонсонах, называемых в немецком флоте "ласточкины гнезда" ("schwalbennestern"). Это сильно уменьшило углы обстрела орудий, но похоже особого беспокойства у моряков не вызвало, так как уже и для них становилась очевидной ненужность этих орудий.

Вообще же, сохранение в новых проектах 150-мм спаренных орудийных установок в казематах доказывает, что в принципе как для этих, так и для всех последующих проектов авианосцев (кроме перестраиваемых в них кораблей) не существовало каких-либо полноценно разработанных требований по артиллерийскому вооружению со стороны представителей Kriegsmarine. Только этим можно объяснить то, что конструкторские отделы продолжали включать в проекты противокорабельную артиллерию, несмотря на то, что весь имеющийся боевой опыт доказывал необходимость защиты авианосцев другими кораблями, а не непосредственное их участие в артиллерийских, боях. То, что это было хорошо известно немецким конструкторам явно отображено резким усилением защиты от самолетов и подводных взрывов при явном пренебрежении к бортовой поясной броне по ватерлинии для защиты от снарядов.

Хаделер в своих воспоминаниях предлагает другую, довольно интересную версию. Ему было известно, что Гитлер еще незадолго до наступления нового 1939 года требовал от морского командования скорейшей поставки 150-мм орудий для комплектации авианосца "Graf Zeppelin". Однако, как сообщает Хаделер, у него в личном архиве сохранилась статья из журнала "Nauticus" за 1939 год, в которой сильно критикуется 155-мм орудийная батарея перестроенного французского авианосца "Beam". В свое время эта статья попалась на глаза Гитлеру и видимо оказала на него большое впечатление. Фюрер после ее прочтения запросил морское командование о целесообразности крупнокалиберной артиллерии на авианосце и приказал исследовать возможность замены 150-мм орудий "Graf Zeppelin" на крупнокалиберную зенитную артиллерию. Этот приказ, прибывший по служебным каналам на верфь, видел лично Хаделер. Между тем специалисты верфи конструктивным исследованием определили, что замена орудий на данном этапе строительства авианосца совершенно невозможна. В связи с этим батарея 150-мм орудий на авианосце была сохранена и, возможно, именно это стало решающим фактором того, что в последующих проектах противокорабельные орудия также оставались. Такая версия имеет полное право на существование - история знает немало примеров как отдельные личности, облеченные властью, но не совсем компетентные в вопросах кораблестроения, прямо или косвенно оказывали влияние не только на отдельные проекты, но и на целые программы судостроения, а то и на военные доктрины. К сожалению, это нередко делалось, хоть и из лучших побуждений, но в ущерб существовавшему положению.

Важным улучшением стало увеличение количества зенитных установок дальнего действия, и особенно зенитных автоматов. Как и в первоначальном варианте "Graf Zeppelin", разместить их предполагалось равномерно по бортам, ближе к оконечностям корабля и ниже уровня полетной палубы. При такой установке зениток их сектор стрельбы был достаточно сильно ограничен нависающей сверху полетной палубой, что сводило на нет преимущество большого количества стволов. Уже при рассмотрении проекта было высказано предложение разместить 105-мм зенитные установки на полетной палубе вблизи островной надстройки, что позволило бы обойтись даже меньшим количеством стволов. Но у этого варианта оказалось довольно много противников, считавших уменьшение полезной ширины полетной палубы недопустимым так как это могло бы затруднить выполнение взлетно-посадочных операций. Правда это частично компенсировалось уже принятым увеличением ширины корабля почти на 4 метра и, соответственно, полетной палубы на 2-3 метра к бортам.

Тем не менее на "Graf Zeppelin" впоследствии, при модернизации проекта, зенитные установки были переразмещены на полетной палубе. При одновременном увеличении их количества с пяти до шести и сильном расширении секторов стрельбы это резко усилило возможности средств противовоздушной обороны авианосца. А для обеспечения безопасности проведения взлетно-посадочных операций было решено увеличить ширину полетной палубы до 30,7 метров (длина полетной палубы оставалась прежней 240,0 метра). Это стало вполне возможным после принятия решения об установке бортовых булей, когда наибольшая ширина по КВЛ увеличилась почти на 2 метра. При этом наибольшая ширина корпуса по булям (ниже ватерлинии) почти сравнялась с новой шириной полетной палубы.

Справедливости ради следует отметить, что вся зенитная артиллерия авианосца осталась только в чертежах. Ее так и не успели установить ни в 1939-1940 годах (тогда все 105-мм зенитки вместе с постами управления стрельбой были отправлены в СССР во исполнение действующего договора), ни впоследствии зимой 1942-1943 года во время модернизации авианосца. Правда перед буксировкой авианосца в Киль на нем успели установить несколько зенитных автоматов, но это оказалось его последним вооружением.