Японское правительство намеревалось занять господствующее положение в Корее, а если будет возможно то изгнать русских из Манчжурии. Вооруженные силы Японии еще не были в полной готовности, поэтому они продолжали вести переговоры и ускорили подготовку армии и флота. Конституция облегчала взаимодействие министерства иностранных дел с морским и военным министерствами. Все министры правительства Муцухито были последователями теории Клаузевица; полномочные посланники Японии были в курсе событий в Пекине и европейских столицах. Военный и морской министры подсчитывали количество войск, которые понадобятся им для того, чтобы заставить Россию признать преобладающее положение Японии в Корее. Министр финансов подсчитывал расходы, повышал максимальные годовые доходы, которые могли бы получить сборщики налогов, и для обеспечения равновесия наводнял страну займами. Постоянно поощрялась ненависть народа к России для того, чтобы примирить налогоплательщиков с финансовыми затруднениями; но налоги были настолько высоки, что "за три года пролетели четыре кабинета". Каждое из этих правительств придерживалось одной и той же политики. Собираемые суммы расходовались экономно, численный состав армии и флота увеличивался, а вместе с этим возрастало стремление народа и правительства окончательно разделаться с Россией.

Некоторые представители министерства иностранных дел все еще намерены были продолжать ведение переговоров с Россией, надеясь заключить соглашение. Другие пропагандировали союз с Великобританией и войну с Россией. Создавшаяся ситуация все еще обсуждалась осенью 1901 года, когда маркиз Ито был послан в Санкт-Петербург для разрешения русско-японских отношений. Граф Лэндздоун, проводивший переговоры с японским послом в Лондоне, послал в Токио немедленный запрос относительно того, действительно ли желает Япония заключить союз с Англией, Правительство, вынужденное принять какое-либо решение, послало Ито в Лондон и в январе 1902 года был подписан договор. Это послужило доказательством того, что если какой-либо державе угрожают несколько других на помощь должна придти иная держава. При других обстоятельствах обе державы должны соблюдать строгий нейтралитет и делать все возможное для предотвращения вмешательства посторонних государств в том случае, если одна из них находится в состоянии войны.

Результат этого союза сказался моментально. Санкт-Петербург объявил постепенную эвакуацию Манчжурии. Генерал Куропаткин и граф Витте рекомендовали отвести русские войска. Куропаткин, на которого была возложена ответственность за защиту протяженных и подвергнутых опасности границ огромной евразийской империи, предпочитал укрепиться прежде чем приобретать новые территории. Витте, опасаясь, что другие государства могут предвидеть экспансию русских на Дальнем Востоке, намеревался отвести русские войска, но продолжать мирное проникновению в Манчжурию благодаря постройке железных дорог и созданию банков, чтобы Россия могла обеспечить себе "возможно крупную долю в восточных государствах, главным образом в Китае". Куропаткина поддерживал барон Розен, убежденный в том, что Япония будет бороться за Корею. Третья группа, включавшая, вероятно, и адмирала Алексеева, была более честолюбива и нетерпелива (по сравнению с Витте). Руководители ее хотели сохранить порты Фузан и Мозампо для нужд военного флота и использовать лес и минералы Кореи. Действия этой группы в Корее подтверждали создавшееся в Токио мнение о бесполезности переговоров с Россией.

Даже несмотря на путаницу, создавшуюся в Петербурге, и на содействие, оказанное английским союзом, на бумаге военная ситуация благоприятствовала русскому царю. Его флот, практически в два раза превышающий японский, был разделен между Балтийским морем и Дальним Востоком. Адмирал Того, назначенный приказом морского министра Гумбрай Ямамото на пост главнокомандующего флотом, предложил использовать такое разделение в целях Японии. Но один лишь флот Алексеева насчитывал 7 броненосцев и 4 броненосных крейсера, в то время, как Того мог собрать лишь 6 броненосцев и 6 броненосных крейсеров. Для того, чтобы выиграть эту войну. Того должен был нанести поражение Дальневосточному и Балтийскому флотам и одновременно поддерживать связь армий, находящихся в Корее и Манчжурии, с Японией. Таким образом, в действиях против Дальневосточного флота Того не мог допустить потерь, которые сократили бы его флот до уровня, меньшего Балтийского флота. Количественная слабость флота предопределяла стратегию Того и значительно ограничивала цели правительства,

К концу 1903 года натянутость между двумя государствами еще более возросла. Летом 1903 года японская армия уже была подготовлена, В августе Того принял командование флотом, получив приказ закончить подготовку к войне с Россией. Два новых броненосных крейсера , названные впоследствии "Nisshin" и "Kasuga", закупленные в Италии у Аргентины, в сентябре достигли Суэцкого канала. Это были последние подкрепления, на которые мог рассчитывать Того. Вслед за ними шла небольшая русская эскадра под командованием контр-адмирала Вирениуса, предназначенная для подкрепления флота Алексеева. Того, очевидно, должен был нанести удар после прибытия двух закупленных крейсеров, но до того, как Вирениус достигнет Порт-Артура.

Военный план Японии включал внезапное нападение на русский флот в Порт-Артуре, под прикрытием которого экспедиционные войска будут высажены в западных портах Кореи и в устье реки Ялу в Манчжурии. Все места высадки находились в Желтом море в пределах досягаемости флота адмирала Алексеева, который был назначен наместником русского царя и командующим всеми русскими соединениями на Дальнем Востоке. Если бы японцы предложили русским ультиматум, для Алексеева это было бы прекрасной возможностью для нападения на японский флот или транспорты еще на пути их следования. Он мог бы предвосхитить внезапное нападение Того. Но если бы японцы атаковали русских, не разорвав дипломатических отношений, они вызвали бы этим раздражение нейтрального общественного мнения, главным образом в Америке, которое они все время старались поддерживать, выставляя себя защитниками неприкосновенности китайской и корейской территорий.

Министерство иностранных дел разрешило эту дилемму, приказав своему послу в Санкт-Петербурге 13 января представить русскому правительству одну за другой две ноты. Первая нота была написана для оказания влияния на общественное мнение; в ней Япония заявляла, что для нее нет другого выхода "кроме прекращения ведущихся в настоящее время бесполезных переговоров" и что она оставляет за собой право "предпринять такие действия, какие она посчитает целесообразными". Этот документ дал им возможность заявить впоследствии, что они сделали России честное предупреждение. Вторая нота, предназначенная для успокоения опасений, вызванных среди русских должностных лиц первой нотой, гласила, что Япония, "исчерпав все средства примирения, решила порвать дипломатические отношения с Россией", добавляя, "что посол со своим штатом намерен покинуть Россию 10 февраля".